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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dbk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human LDHB in complex with NADH | ||||||
![]() | L-lactate dehydrogenase B chain | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Lactate dehydrogenase / Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase / NAD metabolic process / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / kinase binding / NAD binding / mitochondrial inner membrane ...oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase / NAD metabolic process / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / kinase binding / NAD binding / mitochondrial inner membrane / membrane raft / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sogabe, S. / Miwa, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of the first highly selective inhibitor of human lactate dehydrogenase B. 著者: Shibata, S. / Sogabe, S. / Miwa, M. / Fujimoto, T. / Takakura, N. / Naotsuka, A. / Kitamura, S. / Kawamoto, T. / Soga, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 945.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 773 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36548.207 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAI / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, ammonium acetate, HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 237609 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.042 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 11881 / CC1/2: 0.736 / Rpim(I) all: 0.324 / Rsym value: 0.511 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1I0Z 解像度: 1.802→49.993 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.666 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.333 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.802→49.993 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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