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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d2a | ||||||
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タイトル | CBM32 of AlyQ in complex with 4,5-unsaturated mannuronic acid | ||||||
![]() | AlyQ | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / CBM32 / alginate | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Teh, A.H. / Sim, P.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for binding uronic acids by family 32 carbohydrate-binding modules. 著者: Teh, A.H. / Sim, P.F. / Hisano, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16095.180 Da / 分子数: 1 / 断片: CBM32 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | 4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid |
-非ポリマー , 4種, 163分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#4: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-NA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M sodium HEPES, 2% PEG 400, 2.0M ammonium sulphate, 10mg/ml enzymatically degraded sodium alginate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→40.34 Å / Num. obs: 18779 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 6.73 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 5.97 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique obs: 1284 / Rrim(I) all: 0.223 / Χ2: 1.19 / % possible all: 63.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5XNR 解像度: 1.57→40.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.107 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.486 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→40.34 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.611 Å
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