PDB-7dek: Pseudomonas aeruginosa FK506-binding protein PaFkbA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dek

タイトル

Pseudomonas aeruginosa FK506-binding protein PaFkbA

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

ISOMERASE / dimer / chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Ynag, J. / Huang, Q. / Bao, R.

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of PaFkbA: A periplasmic chaperone from Pseudomonas aeruginosa .
著者: Huang, Q. / Yang, J. / Li, C. / Song, Y. / Zhu, Y. / Zhao, N. / Mou, X. / Tang, X. / Luo, G. / Tong, A. / Sun, B. / Tang, H. / Li, H. / Bai, L. / Bao, R.

履歴

登録	2020年11月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dek.cif.gz	363.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dek.ent.gz	267.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7dek_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dek_full_validation.pdf.gz	463 KB	表示
XML形式データ	7dek_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	7dek_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7dek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/7dek	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1q6uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7dek-2 4iod-d 1rqq-d 4jvy-d 5orm-d 1y4h-3 6inv-d 5yiv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

G: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

89.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

G: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.073, 94.223, 117.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain "A" and resid 27 through 228)
2	1	chain "F"
3	1	chain "G"
4	1	(chain "D" and resid 27 through 228)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	LYS	A	3 - 204
2	1	1	GLU	LYS	F	1 - 202
3	1	1	GLU	LYS	G	1 - 202
4	1	1	GLU	LYS	D	5 - 206

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 分子量: 22373.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA3262 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYX8, peptidylprolyl isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

分子量: 22373.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA3262 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYX8, peptidylprolyl isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 28% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 19438 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 68.52 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 2.154
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 1904 / CC_1/2: 0.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1q6u

1q6u

解像度: 2.9→38.54 Å / SU ML: 0.4545 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 31.269
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2807	1935	9.99 %
R_work	0.2459	17428	-
obs	0.2493	19363	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6138	0	0	57	6195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	6230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.59	8400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1078	949
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	1101
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.006	2372

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.59701223205
1	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	5.16656078
1	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	5.21681293119

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.98	0.3864	130	0.375	1175	X-RAY DIFFRACTION	94.5
2.98-3.06	0.4255	136	0.3558	1224	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.06-3.15	0.3639	135	0.3397	1221	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.15-3.25	0.3549	137	0.3321	1235	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.25-3.36	0.3195	137	0.3048	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.36-3.5	0.3029	137	0.2785	1221	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.5-3.66	0.327	137	0.2649	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.66-3.85	0.3048	137	0.2483	1243	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.85-4.09	0.2702	139	0.2531	1233	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4.09-4.41	0.2565	137	0.2063	1238	X-RAY DIFFRACTION	99.49
4.41-4.85	0.2329	139	0.1862	1262	X-RAY DIFFRACTION	99.22
4.85-5.55	0.2283	141	0.2213	1265	X-RAY DIFFRACTION	99.5
5.55-6.98	0.2626	142	0.2424	1276	X-RAY DIFFRACTION	99.65
6.98-38.54	0.2466	151	0.2074	1352	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.59131257341	0.124992796694	-0.616758399295	2.89920466384	-0.719403483114	1.14091464643	-0.566790978823	1.48276634511	-0.588345675317	-1.35072868364	1.25655030234	-1.63402150159	0.716307869943	0.67051293685	-0.264265361961	1.26966124785	-0.175560940996	-0.287671143684	1.19509337919	-0.187683988961	0.812390510377	-0.337162766098	11.5530451146	0.660176830551
2	2.28235973609	-2.30440634531	-0.120198300445	6.35845252004	1.11152126878	0.128196340427	0.54766226685	0.381058942434	0.50573079991	-1.24492147036	-0.589373378525	-0.530762431779	-0.14791264493	0.638988391243	-0.266699262464	1.07185011523	-0.124389097223	0.236528259251	1.0483285513	0.0464369394014	0.833083618047	13.447521225	26.9394323509	7.94880779849
3	7.03989889972	-1.33652331571	-0.823914959691	8.61083176659	-0.0798756830623	4.24367268106	-0.31165431073	-0.247689712136	0.703182489924	-1.10383950845	0.763870055786	1.60480472815	-0.044729211925	-0.618570379951	-0.454375920683	0.447210228498	-0.0953913989873	-0.124728621055	0.474802868595	0.115620631088	0.841213633087	-7.2073503388	39.9878671517	23.3196950675
4	6.44175120103	-1.27653854488	-0.227852332815	6.78065612355	1.7819317456	3.93972908797	-0.396134641396	0.127135101305	-0.820067793247	-0.601918771521	0.479510914648	0.181942782648	0.0331278603788	0.136688277471	-0.258512662761	0.492111876452	-0.0756912975352	-0.0598714282056	0.420071995658	0.066204907242	0.825531490278	-3.26981990167	37.5624290023	21.0442985477
5	5.86062862807	1.02660765671	0.511898443729	2.83430113115	-0.464620110873	1.07713366635	-0.27126045834	0.701791456232	0.36665461254	-0.605450733507	0.592428055913	0.0641714374109	1.05581635773	0.500303195336	0.14289057371	1.57915696897	0.267854079043	-0.195042009571	1.0839248475	-0.0297132062059	0.820419224026	-0.373665184063	11.9374541178	0.977804930293
6	3.26290410158	-2.29248172746	0.130485516553	2.12902520376	-4.10873681085	3.72673893763	-0.356584253282	0.0891470647801	0.54211378239	-1.42175382497	0.913690819262	1.18499484446	0.0675809354091	-0.585133157838	-0.533776613612	0.612665369352	-0.0433682792288	-0.00192036434283	0.701502598424	-0.0280277917008	0.667663089416	-14.9417434707	-4.77010065466	15.3246748881
7	6.39363869528	-1.64908178732	1.92194608813	8.06939575501	0.705875558378	3.8753570044	0.172477816667	0.106519080036	-0.211686223542	-0.729486457917	0.371074550487	-0.513177320532	-0.0722629698202	0.357896136639	-0.42382790486	0.459047394154	-0.0706442973686	0.224754670208	0.401142901024	-0.106552991374	0.58504512005	0.680105400897	-25.4009423116	26.6815072835
8	8.54706893876	1.27550183792	-0.996712116022	4.81997539333	1.22361562474	3.59810750233	0.391562642804	-0.52611853317	1.24646896121	0.157462968462	0.263864792172	0.661606781282	-0.309349288975	0.0494539986637	-0.664155501234	0.651669694391	-0.0635715094529	0.158525390741	0.681682080911	0.111076261399	0.709226212984	-0.294283554536	61.1698740479	1.16587061501
9	1.88243207186	0.939251074402	-0.661134607361	7.06148520859	-4.1220234197	2.71913160427	0.42370530671	0.0241801190955	-0.0518494585469	0.209237171434	0.321951550913	2.04123005003	0.125752852378	-0.35773715844	-0.747596759028	0.557474641977	-0.0839042456196	-0.0148360108068	0.566097681884	0.0423981641005	0.885862922031	-15.4748657153	83.4375015753	-16.8095862468
10	7.34976715242	1.14551200141	1.60543829381	8.84154917639	3.92276520241	6.11558475345	-0.0563920447617	-0.599950612747	-0.834538016382	-0.214687171298	0.542912002754	-1.52377792519	0.357653781792	0.275152010204	-0.564562208799	0.510828597878	0.0964679039488	0.0295342194238	0.41685453107	0.0442959930277	0.643654737144	0.893806594573	97.3493780344	-26.0801531241
11	6.35227395316	1.79493550216	2.08645067493	4.15612156144	-0.831347917431	4.62836078661	-0.507987035562	-0.59059310485	0.29588223569	0.186748450304	0.550399803241	-0.276794833265	-0.903328298879	0.306656499426	0.00254931418204	0.726833416853	-0.0489871483988	0.0418728019799	0.743584328667	-0.00486613639981	0.473946810828	-0.194616966605	61.5046221822	0.189782142211
12	3.64662340375	0.986641682073	0.82745803892	6.7417499046	4.25666150236	2.36966691372	-0.444894928111	0.260861933742	0.36284168849	0.633281989468	0.984636672505	-0.0845102276614	0.12207539064	0.744292080096	-0.544244906431	0.71005363273	-0.00321423248535	0.0859779417171	0.723408002462	0.117553896852	0.628341295686	12.6554440361	44.9915198575	-7.17021464356
13	6.57050553648	-0.63825572714	1.14248547109	4.56797545343	-0.897730835152	1.37569409403	-0.0908538533972	-0.0151875507051	0.631388330097	0.475020283836	0.247481617325	-0.0173377479152	-0.511304587315	-0.261487598633	-0.26828050297	0.786045990046	0.00928227846692	0.284911515122	0.506809209668	-0.0212648257581	0.440784112889	-5.95759590543	33.6138103952	-22.6039089389

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 25 through 76 )	A	A	25 - 76	1 - 52
2	2	chain 'A' and (resid 77 through 115 )	A	A	77 - 115	53 - 91
3	3	chain 'A' and (resid 116 through 186 )	A	A	116 - 186	92 - 162
4	4	chain 'A' and (resid 187 through 228 )	A	A	187 - 228	163 - 204
5	5	chain 'G' and (resid 27 through 76 )	G	B	27 - 76	1 - 50
6	6	chain 'G' and (resid 77 through 115 )	G	B	77 - 115	51 - 89
7	7	chain 'G' and (resid 116 through 228 )	G	B	116 - 228	90 - 202
8	8	chain 'F' and (resid 23 through 76 )	F	C	23 - 76	1 - 54
9	9	chain 'F' and (resid 77 through 126 )	F	C	77 - 126	55 - 104
10	10	chain 'F' and (resid 127 through 228 )	F	C	127 - 228	105 - 206
11	11	chain 'D' and (resid 27 through 76 )	D	D	27 - 76	1 - 50
12	12	chain 'D' and (resid 77 through 115 )	D	D	77 - 115	51 - 89
13	13	chain 'D' and (resid 116 through 228 )	D	D	116 - 228	90 - 202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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