PDB-7d2g: Coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2delC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d2g

タイトル

Coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2delC

要素

Liprin-alpha-2

キーワード

PROTEIN BINDING / Coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of presynapse / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / dense core granule cytoskeletal transport / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / postsynaptic specialization / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / regulation of dendritic spine development / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Liang, M. / Wei, Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Oligomerized liprin-alpha promotes phase separation of ELKS for compartmentalization of presynaptic active zone proteins.
著者: Liang, M. / Jin, G. / Xie, X. / Zhang, W. / Li, K. / Niu, F. / Yu, C. / Wei, Z.

履歴

登録	2020年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d2g.cif.gz	94 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d2g.ent.gz	76.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7d2g_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7d2g_full_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示
XML形式データ	7d2g_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	7d2g_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d2eC 7d2hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gkn-d 1unj-2 5wiw-1 3nmd-1 4jzp-d 3wuv-3 6to5-d 3wut-3 1h03-1 1unj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Liprin-alpha-2

B: Liprin-alpha-2

C: Liprin-alpha-2

D: Liprin-alpha-2

ヘテロ分子

25.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Liprin-alpha-2

B: Liprin-alpha-2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
12.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Liprin-alpha-2

D: Liprin-alpha-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.057, 33.410, 73.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.250, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Liprin-alpha-2 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF- ...Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF-interacting protein alpha-2 分子量: 6453.071 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 102-150 / 変異: L106M, C143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPFIA2 / プラスミド: pET32m / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75334
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 31730 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 3.72 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.76	9.6	1.312	3006	0.902	0.405	1.376	1.251	92.4
1.76-1.83	11.2	1.119	3050	0.952	0.331	1.17	1.336	96.7
1.83-1.91	12.4	0.948	3178	0.969	0.273	0.988	1.396	99.6
1.91-2.02	13.5	0.629	3228	0.982	0.177	0.653	1.612	100
2.02-2.14	14	0.378	3203	0.99	0.106	0.393	1.875	100
2.14-2.31	14	0.238	3233	0.994	0.068	0.248	2.412	100
2.31-2.54	13.8	0.175	3240	0.994	0.051	0.182	3.214	100
2.54-2.91	13.1	0.135	3219	0.994	0.042	0.142	4.554	99.8
2.91-3.66	12.1	0.094	3257	0.992	0.03	0.099	6.84	99.1
3.66-50	10.7	0.094	3116	0.991	0.031	0.099	14.156	92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2625	3005	5 %
R_work	0.2362	57057	-
obs	0.2375	31588	96.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.01 Å² / B_iso mean: 50.1042 Å² / B_iso min: 26.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1605	0	6	112	1723
B_iso mean	-	-	59.6	53.02	-
残基数	-	-	-	-	198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1646
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.369	2198
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.015	250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	290
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.662	657

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.7196	0.4303	126	0.3838	2339	82
1.7196-1.7493	0.3762	126	0.3703	2448	86
1.7493-1.7811	0.3943	135	0.3621	2517	91
1.7811-1.8153	0.4027	143	0.3507	2640	93
1.8153-1.8524	0.3858	145	0.3706	2743	96
1.8524-1.8927	0.3715	145	0.3444	2776	99
1.8927-1.9367	0.3146	147	0.3314	2844	99
1.9367-1.9851	0.4126	148	0.3021	2792	99
1.9851-2.0388	0.3022	149	0.2902	2828	99
2.0388-2.0988	0.2892	146	0.2672	2814	99
2.0988-2.1665	0.2865	146	0.2729	2776	100
2.1665-2.2439	0.3029	153	0.2499	2838	100
2.2439-2.3337	0.2676	148	0.2354	2790	100
2.3337-2.4399	0.2479	150	0.2347	2815	99
2.4399-2.5685	0.2987	145	0.2343	2828	99
2.5685-2.7294	0.272	148	0.241	2792	99
2.7294-2.94	0.1834	145	0.2356	2777	98
2.94-3.2357	0.2421	145	0.231	2766	98
3.2357-3.7034	0.2304	149	0.2019	2801	98
3.7034-4.664	0.206	136	0.187	2605	93
4.664-50	0.2933	130	0.225	2528	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6079	-4.1256	4.5911	2.6595	-4.4703	5.5995	0.1743	0.3827	0.0199	-0.1069	-0.1589	0.0234	-0.0541	0.2311	-0.1921	0.3421	0.0287	0.0083	0.2929	0.0312	0.2915	46.7967	26.9024	-6.1059
2	5.0639	-1.9531	4.5379	2.5336	-3.2368	9.1343	0.2425	0.3769	-0.2183	-0.0609	-0.0477	0.0651	0.1801	0.0635	-0.2041	0.2728	-0.0117	0.0506	0.2658	0.0043	0.3238	50.7249	22.7633	-8.5874
3	7.6763	-4.095	6.6816	2.4188	-3.2712	6.2742	0.0164	-0.3149	0.0006	0.1654	-0.0012	-0.0651	-0.0969	0.0238	0.0024	0.3996	-0.019	0.0274	0.3731	0.0919	0.3622	51.5132	25.3087	13.8701
4	7.4407	-1.4534	6.5699	0.5277	-1.2549	5.9538	-0.3895	-0.8357	0.2184	0.2118	0.0645	-0.0531	-0.5085	-0.5487	0.2299	0.3796	-0.0222	0.0257	0.3455	0.0637	0.379	46.9443	24.7764	17.7067

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'	A	98 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'	B	97 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'	C	99 - 145
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'	D	97 - 146

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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