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- PDB-7dd0: Crystal structure of the N-terminal domain of TagH from Bacillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dd0
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of TagH from Bacillus subtilis
要素Teichoic acids export ATP-binding protein TagH
キーワードTRANSPROT PROTEIN / TRANSLOCASE / ABC transporter / ATP-binding protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type teichoic-acid transporter / ABC-type teichoic acid transporter activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Teichoic acids export ATP-binding protein tagH. / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Teichoic acids export ATP-binding protein TagH
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ko, T.P. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Chen, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2311-B241-001 台湾
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of TagH reveals a potential drug targeting site.
著者: Yang, C.S. / Huang, W.C. / Ko, T.P. / Wang, Y.C. / Wang, A.H. / Chen, Y.
履歴
登録2020年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Teichoic acids export ATP-binding protein TagH
B: Teichoic acids export ATP-binding protein TagH
C: Teichoic acids export ATP-binding protein TagH
D: Teichoic acids export ATP-binding protein TagH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,7094
ポリマ－128,7094
非ポリマー00
水5,783321
1
A: Teichoic acids export ATP-binding protein TagH
C: Teichoic acids export ATP-binding protein TagH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3542
ポリマ－64,3542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
2
B: Teichoic acids export ATP-binding protein TagH
D: Teichoic acids export ATP-binding protein TagH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3542
ポリマ－64,3542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.735, 90.667, 91.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.766, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEU(chain 'A' and (resid 2 through 16 or resid 35 through 257))AA2 - 162 - 16
12GLYGLYGLUGLU(chain 'A' and (resid 2 through 16 or resid 35 through 257))AA35 - 25735 - 257
23LYSLYSLEULEU(chain 'B' and (resid 2 through 16 or resid 35 through 257))BB2 - 162 - 16
24GLYGLYGLUGLU(chain 'B' and (resid 2 through 16 or resid 35 through 257))BB35 - 25735 - 257
35LYSLYSLEULEU(chain 'C' and resid 2 through 257)CC2 - 162 - 16
36GLYGLYGLUGLU(chain 'C' and resid 2 through 257)CC35 - 25735 - 257
47LYSLYSLEULEU(chain 'D' and (resid 2 through 16 or resid 35 through 257))DD2 - 162 - 16
48GLYGLYGLUGLU(chain 'D' and (resid 2 through 16 or resid 35 through 257))DD35 - 25735 - 257

-
要素

#1: タンパク質
Teichoic acids export ATP-binding protein TagH / Teichoic acid-transporting ATPase


分子量: 32177.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: tagH, BSU35700
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P42954, ABC-type teichoic-acid transporter
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% polyethylene glycol (PEG) 3,000 and 0.1 M sodium citrate (pH 5.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.735 Å / Num. obs: 32572 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 57.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.495 / Num. unique obs: 3161

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.73 Å / SU ML: 0.4172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.7239
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 1986 6.1 %
Rwork0.1856 30567 -
obs0.1886 32553 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7993 0 0 322 8315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00388138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.771110904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04871178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441393
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.28853084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.41651310.29732105X-RAY DIFFRACTION94.95
2.77-2.840.31081460.27262208X-RAY DIFFRACTION99.66
2.84-2.930.35271470.26992188X-RAY DIFFRACTION99.66
2.93-3.020.34381260.25882173X-RAY DIFFRACTION99.65
3.02-3.130.30211530.23532204X-RAY DIFFRACTION99.58
3.13-3.250.33191490.2312192X-RAY DIFFRACTION99.74
3.25-3.40.27621410.22182199X-RAY DIFFRACTION99.57
3.4-3.580.28751400.19912175X-RAY DIFFRACTION99.31
3.58-3.80.221440.17422195X-RAY DIFFRACTION99.41
3.8-4.090.20941420.16112208X-RAY DIFFRACTION99.32
4.09-4.50.18421430.14672201X-RAY DIFFRACTION99.49
4.5-5.140.15911430.14142193X-RAY DIFFRACTION98.94
5.14-6.440.21231450.17472228X-RAY DIFFRACTION99.33
6.44-19.730.2041360.16262098X-RAY DIFFRACTION92.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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