PDB-7dft: Crystal structure of Xanthomonas oryzae ClpP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dft

タイトル

Crystal structure of Xanthomonas oryzae ClpP

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Caseinolytic protease P /

Clp protease (エンドペプチダーゼClp)

機能・相同性

機能・相同性情報

エンドペプチダーゼClp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas oryzae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Yang, C.-G. / Yang, T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Dysregulation of ClpP by Small-Molecule Activators Used Against Xanthomonas oryzae pv. oryzae Infections.
著者: Yang, T. / Zhang, T. / Zhou, X. / Wang, P. / Gan, J. / Song, B. / Yang, S. / Yang, C.G.

履歴

登録	2020年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dft.cif.gz	518.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dft.ent.gz	428.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7dft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7dft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dfuC 3staS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dfu-d 1y7o-d 3qwd-3 5g1q-d 6bba-d 3qwd-2 6dl7-d 4jct-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

160 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.548, 132.548, 187.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-516- HOH

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / / Endopeptidase Clp 分子量: 22820.111 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae (バクテリア) / 遺伝子: clpP, ADT25_23080, ADT27_15185, EYR26_04825 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M1K022, エンドペプチダーゼClp
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 955 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate, 3.0 M Sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9735 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9735 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.791→30 Å / Num. obs: 154153 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 16.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	9.5	0.531	14800	0.257	0.174	0.562	0.687	96.9
1.86-1.94	11.4	0.506	15156	0.439	0.152	0.53	0.771	98.8
1.94-2.03	12.7	0.456	15204	0.677	0.129	0.475	0.869	99.3
2.03-2.13	14	0.375	15348	0.882	0.1	0.389	1.044	99.6
2.13-2.27	16.5	0.307	15329	0.95	0.075	0.317	1.147	99.8
2.27-2.44	17.3	0.241	15416	0.978	0.058	0.248	1.24	99.9
2.44-2.69	18.6	0.178	15475	0.989	0.041	0.183	1.287	100
2.69-3.08	21.2	0.122	15552	0.995	0.027	0.125	1.23	100
3.08-3.88	22.7	0.078	15649	0.998	0.016	0.08	1.052	100
3.88-30	24	0.052	16224	0.999	0.011	0.053	0.731	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3STA

3sta

解像度: 1.8→29.639 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 19.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2224	7270	5.03 %
R_work	0.1865	137364	-
obs	0.1883	144634	92.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.62 Å² / B_iso mean: 21.3653 Å² / B_iso min: 7.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→29.639 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9801	0	8	955	10764
B_iso mean	-	-	24.8	28.43	-
残基数	-	-	-	-	1287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.881	13481
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1593
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1751
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.919	6380

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8-1.8115	0.3103	96	0.2759	1458	31
1.8115-1.8329	0.3069	116	0.2836	2511	51
1.8329-1.8552	0.2824	161	0.2736	3204	65
1.8552-1.8787	0.2924	174	0.2649	3718	76
1.8787-1.9034	0.3137	214	0.2603	4098	84
1.9034-1.9295	0.2738	233	0.2611	4336	89
1.9295-1.957	0.2939	266	0.2467	4532	93
1.957-1.9862	0.2666	239	0.2306	4685	96
1.9862-2.0173	0.2667	271	0.23	4734	97
2.0173-2.0503	0.2695	260	0.2135	4796	98
2.0503-2.0857	0.2425	254	0.1946	4864	99
2.0857-2.1236	0.244	245	0.1939	4861	99
2.1236-2.1644	0.1958	234	0.1879	4915	100
2.1644-2.2086	0.2313	256	0.1858	4944	100
2.2086-2.2566	0.2299	283	0.1841	4822	100
2.2566-2.3091	0.2313	290	0.1869	4858	100
2.3091-2.3668	0.24	251	0.1764	4993	100
2.3668-2.4308	0.2316	276	0.1701	4847	100
2.4308-2.5023	0.2172	268	0.1703	4950	100
2.5023-2.583	0.2335	237	0.176	4935	100
2.583-2.6752	0.2282	260	0.1753	4947	100
2.6752-2.7823	0.2142	262	0.1807	4937	100
2.7823-2.9088	0.2367	283	0.1735	4948	100
2.9088-3.062	0.2028	254	0.1718	4987	100
3.062-3.2536	0.2064	270	0.1735	4957	100
3.2536-3.5045	0.2018	239	0.1705	5010	100
3.5045-3.8565	0.1846	259	0.164	5031	100
3.8565-4.4129	0.1793	237	0.1522	5090	100
4.4129-5.5538	0.1921	288	0.1704	5086	100
5.5538-29.639	0.2003	294	0.1929	5310	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 52.435 Å / Origin y: 116.9147 Å / Origin z: 240.6991 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.091 Å²	-0.049 Å²	-0.0074 Å²	-	0.0813 Å²	0.0007 Å²	-	-	0.1136 Å²
L	0.0313 °²	-0.0755 °²	0.034 °²	-	0.069 °²	-0.05 °²	-	-	0.3114 °²
S	0.0018 Å °	-0.0017 Å °	-0.0249 Å °	0.0054 Å °	0.0122 Å °	0.0289 Å °	0.0609 Å °	-0.0712 Å °	-0.0115 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	11 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	11 - 197
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	10 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	11 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1 - 197
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	10 - 198
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 1271
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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