+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dd6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Ca2+/L-Trp-bonnd Calcium-Sensing Receptor in active state | ||||||
要素 | Calcium-sensing Receptor | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Calcium-Sensing Receptor / CaSR / active state | ||||||
機能・相同性 | TRYPTOPHAN 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wen, T.L. / Yang, X. / Shen, Y.Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structural basis for activation and allosteric modulation of full-length calcium-sensing receptor. 著者: Tianlei Wen / Ziyu Wang / Xiaozhe Chen / Yue Ren / Xuhang Lu / Yangfei Xing / Jing Lu / Shenghai Chang / Xing Zhang / Yuequan Shen / Xue Yang / 要旨: Calcium-sensing receptor (CaSR) is a class C G protein-coupled receptor (GPCR) that plays an important role in calcium homeostasis and parathyroid hormone secretion. Here, we present multiple cryo- ...Calcium-sensing receptor (CaSR) is a class C G protein-coupled receptor (GPCR) that plays an important role in calcium homeostasis and parathyroid hormone secretion. Here, we present multiple cryo-electron microscopy structures of full-length CaSR in distinct ligand-bound states. Ligands (Ca and l-tryptophan) bind to the extracellular domain of CaSR and induce large-scale conformational changes, leading to the closure of two heptahelical transmembrane domains (7TMDs) for activation. The positive modulator (evocalcet) and the negative allosteric modulator (NPS-2143) occupy the similar binding pocket in 7TMD. The binding of NPS-2143 causes a considerable rearrangement of two 7TMDs, forming an inactivated TM6/TM6 interface. Moreover, a total of 305 disease-causing missense mutations of CaSR have been mapped to the structure in the active state, creating hotspot maps of five clinical endocrine disorders. Our results provide a structural framework for understanding the activation, allosteric modulation mechanism, and disease therapy for class C GPCRs. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dd6.cif.gz | 291.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7dd6.ent.gz | 239 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dd6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dd6_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7dd6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7dd6_validation.xml.gz | 51.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dd6_validation.cif.gz | 76 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7dd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/7dd6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 119314.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CASR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
---|
-糖 , 2種, 10分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-非ポリマー , 3種, 10分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Calcium-sensing Receptor from Gallus gallus with Ca2+ and L-Trp タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100488 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |