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万見
- PDB-7da7: Mouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7da7
タイトルMouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp in elongated form
要素
  • RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
  • Toll-like receptor 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / complex / innate immune system / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / defense response / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / MAPK cascade / double-stranded RNA binding / defense response to virus / early endosome / endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Toll-like receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Li, B. / Cao, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81788101 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2025
タイトル: Molecular characterization of endosomal self RNA Rmrp-engaged TLR3 dimerization to prime innate activation.
著者: Shikun Zhang / Bo Li / Lun Liu / Dongsheng Gong / Deyu Zhang / Fengjiang Liu / Xiuna Yang / Hua Qin / Deling Kong / Shuyang Zhang / Zihe Rao / Xuetao Cao /
要旨: The pre-dimerization of endosome-localized RNA sensor Toll-like receptor 3 (TLR3) is required for its innate recognition, yet how TLR3 pre-dimers are formed and precisely primed for innate activation ...The pre-dimerization of endosome-localized RNA sensor Toll-like receptor 3 (TLR3) is required for its innate recognition, yet how TLR3 pre-dimers are formed and precisely primed for innate activation remains unclear. Here, we demonstrate that endosome-localized self RNA Rmrp directly binds to TLR3 and induces TLR3 dimerization in the early endosome but does not interact with endosome-localized TLR7, TLR8, TLR9 or cytoplasmic RNA sensor RIG-I under homeostatic conditions. Cryo-EM structure of Rmrp-TLR3 complex reveals a novel lapped conformation of TLR3 dimer engaged by Rmrp, which is distinct from the activation mechanism by dsRNA and the specific structural feature at the 3'-end of Rmrp is critical for its functional interaction with TLR3. Furthermore, K42 residue of TLR3 is essential for binding to Rmrp and subsequent dimerization. Rmrp dissociates from TLR3 following endosomal acidification, generating a matured TLR3 dimer which is primed for innate recognition and activation. Myeloid-cell deficiency of Rmrp reduces TLR3 dimerization and attenuates TLR3-mediated antiviral responses against influenza A both in vitro and in vivo. These findings elucidate the structural mode of self RNA Rmrp-primed TLR3 dimerization and ready for efficient innate recognition on endosomal membrane, extending our knowledge of how membrane-associated TLRs pre-dimerize and suggesting a new function of subcellular localized self RNAs in empowering innate activation.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30624
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 3
B: Toll-like receptor 3
C: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,3283
ポリマ－204,3283
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 3


分子量: 78101.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tlr3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q99MB1
#2: RNA鎖 RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA / lncRNA Rmrp


分子量: 48124.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: NR_001460
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.23 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 6
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono disperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was preformed manually.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 78.5 K / 最低温度: 78.5 K
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10617
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 40 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC2.9.1CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9cryoSPARC2.9.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.9.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC2.9.1分類
12cryoSPARC2.9.1３次元再構成
13PHENIX1.16モデル精密化
画像処理詳細: The selected images were normalized.
CTF補正詳細: CTF correction was done by patch CTF correction. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2545278
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108128 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 97.5 / プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 3CIG

3cig


PDB chain-ID: A / Accession code: 3CIG / Pdb chain residue range: 27-697 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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