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万見
- PDB-7d8r: MITF HLHLZ structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d8r
タイトルMITF HLHLZ structure
要素Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / regulation of RNA biosynthetic process / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / regulation of osteoclast differentiation ...melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / regulation of RNA biosynthetic process / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / bone remodeling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / camera-type eye development / E-box binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / SUMOylation of transcription factors / cell fate commitment / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / osteoclast differentiation / negative regulation of cell migration / Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein-containing complex assembly / tRNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / lysosomal membrane / positive regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / : / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain ...MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / : / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Few Secondary Structures / Irregular / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionyl-tRNA synthetase beta subunit / Microphthalmia-associated transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guo, M. / Fang, P. / Wang, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778067 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977108 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2023
タイトル: A unique hyperdynamic dimer interface permits small molecule perturbation of the melanoma oncoprotein MITF for melanoma therapy.
著者: Liu, Z. / Chen, K. / Dai, J. / Xu, P. / Sun, W. / Liu, W. / Zhao, Z. / Bennett, S.P. / Li, P. / Ma, T. / Lin, Y. / Kawakami, A. / Yu, J. / Wang, F. / Wang, C. / Li, M. / Chase, P. / Hodder, P. ...著者: Liu, Z. / Chen, K. / Dai, J. / Xu, P. / Sun, W. / Liu, W. / Zhao, Z. / Bennett, S.P. / Li, P. / Ma, T. / Lin, Y. / Kawakami, A. / Yu, J. / Wang, F. / Wang, C. / Li, M. / Chase, P. / Hodder, P. / Spicer, T.P. / Scampavia, L. / Cao, C. / Pan, L. / Dong, J. / Chen, Y. / Yu, B. / Guo, M. / Fang, P. / Fisher, D.E. / Wang, J.
履歴
登録2020年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年2月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_all / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns.pdbx_netI_over_av_sigmaI / _reflns.pdbx_number_measured_all / _software.version / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sheet_id
解説: Real space R-factor / 詳細: refined some sidechain outliers / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
B: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
C: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
D: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4044
ポリマ－82,4044
非ポリマー00
水68538
1
A: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
B: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2022
ポリマ－41,2022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21340 Å2
手法PISA
2
C: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
D: Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2022
ポリマ－41,2022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.910, 78.120, 80.590
Angle α, β, γ (deg.)93.180, 105.030, 105.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Microphthalmia-associated transcription factor,Methionyl-tRNA synthetase beta subunit


分子量: 20600.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of Microphthalmia-associated transcription factor and Methionyl-tRNA synthetase beta subunit
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: MITF, BHLHE32, metG', aq_422 / 株: VF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75030, UniProt: O66738
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, KCl, PO/OH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→77.124 Å / Num. all: 18512 / Num. obs: 18512 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 101.16 Å2 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.052 / Net I/av σ(I): 6 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 72600
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.163.90.5861.31042726510.3410.6780.5862.498
3.16-3.353.90.292.61011625760.1690.3350.294.498.2
3.35-3.593.90.1734.2945524080.1010.2010.1736.797.9
3.59-3.873.90.116.3878722410.0640.1270.119.898.5
3.87-4.243.90.0679.7822420870.0390.0770.06714.598.4
4.24-4.743.90.05111734018680.030.0590.05119.898.5
4.74-5.483.90.04712.6640216280.0270.0540.04721.898.6
5.48-6.713.90.04412.1549314020.0260.0510.04422.498.9
6.71-9.493.90.03813.6418010690.0220.0440.03827.299
9.49-38.6933.70.03714.621765820.0230.0430.03728.795.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→38.693 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.1 / 位相誤差: 44.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3182 946 5.12 %
Rwork0.2847 17538 -
obs0.2866 18484 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 225.3 Å2 / Biso mean: 117.6446 Å2 / Biso min: 45.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→38.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4760 0 0 38 4798
Biso mean---85.48 -
残基数----684
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0001-3.15820.44461200.4415248198
3.1582-3.3560.40451460.3918250098
3.356-3.61490.43441410.3698249598
3.6149-3.97840.39931410.3486251098
3.9784-4.55330.30411390.2849253698
4.5533-5.73370.29831290.2587251999
5.7337-38.6930.26491300.2293249798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.3472 Å / Origin y: -1.5648 Å / Origin z: 0.1995 Å
111213212223313233
T0.4673 Å20.0322 Å20.0158 Å2-0.6515 Å2-0.0609 Å2--0.5208 Å2
L0.1721 °20.0593 °20.1306 °2-2.5592 °2-0.6172 °2---0.8018 °2
S0.4182 Å °0.0009 Å °0.0228 Å °-0.0087 Å °-0.3756 Å °0.1511 Å °0.0108 Å °-0.093 Å °-0.0405 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA326 - 502
2X-RAY DIFFRACTION1allB326 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1allC326 - 502
4X-RAY DIFFRACTION1allD326 - 502
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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