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- PDB-7d6b: Crystal structure of Oryza sativa Os4BGlu18 monolignol beta-gluco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d6b
タイトルCrystal structure of Oryza sativa Os4BGlu18 monolignol beta-glucosidase with delta-gluconolactone
要素Beta-glucosidase 18
キーワードHYDROLASE / monolignol beta-glucosidase / Os4BGlu18 / delta-gluconolactone
機能・相同性
機能・相同性情報


coniferin metabolic process / coniferin beta-glucosidase activity / glycoside metabolic process / beta-D-fucosidase activity / : / beta-glucosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-glucono-1,5-lactone / Beta-glucosidase 18
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Baiya, S. / Pengthaisong, S. / Ketudat Cairns, J.R.
資金援助 タイ, 2件
組織認可番号国
Other governmentBRG5980015 Thailand Research fund and Suranaree University of Technology タイ
Other governmentSuranaree University of Technology タイ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of rice Os4BGlu18 monolignol beta-glucosidase.
著者: Baiya, S. / Pengthaisong, S. / Kitjaruwankul, S. / Ketudat Cairns, J.R.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase 18
B: Beta-glucosidase 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,55921
ポリマ－110,6642
非ポリマー1,89519
水11,043613
1
A: Beta-glucosidase 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,33911
ポリマ－55,3321
非ポリマー1,00710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-glucosidase 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,22010
ポリマ－55,3321
非ポリマー8889
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.109, 83.831, 207.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A24 - 500
2114B24 - 500

-
要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase 18 / Os4bglu18


分子量: 55331.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: BGLU18, Os04g0513900, LOC_Os04g43410, OSJNBa0004N05.26, OSJNBb0070J16.3
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7XSK0, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-LGC / D-glucono-1,5-lactone / (3S,4R,5R,6S)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-ONE / GLUCONOLACTONE / グルコノデルタラクトン


タイプ: D-saccharide / 分子量: 178.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.92 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 19% PEG 3350, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 53787 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Num. unique obs: 5317 / CC1/2: 0.987

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RGL

2rgl


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.389 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1771 2676 5 %RANDOM
Rwork0.1451 ---
obs0.1467 50803 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.13 Å2 / Biso mean: 19.825 Å2 / Biso min: 8.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.02 Å2-0 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7715 0 121 613 8449
Biso mean--32.63 26.8 -
残基数----952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.95110978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.959316783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1425958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92623.101416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.746151229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4261560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022030
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 7345 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.360.5
MEDIUM THERMAL2.012
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 197 -
Rwork0.148 3689 -
all-3886 -
obs--99.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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