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万見
- PDB-7d68: Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d68
タイトルCryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-Gs protein complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Glucagon-like peptide 2 receptor
  • Nanobody-35
  • Pro-glucagon
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Glucagon-like peptide-2 receptor / Drug target / Class B GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / glucagon receptor activity / sensory perception of chemical stimulus / protein kinase A signaling / mu-type opioid receptor binding / Activation of the phototransduction cascade / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding ...glucagon receptor binding / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / glucagon receptor activity / sensory perception of chemical stimulus / protein kinase A signaling / mu-type opioid receptor binding / Activation of the phototransduction cascade / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / beta-2 adrenergic receptor binding / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of calcium ion import / peptide hormone binding / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / D1 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of gluconeogenesis / regulation of insulin secretion / cellular response to glucagon stimulus / adenylate cyclase activator activity / response to activity / gluconeogenesis / G protein-coupled receptor activity / hormone activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / glucose homeostasis / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / GTPase binding / retina development in camera-type eye / secretory granule lumen / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / synapse / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR family 2, glucagon-like peptide 2 receptor / Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. ...GPCR family 2, glucagon-like peptide 2 receptor / Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucagon-like peptide 2 receptor / Pro-glucagon / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sun, W. / Chen, L. / Zhou, Q. / Zhao, L. / Zhang, H. / Cong, Z. / Shen, D. / Zhao, F. / Zhou, F. / Cai, X. ...Sun, W. / Chen, L. / Zhou, Q. / Zhao, L. / Zhang, H. / Cong, Z. / Shen, D. / Zhao, F. / Zhou, F. / Cai, X. / Chen, Y. / Zhou, Y. / Gadgaard, S. / van der Velden, W.J. / Zhao, S. / Jiang, Y. / Rosenkilde, M.M. / Yang, D. / Xu, H.E. / Zhang, Y. / Wang, M.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: A unique hormonal recognition feature of the human glucagon-like peptide-2 receptor.
著者: Wen Sun / Li-Nan Chen / Qingtong Zhou / Li-Hua Zhao / Dehua Yang / Huibing Zhang / Zhaotong Cong / Dan-Dan Shen / Fenghui Zhao / Fulai Zhou / Xiaoqing Cai / Yan Chen / Yan Zhou / Sarina ...著者: Wen Sun / Li-Nan Chen / Qingtong Zhou / Li-Hua Zhao / Dehua Yang / Huibing Zhang / Zhaotong Cong / Dan-Dan Shen / Fenghui Zhao / Fulai Zhou / Xiaoqing Cai / Yan Chen / Yan Zhou / Sarina Gadgaard / Wijnand J C van der Velden / Suwen Zhao / Yi Jiang / Mette M Rosenkilde / H Eric Xu / Yan Zhang / Ming-Wei Wang /
要旨: Glucagon-like peptides (GLP-1 and GLP-2) are two proglucagon-derived intestinal hormones that mediate distinct physiological functions through two related receptors (GLP-1R and GLP-2R) which are ...Glucagon-like peptides (GLP-1 and GLP-2) are two proglucagon-derived intestinal hormones that mediate distinct physiological functions through two related receptors (GLP-1R and GLP-2R) which are important drug targets for metabolic disorders and Crohn's disease, respectively. Despite great progress in GLP-1R structure determination, our understanding on the differences of peptide binding and signal transduction between these two receptors remains elusive. Here we report the electron microscopy structure of the human GLP-2R in complex with GLP-2 and a G heterotrimer. To accommodate GLP-2 rather than GLP-1, GLP-2R fine-tunes the conformations of the extracellular parts of transmembrane helices (TMs) 1, 5, 7 and extracellular loop 1 (ECL1). In contrast to GLP-1, the N-terminal histidine of GLP-2 penetrates into the receptor core with a unique orientation. The middle region of GLP-2 engages with TM1 and TM7 more extensively than with ECL2, and the GLP-2 C-terminus closely attaches to ECL1, which is the most protruded among 9 class B G protein-coupled receptors (GPCRs). Functional studies revealed that the above three segments of GLP-2 are essential for GLP-2 recognition and receptor activation, especially the middle region. These results provide new insights into the molecular basis of ligand specificity in class B GPCRs and may facilitate the development of more specific therapeutics.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30590
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nanobody-35
P: Pro-glucagon
R: Glucagon-like peptide 2 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,0016
ポリマ－185,0016
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area14780 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area48110 Å2

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short


分子量: 43897.789 Da / 分子数: 1 / 変異: G226A, A366S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04896*PLUS
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 40226.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62871
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63212

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抗体 / タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 非ポリマー , 4種, 10分子 NPR

#4: 抗体 Nanobody-35


分子量: 13711.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: タンパク質・ペプチド Pro-glucagon


分子量: 3769.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P01275
#6: タンパク質 Glucagon-like peptide 2 receptor


分子量: 75534.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLP2R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O95838*PLUS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of the human glucagon-like peptide-2 receptor-Gs protein complexCOMPLEX#1-#60MULTIPLE SOURCES
2Guanine nucleotide-binding proteinCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3Nanobody-35COMPLEX#41MULTIPLE SOURCES
4Glucagon-like peptide 2 receptorCOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bos taurus (ウシ)9913
23synthetic construct (人工物)32630
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
24Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 284669 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048746
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6111836
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.475193
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431318
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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