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万見
- PDB-7dac: Human RIPK3 amyloid fibril revealed by solid-state NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dac
タイトルHuman RIPK3 amyloid fibril revealed by solid-state NMR
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
キーワードPROTEIN FIBRIL / programmed necrosis / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of phosphatase activity / regulation of type II interferon production / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death ...regulation of activation-induced cell death of T cells / regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / execution phase of necroptosis / regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of adaptive immune response / regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of phosphatase activity / regulation of type II interferon production / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / programmed necrotic cell death / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / necroptotic signaling pathway / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / activation of protein kinase activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / T cell homeostasis / necroptotic process / lymph node development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / reactive oxygen species metabolic process / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / thymus development / apoptotic signaling pathway / protein modification process / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to hydrogen peroxide / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell differentiation in thymus / regulation of apoptotic process / defense response to virus / amyloid fibril formation / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Wu, X.L. / Zhang, J. / Dong, X.Q. / Liu, J. / Li, B. / Hu, H. / Wang, J. / Wang, H.Y. / Lu, J.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other governmentMinistry of Science and Technology (China) 2017YFA0504804 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: The structure of a minimum amyloid fibril core formed by necroptosis-mediating RHIM of human RIPK3.
著者: Xialian Wu / Yeyang Ma / Kun Zhao / Jing Zhang / Yunpeng Sun / Yichen Li / Xingqi Dong / Hong Hu / Jing Liu / Jian Wang / Xia Zhang / Bing Li / Huayi Wang / Dan Li / Bo Sun / Junxia Lu / Cong Liu /
要旨: Receptor-interacting protein kinases 3 (RIPK3), a central node in necroptosis, polymerizes in response to the upstream signals and then activates its downstream mediator to induce cell death. The ...Receptor-interacting protein kinases 3 (RIPK3), a central node in necroptosis, polymerizes in response to the upstream signals and then activates its downstream mediator to induce cell death. The active polymeric form of RIPK3 has been indicated as the form of amyloid fibrils assembled via its RIP homotypic interaction motif (RHIM). In this study, we combine cryogenic electron microscopy and solid-state NMR to determine the amyloid fibril structure of RIPK3 RHIM-containing C-terminal domain (CTD). The structure reveals a single protofilament composed of the RHIM domain. RHIM forms three β-strands (referred to as strands 1 through 3) folding into an S shape, a distinct fold from that in complex with RIPK1. The consensus tetrapeptide VQVG of RHIM forms strand 2, which zips up strands 1 and 3 via heterozipper-like interfaces. Notably, the RIPK3-CTD fibril, as a physiological fibril, exhibits distinctive assembly compared with pathological fibrils. It has an exceptionally small fibril core and twists in both handedness with the smallest pitch known so far. These traits may contribute to a favorable spatial arrangement of RIPK3 kinase domain for efficient phosphorylation.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
C: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
D: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
E: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3155
ポリマ－59,3155
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, dark field beam-tilt electron microscope experiments determined the mass-per-length which indicated a one-fold amyloid structure, X-ray experiment displayed two typical distance of amyloid structure.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9580 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area8520 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 96structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質
Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3 / RIP-like protein kinase 3 / Receptor-interacting protein 3 / RIP-3


分子量: 11863.072 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK3, RIP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q9Y572, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D DARR 50ms mixing
1151isotropic12D DARR 200ms mixing
1161isotropic12D DARR 500ms mixing
121isotropic12D NcaCX 50ms mixing
131isotropic12D NCOCX 50ms mixing
141isotropic13D NCACX 50ms mixing
151isotropic13D NCOCX 50ms mixing
1171isotropic1zTEDOR 6.4ms mixing
1191isotropic1zTEDOR 8.5ms mixing
1181isotropic12D RFDR 10.7ms mixing
1201isotropic12D INEPT-TOBSY
162isotropic12D DARR 50ms mixing
172isotropic12D DARR 200ms mixing
182isotropic12D DARR 500ms mixing
1212isotropic1zTEDOR 6.4ms mixing
1222isotropic1zTEDOR 8.5ms mixing
1372isotropic12D NcaCX 50ms mixing
1382isotropic12D NCOCX 50ms mixing
193isotropic12D DARR 50ms mixing
1103isotropic12D DARR 200ms mixing
1113isotropic12D DARR 500ms mixing
1243isotropic1zTEDOR 6.4ms mixing
1263isotropic1zTEDOR 8.5ms mixing
1393isotropic12D NcaCX 50ms mixing
1403isotropic12D NCOCX 50ms mixing
1124isotropic12D DARR 50ms mixing
1134isotropic12D DARR 200ms mixing
1144isotropic12D DARR 500ms mixing
1274isotropic1zTEDOR 6.4ms mixing
1284isotropic1zTEDOR 8.5ms mixing
1294anisotropic12D NHHC
1301isotropic22D DARR 50ms mixing
1311isotropic22D DARR 200ms mixing
1321isotropic22D DARR 500ms mixing
1331isotropic22D NcaCX 50ms mixing
1341isotropic22D NCOCX 50ms mixing
1351isotropic23D NCACX 50ms mixing
1361isotropic23D NCOCX 50ms mixing

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
gel solid15 mg/mL [U-100% 13C; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2Ouniformly labeled human RIPK3 with 13C-gulcose and 15N-NH4Cl for carbon and nitrogen source, respectively.uniformly labeled human RIPK3 fibrils95% H2O/5% D2O
gel solid25 mg/mL [U-100% 2-13C Glycerol; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O2-13C glycerol, 15N labeled human RIPK3 with 2-13C glycerol and 15N-NH4Cl for carbon and nitrogen source, respectively.2-13C glycerol, 15N labeled human RIPK3 fibrils95% H2O/5% D2O
gel solid35 mg/mL [U-100% 1, 3-13C Glycerol; U-100% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O1, 3-13C glycerol, 15N labeled human RIPK3 with 1, 3-13C glycerol and 15N-NH4Cl for carbon and nitrogen source, respectively.1, 3-13C glycerol, 15N labeled human RIPK3 fibrils95% H2O/5% D2O
gel solid45 mg/mL [U-50% 13C; natural abundance N][natural abandance 13C; U-50% 15N] human RIPK3 fibrils, 95% H2O/5% D2O[U-50% 13C; natural abundance N] labeled human RIPK3 mixed with [natural abandance 13C; U-50% 15N] at 1:1 molar ratio.[U-50% 13C; natural abundance N][natural abandance 13C; U-50% 15N] mixed-labeled human RIPK3 fibrils95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mg/mLhuman RIPK3 fibrils[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5 mg/mLhuman RIPK3 fibrils[U-100% 2-13C Glycerol; U-100% 15N]2
5 mg/mLhuman RIPK3 fibrils[U-100% 1, 3-13C Glycerol; U-100% 15N]3
5 mg/mLhuman RIPK3 fibrils[U-50% 13C; natural abundance N][natural abandance 13C; U-50% 15N]4
試料状態詳細: dialyzed in H2O for 3 days with pH adjusted to 7.5 / イオン強度: 0 mM / Ionic strength err: 0.5 / Label: H2O / pH: 7.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO70013.2 mm MAS E-free H/C/N
Agilent Direct DriveAgilentDirect Drive7002solid state NMR probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 96 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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