PDB-7o1k: Structure of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o1k

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme alpha-E141A, beta-C92A mutant

要素

3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
Putative acyltransferase Rv0859

キーワード

OXIDOREDUCTASE / trifunctional enzyme / fatty acid beta oxidation / mycobacterium tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Dalwani, S. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R.

資金援助

フィンランド, 3件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Substrate specificity and conformational flexibility properties of the Mycobacterium tuberculosis beta-oxidation trifunctional enzyme.
著者: Dalwani, S. / Lampela, O. / Leprovost, P. / Schmitz, W. / Juffer, A.H. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R.

履歴

登録	2021年3月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月22日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7o1k.ent.gz	691.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7o1k_validation.pdf.gz	296.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o1k_full_validation.pdf.gz	304.6 KB	表示
XML形式データ	7o1k_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	7o1k_validation.cif.gz	63.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/7o1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/7o1k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7o1gC 7o1iC 7o1jC 7o1lC 7o1mC 7o4qC 7o4rC 7o4sC 7o4tC 7o4uC 7o4vC 4b3hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o4q-1 4b3i-d 7o4r-d 7o4v-d 4b3j-d 7o1j-1 7o1m-1 7o1l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (12)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

C: Putative acyltransferase Rv0859

D: Putative acyltransferase Rv0859

ヘテロ分子

244 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	248.936, 134.955, 118.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.409, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-630- HOH
2	1	D-602- HOH

#1: タンパク質	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase 分子量: 77947.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: fadB, Rv0860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O53872, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
#2: タンパク質	Putative acyltransferase Rv0859 分子量: 42428.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: fadA, Rv0859 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O53871, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M Ammonium Sulfate, 0.1M Tea pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.86→48.38 Å / Num. obs: 83114 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 53.56 Å² / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.86→3.04 Å / Num. unique obs: 4155 / CC_1/2: 0.545

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4B3H

4b3h

解像度: 2.86→48.38 Å / SU ML: 0.421 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.2457
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2253	2101	2.53 %
R_work	0.1851	80997	-
obs	0.1861	83098	97.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.86→48.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16666	0	188	138	16992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	17156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5295	23257
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0419	2634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	3043
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7384	6248

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.86-2.93	0.4711	130	0.3671	5012	X-RAY DIFFRACTION	91.14
2.93-3	0.3471	141	0.3129	5441	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3-3.08	0.3232	141	0.2923	5443	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.08-3.17	0.307	141	0.264	5432	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.17-3.28	0.2996	142	0.2601	5465	X-RAY DIFFRACTION	99.13
3.28-3.39	0.3076	141	0.2508	5451	X-RAY DIFFRACTION	98.9
3.39-3.53	0.2731	138	0.2132	5302	X-RAY DIFFRACTION	96.63
3.53-3.69	0.2103	135	0.1869	5230	X-RAY DIFFRACTION	95.29
3.69-3.89	0.2088	143	0.166	5482	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.89-4.13	0.1605	141	0.1459	5457	X-RAY DIFFRACTION	99.4
4.13-4.45	0.1695	143	0.1264	5502	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.45-4.89	0.1511	142	0.1293	5477	X-RAY DIFFRACTION	99.1
4.89-5.6	0.2029	137	0.1537	5280	X-RAY DIFFRACTION	95.66
5.6-7.05	0.2038	143	0.1751	5540	X-RAY DIFFRACTION	99.54
7.05-48.38	0.2	143	0.1521	5483	X-RAY DIFFRACTION	97.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.32961922219	-0.28206897508	0.115535706591	1.53074459284	0.133086720214	1.20137828257	0.0381208280973	0.0800751248205	0.021357995431	-0.227448515064	-0.0437159675211	0.327643082253	-0.131599290049	-0.267001139452	0.0438048083328	0.367094055371	0.022606257772	-0.08577830264	0.383117029202	0.0226579253815	0.34341632735	-65.2837175658	50.0125848426	-28.4672652292
2	0.450157413327	0.11280890127	0.466434650784	0.934670412574	0.543943221978	0.974467341608	-0.0365839072851	0.0141038223951	-0.0139876625264	0.000254101081717	0.00619207480838	0.113678682474	-0.0566146001831	-0.00500090973405	0.0418579359481	0.369031627774	0.00574967008512	-0.0263533635471	0.317341492375	0.0429960037576	0.355445440306	-54.3761037177	37.766428759	-29.3847117101
3	2.17139168661	0.736068917142	-0.168205923751	1.83871649246	-0.475612482076	1.36039743115	-0.0417708410276	0.132870931229	-0.108555731388	-0.123810014149	0.0675974207077	0.361174743686	0.0726499108884	-0.166935042244	0.0292417372535	0.486103216368	-0.0602803688285	-0.0305895284246	0.464231924663	-0.0320208583947	0.436207655895	-70.7810009366	13.5701407263	-55.8958140069
4	1.48558939248	-0.0242939291024	0.556864520617	1.09085091449	0.385357444585	0.882076062396	-0.0715991579746	0.265413755565	-0.124524959918	-0.129457887002	0.0545487801531	-0.0427323118099	0.0670634395905	0.0759295895207	-0.0100686819365	0.444935453124	-0.0704366333837	0.0448133960465	0.409662825346	-0.0323166103412	0.328634554038	-44.4056239982	19.1383711005	-52.8521433842
5	1.78487254225	0.129024744202	0.149885188316	1.98150754019	0.757983034762	2.65663449818	0.134550125387	-0.11392720951	-0.204052236375	0.374494970827	-0.0925483504364	0.0505561803744	0.0900407158761	-0.00160865560824	-0.00385669682271	0.506827683865	-0.130619539794	0.013506912906	0.385734182513	0.0447776916845	0.374721836996	-63.6777053108	8.07980091149	30.1242873733
6	1.15617810835	0.353049623516	-0.42787759996	1.27010452432	-0.0787200097911	1.05531058167	-0.00166026183994	0.00607489836618	0.0418194199872	0.103097884361	-0.0324251892816	0.16922685176	0.0148090279185	-0.195462490789	0.0172447498257	0.369256895684	-0.0151398046342	-0.0108162579652	0.331822955978	0.0074008664339	0.303894575569	-57.2017553206	25.5459973644	23.5749897946
7	1.49803039178	-0.833414644505	-0.328623052351	1.09561144701	0.227757331867	1.0875296149	-0.0550985928233	-0.23188602353	-0.00920038041129	0.187242511357	0.0414059234521	0.297720864423	-0.0118341644661	-0.205330606189	0.0437143178067	0.439375766842	0.01221603638	0.00566970886033	0.479539908523	0.0142107673203	0.381952191692	-56.2541600421	48.725675921	55.1153851283
8	1.66436028979	-0.0794135395076	-0.367573200119	1.45427391867	-0.264539569542	1.77800183669	-0.0024236861465	-0.212827350811	0.144130231127	0.111422834021	0.0512971803826	-0.0213184298049	-0.276243011182	0.124960995772	0.0156988629908	0.375719892525	-4.16751827166E-5	-0.0744335039831	0.365333831666	-0.0300076350515	0.264434929306	-33.0245400209	49.0780740522	45.4250855764
9	0.976857784203	0.10184741776	0.444106846275	1.71986414581	-0.124622129097	1.60179070489	0.0460405221115	0.0330971203313	-0.0718928339893	-0.00924165020261	0.0079672919306	-0.033450202243	0.0687627140448	0.00100986306676	-0.00580156290474	0.322503922458	0.00346712422376	-0.0233134947828	0.292568070298	0.00302670053895	0.258790931732	-25.2112516889	39.9787096558	-12.650593773
10	1.02300541922	1.31071986399	0.170507112914	2.38153580159	0.151640516461	0.165449774136	0.14446768403	0.118504214102	-0.425040447264	0.433831058659	0.169127305309	-0.581686267423	-0.004701550176	-0.0395340842868	0.0108301179051	0.409439094207	-0.0215134530962	0.00326716959707	0.410839561779	0.0734870508299	0.328848046777	-32.8780045519	47.1597872916	15.3766972571
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -12 through 211 )	A	A	-12 - 211	1 - 222
2	2	chain 'A' and (resid 212 through 326 )	A	A	212 - 326	223 - 337
3	3	chain 'A' and (resid 327 through 471 )	A	A	327 - 471	338 - 482
4	4	chain 'A' and (resid 472 through 719 )	A	A	472 - 719	483 - 730
5	5	chain 'B' and (resid -13 through 59 )	B	B	-13 - 59	1 - 66
6	6	chain 'B' and (resid 60 through 291 )	B	B	60 - 291	67 - 300
7	7	chain 'B' and (resid 292 through 528 )	B	B	292 - 528	301 - 539
8	8	chain 'B' and (resid 529 through 720 )	B	B	529 - 720	540 - 730
9	9	chain 'C' and (resid 2 through 132 )	C	C	2 - 132	1 - 131
10	10	chain 'C' and (resid 133 through 163 )	C	C	133 - 163	132 - 162
11	11	chain 'C' and (resid 164 through 233 )	C	C	164 - 233	163 - 234
12	12	chain 'C' and (resid 234 through 278 )	C	C	234 - 278	235 - 279
13	13	chain 'C' and (resid 279 through 403 )	C	C	279 - 403	280 - 406
14	14	chain 'D' and (resid 2 through 107 )	D	D	2 - 107	1 - 108
15	15	chain 'D' and (resid 108 through 132 )	D	D	108 - 132	109 - 135
16	16	chain 'D' and (resid 133 through 163 )	D	D	133 - 163	136 - 166
17	17	chain 'D' and (resid 164 through 203 )	D	D	164 - 203	167 - 208
18	18	chain 'D' and (resid 204 through 233 )	D	D	204 - 233	209 - 238
19	19	chain 'D' and (resid 234 through 277 )	D	D	234 - 277	239 - 282
20	20	chain 'D' and (resid 278 through 313 )	D	D	278 - 313	283 - 318
21	21	chain 'D' and (resid 314 through 403 )	D	D	314 - 403	319 - 408

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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