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- PDB-7d2y: complex of two RRM domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d2y
タイトルcomplex of two RRM domains
要素
  • Embryonic developmental protein tofu-6
  • RRM2
キーワードPROTEIN BINDING / RRM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / mitotic sister chromatid separation / embryonic cleavage / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / DNA replication ...21U-RNA metabolic process / positive regulation of chromosome segregation / RNA cap binding complex / piRNA processing / mitotic sister chromatid separation / embryonic cleavage / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of cell division / chromosome segregation / DNA replication / cell division / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein pid-3 / Embryonic developmental protein tofu-6
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Wang, X. / Liao, S. / Xu, C.
資金援助1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for PICS-mediated piRNA biogenesis and cell division.
著者: Wang, X. / Zeng, C. / Liao, S. / Zhu, Z. / Zhang, J. / Tu, X. / Yao, X. / Feng, X. / Guang, S. / Xu, C.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Embryonic developmental protein tofu-6
B: Embryonic developmental protein tofu-6
C: RRM2
D: RRM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1586
ポリマ－38,9664
非ポリマー1922
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.961, 116.961, 140.168
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Embryonic developmental protein tofu-6 / 21U-RNA biogenesis fouled up protein 6 / Maternal effect lethal protein 47


分子量: 10411.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: tofu-6, mel-47, EEED8.1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q09293
#2: タンパク質 RRM2


分子量: 9071.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: pid-3, CELE_Y23H5A.3, Y23H5A.3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O76616
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 2.0M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 27391 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 0.039
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 1.161 / Num. unique obs: 1593 / CC1/2: 0.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D1L

7d1l


解像度: 2.68→23.361 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 2738 10 %
Rwork0.1947 24653 -
obs0.1989 27391 91.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.87 Å2 / Biso mean: 46.6363 Å2 / Biso min: 13.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.68→23.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2561 0 10 38 2609
Biso mean--77.56 33.9 -
残基数----330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6804-2.72660.273880.292578157
2.7266-2.77610.3387890.289380860
2.7761-2.82940.32311040.280388466
2.8294-2.8870.37481130.2414102675
2.887-2.94970.30131340.2319115785
2.9497-3.01820.26141390.2308123593
3.0182-3.09350.26971510.21931372100
3.0935-3.17690.26541490.22361336100
3.1769-3.27020.24671460.21421360100
3.2702-3.37540.24981510.22951363100
3.3754-3.49570.25431430.20381342100
3.4957-3.63520.22591520.18811354100
3.6352-3.79990.24551500.18561367100
3.7999-3.99930.24441530.17121336100
3.9993-4.24850.20391440.16821370100
4.2485-4.57430.20711510.16391340100
4.5743-5.03050.23011510.16811358100
5.0305-5.74890.22541450.1944134099
5.7489-7.20750.21911450.1957127594
7.2075-23.360.16641400.1638124992
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14280.594-0.00741.1574-0.25141.5148-0.1350.02380.39410.1958-0.0640.0323-0.5060.37520.08070.683-0.2884-0.17310.34470.01110.457846.4333-24.934523.479
20.4230.1024-0.37160.0302-0.01821.2294-0.1750.78110.3781-0.36820.13530.2085-0.2362-0.14430.08280.4868-0.2405-0.22271.00110.3280.540522.082-35.6659-18.2384
31.80580.20420.00251.3044-0.26952.1589-0.13940.16850.39120.13790.01650.2858-0.3355-0.06010.110.1475-0.0598-0.01770.2465-0.00570.278427.9511-37.08913.645
40.9210.2588-0.25440.5106-0.33431.0737-0.13820.46640.1861-0.16710.10380.0235-0.16590.21170.11330.195-0.28440.00550.69450.06160.237141.3386-40.0828-5.864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 8 through 92)A8 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 7 through 91)B7 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 200 through 281)C7 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 201 through 281)D8 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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