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- PDB-7d9w: Gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d9w
タイトルGamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens complexed with L-DON
要素(Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03) x 2
キーワードTRANSFERASE / theanine synthesis / transpeptidation / enzyme / protein engineering / substrate specificity / reaction specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoglycin A gamma-glutamyl transpeptidase activity / glutathione hydrolase activity / leukotriene C4 gamma-glutamyl transferase activity / glutathione catabolic process
類似検索 - 分子機能
Gamma-glutamyltranspeptidase / Gamma-glutamyltranspeptidase signature. / Gamma-glutamyltranspeptidase, large subunit, C-terminal domain / Gamma-glutamyltranspeptidase, small subunit / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
6-DIAZENYL-5-OXO-L-NORLEUCINE / GLYCINE / Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas nitroreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hibi, T. / Sano, C. / Putthapong, P. / Hayashi, J. / Itoh, T. / Wakayama, M.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Mutagenesis and structure-based analysis of the role of Tryptophan525 of gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens.
著者: Sano, C. / Itoh, T. / Phumsombat, P. / Hayashi, J. / Wakayama, M. / Hibi, T.
#1: ジャーナル: Biosci Biotechnol Biochem / 年: 2019
タイトル: Crystal structure analysis and enzymatic characterization of gamma-glutamyltranspeptidase from Pseudomonas nitroreducens.
著者: Hibi, T. / Imaoka, M. / Shimizu, Y. / Itoh, T. / Wakayama, M.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
B: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
C: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
D: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7158
ポリマ－122,2194
非ポリマー4964
水7,674426
1
A: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
B: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3574
ポリマ－61,1092
非ポリマー2482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11440 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
2
C: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
D: Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3574
ポリマ－61,1092
非ポリマー2482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11470 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.516, 53.846, 107.549
Angle α, β, γ (deg.)91.590, 100.314, 108.058
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03


分子量: 40283.793 Da / 分子数: 2 / 断片: L-subunit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens (バクテリア)
遺伝子: SAMN05216209_3923 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A239KXH0
#2: タンパク質 Gamma-glutamyltransferase 1 Threonine peptidase. MEROPS family T03


分子量: 20825.461 Da / 分子数: 2 / 断片: S-subunit / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens (バクテリア)
遺伝子: SAMN05216209_3923 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A239KXH0
#3: 化合物 ChemComp-DON / 6-DIAZENYL-5-OXO-L-NORLEUCINE / (S)-2-AMINO-6-DIAZENYL-5-OXOHEXANOIC ACID


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 173.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H11N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG 8000, 15% PE G400, 0.1M HEPES pH 7, 25mM L-DON,25mM DON, 80 mM Gly, gamma-butyllactone

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.56 Å / Num. obs: 68628 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.628 / Num. unique obs: 3389 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZJG

5zjg


解像度: 1.9→40.56 Å / SU ML: 0.1518 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.1405
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 1998 2.91 %
Rwork0.1561 66581 -
obs0.1569 68579 95.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7766 0 28 426 8220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.817110924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04761225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.95862788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.23071000.20813321X-RAY DIFFRACTION67.5
1.95-20.25041460.19234870X-RAY DIFFRACTION96.59
2-2.060.22741450.18254817X-RAY DIFFRACTION96.82
2.06-2.120.22891430.18144766X-RAY DIFFRACTION96.82
2.12-2.20.21181450.17564836X-RAY DIFFRACTION97.13
2.2-2.290.22191470.15894877X-RAY DIFFRACTION97.18
2.29-2.390.18191430.15394815X-RAY DIFFRACTION97.44
2.39-2.520.19851460.15974870X-RAY DIFFRACTION97.64
2.52-2.680.19351450.15424834X-RAY DIFFRACTION97.88
2.68-2.880.17111470.15554919X-RAY DIFFRACTION98.01
2.88-3.170.17911470.15464864X-RAY DIFFRACTION98.37
3.17-3.630.16921480.15524945X-RAY DIFFRACTION98.78
3.63-4.580.14941470.12944911X-RAY DIFFRACTION99.06
4.58-40.560.17231490.15924936X-RAY DIFFRACTION99.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44848636851-0.861905792228-0.4843637318751.950723607850.4387895110321.1639876471-0.20173286252-0.2490028541690.01370598614240.3373484089760.212668356085-0.07114422815910.05507624850150.0498123965138-0.005807943085630.2417422722970.1479248951890.007318274207480.297940351293-0.007434973047040.209618573298-8.4131269639-27.7747288655105.947766969
22.20433590984-1.078208214681.318003837912.70515614867-0.1023874308330.941774920725-0.176960531221-0.2108009565010.3062255820780.0635453357960.362335908576-1.183404121360.2781972755150.7218876240950.06339677142350.2579533398920.1402617638350.01122950211850.507682843502-0.1831272063130.62122419825410.7268800668-22.6043124273104.622077751
31.63490924681-0.789612402519-0.2661032697862.318424315410.7785636857181.3786496014-0.103656499398-0.1183075147560.1305540195310.2604397211770.1575117970660.0110910073019-0.00945623969750.0238408112597-0.04415694527690.2290549301550.1377023579090.03512610846920.2808496806680.005984155216510.205698594714-12.6832382635-22.3730534354104.390523951
40.91737587818-0.376422571233-0.4293513559061.42488608050.9486707442411.536360986890.02873900098910.192706079612-0.0286597994601-0.234304527804-0.2198657643630.181501121323-0.105872691864-0.3585214338170.1366450870260.2449362749810.07863150323930.004246331681180.288837149899-0.01320602648460.227785678154-12.7014036091-40.942252833378.9474320212
51.77353108756-0.8510571499550.001745127390113.875223257440.1932209403230.615572051782-0.0312817858771-0.01349828274010.133846947887-0.05874467802330.0984805553749-0.1490111520840.02933839898310.062522153117-0.02978585142280.2132983692880.117518927120.03158012281380.275626866244-0.02668092611930.228565130764-5.20757826523-26.686060814698.3713050683
61.71476444661-1.7656893245-0.1441338925415.84323771526-0.8157235282131.85605643818-0.01876481184870.0956333819968-0.139524501872-0.118506180538-0.06744540813430.4091338289930.0674264670174-0.1748293325520.07512669089820.1718858879580.08345779260710.02749438505380.260990177152-0.03154978735750.211300998104-13.2263366093-33.616613325494.6618824724
71.270700767080.33129372298-0.5157947856822.03450796697-0.3072539502333.0770203999-0.04978005360760.007989029989850.0489697564764-0.05610780703780.05632385340260.0338036431410.12763843850.1185779653910.009440465049670.1861050777110.09390286358210.03965155512750.1956449944830.006518695568720.205062273463-0.716777267689-43.702492279187.6999560958
81.64956984448-0.486361729292-0.862116629381.464078674260.2102741813154.49772175601-0.101705079831-0.0599939485225-0.03232975697920.1095119270080.148766873539-0.06814819461970.07495568550760.2754965754690.04096061814840.1820216180770.08029214482570.04335339919050.2009865196290.03311318982580.2515975340851.91125408107-44.38006929689.7190826671
93.20776983845-0.8116366219710.1646206055952.266621190761.334565571521.2772882578-0.271474669441-0.717736960354-0.2472856090650.4644428358080.3290661399360.1103844236130.4471139282920.496109541651-0.1075334102230.4153386180120.2629400016910.02284528168030.4393513095690.02759029472060.3219358040821.13606203163-43.7090841343107.873223578
101.23659104388-0.0276531201675-0.115250653572.176750723611.232265173513.364670461530.0388400744871-0.139535141991-0.02685021146190.03343169027540.106382360376-0.1023962083650.2094587613590.263192722611-0.1469620054250.1915076583620.08103626795760.02567637445290.2070267088850.02271394828680.164849994062-5.64767729734-11.794717267554.7366467478
111.05785330987-1.04228211406-0.02048173683664.515119268921.838760498964.28387253214-0.0231967651354-0.251600349425-0.243814866262-0.0527510313928-0.218506813620.7759936572680.410729097106-1.169658702370.2302822008190.275035395801-0.1234514805380.02349162689540.5053230482840.0252791909490.370512964173-24.5484996047-17.263688749357.6921436661
121.201818594-0.0357275703278-0.4836332521061.840547940050.1260248033543.571919101830.0144451189942-0.125526131434-0.1184531529430.01187391585090.0892886015021-0.2575583941460.5095088997810.402832614012-0.09676696677320.3193108823890.1282672434030.001761732558720.279289888157-0.01437529390540.221726461553-1.80494349028-17.708341613352.4741571617
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 26 through 159 )AA26 - 1591 - 135
22chain 'A' and (resid 160 through 199 )AA160 - 199136 - 175
33chain 'A' and (resid 200 through 270 )AA200 - 270176 - 246
44chain 'A' and (resid 271 through 360 )AA271 - 360247 - 336
55chain 'B' and (resid 364 through 421 )BC364 - 4211 - 59
66chain 'B' and (resid 422 through 456 )BC422 - 45660 - 94
77chain 'B' and (resid 457 through 506 )BC457 - 50695 - 144
88chain 'B' and (resid 507 through 544 )BC507 - 544145 - 182
99chain 'B' and (resid 545 through 557 )BC545 - 557183 - 195
1010chain 'C' and (resid 26 through 159 )CF26 - 1591 - 135
1111chain 'C' and (resid 160 through 199 )CF160 - 199136 - 175
1212chain 'C' and (resid 200 through 270 )CF200 - 270176 - 246
1313chain 'C' and (resid 271 through 363 )CF271 - 363247 - 339
1414chain 'D' and (resid 364 through 456 )DH364 - 4561 - 94
1515chain 'D' and (resid 457 through 530 )DH457 - 53095 - 168
1616chain 'D' and (resid 531 through 557 )DH531 - 557169 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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