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Yorodumi- PDB-3w3s: Crystal structure of A. aeolicus tRNASec in complex with M. kandl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w3s | ||||||
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Title | Crystal structure of A. aeolicus tRNASec in complex with M. kandleri SerRS | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE/RNA / class 2 aminoacyl-tRNA synthetase / transfer RNA / aminoacylation / selenocysteine incorporation / selenium metabolism / LIGASE-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / selenocysteine biosynthetic process / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanopyrus kandleri (archaea) Aquifex aeolicus VF5 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 3.095 Å | ||||||
Authors | Itoh, Y. / Sekine, S. / Yokoyama, S. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2013 Title: Tertiary structure of bacterial selenocysteine tRNA Authors: Itoh, Y. / Sekine, S. / Suetsugu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w3s.cif.gz | 344.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3w3s.ent.gz | 292.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w3s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3w3s_validation.pdf.gz | 847.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3w3s_full_validation.pdf.gz | 872.2 KB | Display | |
Data in XML | 3w3s_validation.xml.gz | 26.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3w3s_validation.cif.gz | 35.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w3s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 62155.410 Da / Num. of mol.: 1 Mutation: R55Y, E58Y, E62Y, R116Y, D118Y, E189R, D193R, E379Y, E383R, E497Y, E499Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanopyrus kandleri (archaea) / Strain: AV19 / Gene: serS / Plasmid: pET26b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2(DE3) / References: UniProt: Q8TVD2, serine-tRNA ligase |
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#2: RNA chain | Mass: 31897.924 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: The tRNASec from Aquifex aeolicus VF5 was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase. Source: (synth.) Aquifex aeolicus VF5 (bacteria) / References: GenBank: 6626248 |
-Non-polymers , 4 types, 25 molecules
#3: Chemical | ChemComp-ZN / | ||
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#4: Chemical | ChemComp-SSA / | ||
#5: Chemical | ChemComp-PT / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.5 Å3/Da / Density % sol: 72.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 100mM trisodium citrate-HCl, 1.3M ammonium sulfate, 210mM potassium sodium tartrate, 50mM imidazole, 400mM NaCl, 10mM MgCl2, 0.5mM 5'-O-[N-(L-seryl)sulfamoyl]adenosine, pH 5.6, VAPOR ...Details: 100mM trisodium citrate-HCl, 1.3M ammonium sulfate, 210mM potassium sodium tartrate, 50mM imidazole, 400mM NaCl, 10mM MgCl2, 0.5mM 5'-O-[N-(L-seryl)sulfamoyl]adenosine, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 3.095→50 Å / Num. all: 31746 / Num. obs: 31714 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -2 / Redundancy: 15 % / Biso Wilson estimate: 102.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 28.4 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Redundancy: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / Num. unique all: 3126 / Rsym value: 0.847 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 3.095→35.823 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 90.343 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 333.86 Å2 / Biso mean: 128.4284 Å2 / Biso min: 54.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.095→35.823 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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