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- PDB-7dfp: Human dopamine D2 receptor in complex with spiperone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dfp
タイトルHuman dopamine D2 receptor in complex with spiperone
要素
  • D(2) dopamine receptor,Soluble cytochrome b562
  • FabH
  • FabL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-protein coupled receptor / Dopamine receptor / Spiperone / antipsychotic / Schizophrenia
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of dephosphorylation / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / response to histamine / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of synapse structural plasticity ...negative regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of dephosphorylation / positive regulation of glial cell-derived neurotrophic factor production / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / response to histamine / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of synapse structural plasticity / regulation of locomotion involved in locomotory behavior / neuron-neuron synaptic transmission / negative regulation of cellular response to hypoxia / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / response to inactivity / regulation of potassium ion transport / orbitofrontal cortex development / negative regulation of dopamine secretion / adenohypophysis development / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / negative regulation of neuron migration / hyaloid vascular plexus regression / Dopamine receptors / branching morphogenesis of a nerve / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / dopamine binding / positive regulation of growth hormone secretion / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein binding / peristalsis / beta-arrestin-dependent dopamine receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor complex / grooming behavior / positive regulation of renal sodium excretion / drinking behavior / auditory behavior / striatum development / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / dopaminergic synapse / behavioral response to ethanol / positive regulation of multicellular organism growth / G protein-coupled receptor internalization / non-motile cilium / response to iron ion / positive regulation of urine volume / adult walking behavior / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / arachidonate secretion / ciliary membrane / positive regulation of neuroblast proliferation / response to morphine / regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of cytokinesis / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / temperature homeostasis / pigmentation / dopamine metabolic process / dopamine uptake involved in synaptic transmission / regulation of dopamine secretion / positive regulation of receptor internalization / neuroblast proliferation / associative learning / lateral plasma membrane / cellular response to ethanol / negative regulation of protein secretion / response to light stimulus / G-protein alpha-subunit binding / potassium channel regulator activity / endocytic vesicle / prepulse inhibition / response to axon injury / sperm flagellum / long-term memory / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of sodium ion transport / cellular response to retinoic acid / negative regulation of blood pressure / behavioral response to cocaine / release of sequestered calcium ion into cytosol / synapse assembly / axonogenesis / ionotropic glutamate receptor binding / epithelial cell proliferation / regulation of heart rate / negative regulation of innate immune response / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / axon terminus / acrosomal vesicle / negative regulation of cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to amphetamine / response to nicotine / response to cocaine / circadian regulation of gene expression / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / electron transport chain / negative regulation of insulin secretion
類似検索 - 分子機能
Dopamine D2 receptor / Dopamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Dopamine D2 receptor / Dopamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SIP / Soluble cytochrome b562 / D(2) dopamine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Im, D. / Shimamura, T. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the dopamine D 2 receptor in complex with the antipsychotic drug spiperone.
著者: Im, D. / Inoue, A. / Fujiwara, T. / Nakane, T. / Yamanaka, Y. / Uemura, T. / Mori, C. / Shiimura, Y. / Kimura, K.T. / Asada, H. / Nomura, N. / Tanaka, T. / Yamashita, A. / Nango, E. / Tono, K. ...著者: Im, D. / Inoue, A. / Fujiwara, T. / Nakane, T. / Yamanaka, Y. / Uemura, T. / Mori, C. / Shiimura, Y. / Kimura, K.T. / Asada, H. / Nomura, N. / Tanaka, T. / Yamashita, A. / Nango, E. / Tono, K. / Kadji, F.M.N. / Aoki, J. / Iwata, S. / Shimamura, T.
履歴
登録2020年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D(2) dopamine receptor,Soluble cytochrome b562
B: FabL
C: FabH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3144
ポリマ－87,9183
非ポリマー3951
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.900, 40.500, 165.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 D(2) dopamine receptor,Soluble cytochrome b562 / Dopamine D2 receptor / Cytochrome b-562 / Cytochrome b-562 / Dopamine D2 receptor


分子量: 40590.652 Da / 分子数: 1 / 変異: S121K,L123W,M1007W,R1098I, H1102I, R1106G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of residues 35-220 from D(2) dopamine receptor, residues 23-62 and 88-128 from Soluble cytochrome b562, residues 364-443 from D(2) dopamine receptor.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: DRD2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14416, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 FabL


分子量: 23884.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 FabH


分子量: 23443.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-SIP / 8-[4-(4-fluorophenyl)-4-oxidanylidene-butyl]-1-phenyl-1,3,8-triazaspiro[4.5]decan-4-one / Spiperone


分子量: 395.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26FN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗精神病薬*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.1M Lithium acetate dihydrate, 30% (V/V) polyethylene glycol 400, 5% (v/v) dimethyl sulfoxide, 0.01M Adenosine triphosphate, 1mM spiperone

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→43.12 Å / Num. obs: 18069 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 73.4 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Num. unique obs: 1757 / CC1/2: 0.58

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystFEL0.6.2データ削減
CrystFEL0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.16_3549精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D3R (PDB ID: 3PBL)

3pbl


解像度: 3.1→43.12 Å / SU ML: 0.3174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.648
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 1087 6.02 %
Rwork0.1847 16961 -
obs0.1867 18048 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→43.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 29 0 5925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00246054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56718265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407979
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.23223600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.240.3191290.26552064X-RAY DIFFRACTION99.95
3.24-3.410.23531370.21842119X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.630.23281360.20522087X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.910.20211280.19432088X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.30.19671430.16622100X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.920.17821340.14932139X-RAY DIFFRACTION100
4.92-6.190.22031360.18372142X-RAY DIFFRACTION100
6.19-43.120.22581440.18112222X-RAY DIFFRACTION99.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.40690217945-0.3242606309491.609388263141.501559564190.2256692138016.470016395960.10579986684-0.6415246462440.1973983577730.253518536034-0.296896576720.150305223170.0386191457299-0.9388303160570.1396687876441.34702765312-0.02235114272320.005401123532371.441803735-0.02100218443880.503297164136-95.1002929967-19.7507758185223.047760563
28.91387370081.90498274775.032631061337.876156406121.515396095765.53370108316-0.232854605573-0.6387299860660.919226618870.37781773910.05260610450280.744758250514-0.114581009306-1.14646539580.2333951845650.8743221990420.115283725676-0.07969360505771.23163787962-0.08977494474860.731735704539-71.51395722780.835746140792264.536792291
31.461442840840.4990516258472.796283889232.48340848693.031312480854.60508555470.130742997715-0.3510898362580.1583879610010.3791015557880.209185870088-0.05899121539710.1667530187390.926369174759-0.3325406750381.389074290390.0270899765594-0.1602979054991.62215379437-0.03593589234850.717590148516-83.9017381392-19.214962446233.740056143
46.1004021429-1.77736960182.184975114983.88336050991-4.560537344615.10214708398-0.309699074439-0.501417469116-0.4694704475260.01383254456830.929174110341.16514759934-0.228526763125-2.37681984943-0.666082624930.6516760140930.04099801928980.05605387947480.925071288966-0.08420621370680.682870978497-112.489458228-20.8512970271171.920704254
52.50817067705-0.000686008583482-0.1781633699951.549201288440.4816043232524.34362533975-0.139459209552-0.8452973933480.06533231920560.5418695574420.08256882400240.290453473506-0.300799424946-0.8399746069070.00491669865790.5162721080360.1664484006150.03998296735510.5884403592620.03931742462670.625882068228-106.558231104-18.5223520486172.908556334
65.96805229153-5.27361821217-3.471648187768.514410290314.953131399213.93533945697-0.232011193267-0.205717526026-0.1874715355070.09106459612410.1599673749850.4195635321260.09098296582750.1127956445080.004710955909850.295102399689-0.033031568638-0.06026329923340.2463941420650.09333124065450.543819789617-99.8031731407-31.3434268143145.567571899
79.46277249833-5.13375541585-4.972030509226.178238938435.273938280984.49187387838-0.126445291747-0.9790659175180.920636041853-0.4774150638250.383741340797-1.36412412096-0.9130048012910.723971354068-0.1698759738260.8509200640380.00510817831248-0.1686820337470.6417020595690.05390242831050.515220946761-83.177979137-21.1960230289178.206187247
86.941359423952.19092049812-2.048605616185.80512816466-1.882252960164.63994419330.0675255894304-1.517076252370.984920012711.01203443442-0.11929982774-0.168038129971-1.510864431560.3629868586630.0698559168990.8018813895850.0994450438366-0.1128264968950.694575043337-0.1562386341840.441318537979-88.9716307152-17.70770076186.995669633
95.769467475232.358152383531.55014074396.704870611842.88636480876.454543879340.0524951222193-1.01485540589-0.1565094182310.438289463874-0.2827608251550.370389331144-0.19627614638-1.052955352170.2347449983330.8574257282480.232856563179-0.03148184996460.9089019008450.08882486312290.338301001229-92.0256808361-26.7865102235188.942405004
102.679240898950.08878057316620.528089126858.913533809125.996103773976.71273660266-0.416643637602-1.01319757462-0.07532711631440.1211583532740.429687885009-0.01859890395190.2134527140860.5609224368570.06685573990370.796544160458-0.00759623431409-0.1983382130620.8114869849880.08275997546450.39531110621-84.154161359-26.8732773341183.868439703
111.8888092343-0.282850286341-2.028363734642.26997355881.294968520013.8258980096-0.370119796239-0.52887751139-0.06394945277570.6448368331350.180506341073-0.0650996761170.3787236374410.2395850773990.1934288870710.470089206020.0844885820145-0.1181383232820.3936375980670.07258775870780.547456289953-89.8694858668-21.7694134669174.561897882
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 214 )
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and (resid 215 through 216 )) or (chain 'A' and (resid 1003 through 1083))
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and (resid 1084 through 1106 )) or (chain 'A' and (resid 364 through 442 ))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 18 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 19 through 128 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 129 through 215 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 17 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 18 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 41 through 73 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 74 through 91 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 92 through 131 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 132 through 152 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 153 through 164 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 165 through 220 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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