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- PDB-7ddh: Crystal structures of Na+,K+-ATPase in complex with digoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ddh
タイトルCrystal structures of Na+,K+-ATPase in complex with digoxin
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • FXYD domain-containing ion transport regulator
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Na+ / K+-ATPase / ion transport / Cardiotonic steroids
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / sodium ion binding / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex ...Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / sodium ion binding / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / membrane repolarization / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of calcium ion transmembrane transport / ion channel regulator activity / relaxation of cardiac muscle / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / organelle membrane / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / intracellular potassium ion homeostasis / ATPase activator activity / intercalated disc / lateral plasma membrane / sperm flagellum / transporter activator activity / ATP metabolic process / regulation of sodium ion transport / cardiac muscle contraction / T-tubule / proton transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / melanosome / ATPase binding / regulation of gene expression / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / protein stabilization / apical plasma membrane / axon / innate immune response / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. ...: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / : / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / DIGOXIN / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Ogawa, H. / Cornelius, F. / Kanai, R. / Motoyama, K. / Vilsen, B. / Toyoshima, C.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K18500 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H02499 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00975 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Binding of cardiotonic steroids to Na + ,K + -ATPase in the E2P state.
著者: Kanai, R. / Cornelius, F. / Ogawa, H. / Motoyama, K. / Vilsen, B. / Toyoshima, C.
履歴
登録2020年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2021年1月27日ID: 6KPW
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: FXYD domain-containing ion transport regulator
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: FXYD domain-containing ion transport regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,44136
ポリマ－309,4056
非ポリマー14,03630
水18010
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: FXYD domain-containing ion transport regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,50819
ポリマ－154,7023
非ポリマー7,80516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12870 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area59930 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
E: FXYD domain-containing ion transport regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,93317
ポリマ－154,7023
非ポリマー6,23114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12200 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area58910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.973, 118.493, 495.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A'A21 - 1016
211chain 'C'C21 - 1016
112(chain 'B' and (resid 13 through 161 or resid 168 through 303 or resid 1001 through 1021))B13 - 160
122(chain 'B' and (resid 13 through 161 or resid 168 through 303 or resid 1001 through 1021))B168 - 303
132(chain 'B' and (resid 13 through 161 or resid 168 through 303 or resid 1001 through 1021))B1001 - 1002
142(chain 'B' and (resid 13 through 161 or resid 168 through 303 or resid 1001 through 1021))B1011 - 1012
152(chain 'B' and (resid 13 through 161 or resid 168 through 303 or resid 1001 through 1021))B1021
212chain 'D'D13 - 160
222chain 'D'D168 - 303
232chain 'D'D1001 - 1002
242chain 'D'D1011 - 1012
252chain 'D'D1021
113chain 'E'E17 - 48
213chain 'G'G17 - 48

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit / Sodium pump subunit alpha-1


分子量: 112403.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05024, Na+/K+-exchanging ATPase
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 35204.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P05027

-
タンパク質 , 1種, 2分子 GE

#3: タンパク質 FXYD domain-containing ion transport regulator / Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a


分子量: 7094.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q58K79

-
糖 , 2種, 6分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 34分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 化合物
ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE


分子量: 787.121 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#9: 化合物 ChemComp-DGX / DIGOXIN


分子量: 780.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H64O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.51 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG 2000 MME, 10% GLYCEROL, 200mM MAGNESIUM CHLORIDE, 5mM GSH, 0.1mM DTT, 0.0001% BHT, 100mM MES-NMDG, PH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月20日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 49808 / % possible obs: 55.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 108.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.45→3.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.337 / Num. unique obs: 179

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KPU

6kpu
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.46→15.99 Å / SU ML: 0.4958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.6 / 位相誤差: 30.5189
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 2420 4.95 %
Rwork0.2409 46515 -
obs0.2425 48935 55.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 119.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.46→15.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20690 0 644 10 21344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004821786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.859529596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05113380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00816350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.12998110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.46-3.520.452230.3722101X-RAY DIFFRACTION2.05
3.53-3.60.4739120.4326267X-RAY DIFFRACTION5.45
3.6-3.680.3836200.4006451X-RAY DIFFRACTION9.2
3.68-3.770.3891240.3569685X-RAY DIFFRACTION13.8
3.77-3.870.4428440.3403949X-RAY DIFFRACTION19.18
3.88-3.990.3917680.34291315X-RAY DIFFRACTION26.61
3.99-4.110.3871840.31111873X-RAY DIFFRACTION37.85
4.11-4.260.34641390.2982336X-RAY DIFFRACTION47.72
4.26-4.430.28681370.28232782X-RAY DIFFRACTION56.38
4.43-4.620.30041920.2663183X-RAY DIFFRACTION64.79
4.62-4.860.29481850.25953698X-RAY DIFFRACTION74.76
4.86-5.150.29672460.25734238X-RAY DIFFRACTION85.49
5.15-5.540.29142650.26574813X-RAY DIFFRACTION97.41
5.54-6.070.31072250.27575038X-RAY DIFFRACTION99.85
6.07-6.880.27362440.25535036X-RAY DIFFRACTION99.77
6.88-8.450.23772750.21214949X-RAY DIFFRACTION97.99
8.45-15.990.2072570.17314801X-RAY DIFFRACTION92.2

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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