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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dch | ||||||
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タイトル | Alpha-glucosidase from Weissella cibaria BBK-1 bound with acarbose | ||||||
要素 | Alpha-glycosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / maltooligosaccharides / carbohydrate metabolism (炭水化物代謝) / CARBOHYDRATE (炭水化物) | ||||||
生物種 | Weissella cibaria (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.692 Å | ||||||
データ登録者 | Krusong, K. / Wangpaiboon, K. / Kim, S. / Mori, T. / Hakoshima, T. | ||||||
資金援助 | タイ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: A GH13 alpha-glucosidase from Weissella cibaria uncommonly acts on short-chain maltooligosaccharides. 著者: Wangpaiboon, K. / Laohawuttichai, P. / Kim, S.Y. / Mori, T. / Nakapong, S. / Pichyangkura, R. / Pongsawasdi, P. / Hakoshima, T. / Krusong, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dch.cif.gz | 157.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dch.ent.gz | 118.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dch | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 68398.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Weissella cibaria (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
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#2: 多糖 | 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
-非ポリマー , 5種, 546分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, dioxane, MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 76028 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 23.31 Å2 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 21.244 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 15816 / Rpim(I) all: 0.416 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7D9B 解像度: 1.692→27.755 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.692→27.755 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.692→1.7136 Å
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