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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d3y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the osPHR2-osSPX2 complex | ||||||
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機能・相同性 | ![]() response to nitrate / regulation of phosphate transport / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cold / DNA-binding transcription factor activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Q.X. / Guan, Z.Y. / Zuo, J.Q. / Zhang, Z.F. / Liu, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into the regulation of plant phosphate homeostasis by the rice SPX2 - PHR2 complex. 著者: Guan, Z. / Zhang, Q. / Zhang, Z. / Zuo, J. / Chen, J. / Liu, R. / Savarin, J. / Broger, L. / Cheng, P. / Wang, Q. / Pei, K. / Zhang, D. / Zou, T. / Yan, J. / Yin, P. / Hothorn, M. / Liu, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 460.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 322.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43437.926 Da / 分子数: 2 / 断片: macro domain / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fusion protein of SPX2, linker and histone macroH2A1.1 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: SPX2, OsI_06282, MACROH2A1, H2AFY / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16809.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: PHR2, Os07g0438800, LOC_Os07g25710, OSJNBa0026I22.19, P0443H10.4 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.63 % |
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結晶化![]() | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Ammonium sulfate, Pentaerythritol ethoxylate, Tacsimate PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月18日 / 詳細: 0.9792 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.11→48.38 Å / Num. obs: 32993 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 123.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 35.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.11→3.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.844 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 4743 / CC1/2: 0.957 / Rpim(I) all: 0.188 / Rrim(I) all: 0.865 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7D3T 解像度: 3.11→48.38 Å / SU ML: 0.4359 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.1497 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 147.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.11→48.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 26.7645188018 Å / Origin y: -60.0185349528 Å / Origin z: 24.513360751 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |