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- PDB-7d5g: Crystal structure of the CsCE with ligand to have a insight into ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d5g
タイトルCrystal structure of the CsCE with ligand to have a insight into the catalytic mechanism
要素Cellobiose 2-epimerase
キーワードPROTEIN BINDING / cellobiose 2-epimerase / ligand / epimerization / isomerization
機能・相同性cellobiose epimerase / Cellobiose 2-epimerase / cellobiose epimerase activity / N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / Cellobiose 2-epimerase
機能・相同性情報
生物種Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yang, R.J. / Feng, Y.H. / Andrew, J.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31771912 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: A precise swaying map for how promiscuous cellobiose-2-epimerase operate bi-reaction
著者: Feng, Y. / Lyu, X. / Cong, Y. / Miao, T. / Fang, B. / Zhang, C. / Shen, Q. / Matthews, M. / Fisher, A.J. / Zhang, J.Z. / Zhang, L. / Yang, R.
履歴
登録2020年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9195
ポリマ－46,4701
非ポリマー4494
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.729, 90.729, 97.723
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-519-

HOH

21A-735-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cellobiose 2-epimerase / CE


分子量: 46469.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
株: DSM 8903 / 遺伝子: Csac_0294
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A4XGA6, cellobiose epimerase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: Mgnesium chloride, Bis-HCl, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→66.49 Å / Num. obs: 54194 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.48 % / Biso Wilson estimate: 18.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.182 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2756 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z4J

4z4j


解像度: 1.6→66.49 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2016 2742 5.06 %
Rwork0.1661 51451 -
obs0.1678 54193 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.48 Å2 / Biso mean: 23.5491 Å2 / Biso min: 9.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→66.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3279 0 48 323 3650
Biso mean--41.09 34.64 -
残基数----389
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.630.29281480.264125212669100
1.63-1.660.25021300.241425392669100
1.66-1.690.24961310.222925532684100
1.69-1.720.27791500.210824952645100
1.72-1.760.21751350.206725572692100
1.76-1.80.24961190.200325452664100
1.8-1.850.24691520.204625522704100
1.85-1.90.23471560.204425222678100
1.9-1.950.24421270.185825562683100
1.95-2.020.22551580.177325542712100
2.02-2.090.19481350.164825452680100
2.09-2.170.21021120.160125822694100
2.17-2.270.2091400.161925842724100
2.27-2.390.20181300.165325792709100
2.39-2.540.21041020.163626042706100
2.54-2.740.24331480.165925822730100
2.74-3.010.17251360.159625822718100
3.01-3.450.17091490.15812609275899
3.45-4.340.16351270.13512639276699
4.34-66.490.17631570.15132751290898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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