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- PDB-7dbu: Crystal structure of catalytic domain of Anhydrobiosis-related Mn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dbu
タイトルCrystal structure of catalytic domain of Anhydrobiosis-related Mn-dependent Peroxidase (AMNP) from Ramazzottius varieornatus (Zn2+-bound form)
要素AMNP/g12777
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / Manganese / tardigrade
機能・相同性Conserved secreted protein
機能・相同性情報
生物種Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yoshida, Y. / Satoh, T. / Ota, C. / Tanaka, S. / Horikawa, D.D. / Tomita, M. / Kato, K. / Arakawa, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18J21155, 17H03620 日本
引用ジャーナル: Bmc Genomics / 年: 2022
タイトル: Time-series transcriptomic screening of factors contributing to the cross-tolerance to UV radiation and anhydrobiosis in tardigrades.
著者: Yoshida, Y. / Satoh, T. / Ota, C. / Tanaka, S. / Horikawa, D.D. / Tomita, M. / Kato, K. / Arakawa, K.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMNP/g12777
B: AMNP/g12777
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,20613
ポリマ－37,4862
非ポリマー71911
水4,540252
1
A: AMNP/g12777
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0706
ポリマ－18,7431
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area8270 Å2
手法PISA
2
B: AMNP/g12777
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1357
ポリマ－18,7431
非ポリマー3926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area8210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.293, 48.537, 49.034
Angle α, β, γ (deg.)73.25, 68.61, 89.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 66 - 226 / Label seq-ID: 8 - 168

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 AMNP/g12777


分子量: 18743.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物)
遺伝子: RvY_12637-1, RvY_12637.1, RvY_12637 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D1VPD8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG3350, 100 mM imidazole-HCl buffer (pH 7.5), 300 mM zinc acetate, and 50 mM sodium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月29日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.42 Å / Num. obs: 40100 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.039 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 956 / CC1/2: 0.66 / % possible all: 48.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.624 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2014 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 38053 90.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20.96 Å2-0.51 Å2
2---2.03 Å21.38 Å2
3---1.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2430 0 11 252 2693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9331.6413404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4521.5815299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6175326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.03321.884138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.07215414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6441522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8361.5581283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8331.5561282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3322.3581601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3332.3591602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2481.941222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2481.9441223
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3972.7821799
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0720.3312745
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.8319.9922704
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr15.63834783
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4837 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 59 -
Rwork0.268 1589 -
obs--50.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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