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- PDB-7d2a: CBM32 of AlyQ in complex with 4,5-unsaturated mannuronic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d2a
タイトルCBM32 of AlyQ in complex with 4,5-unsaturated mannuronic acid
要素AlyQ
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM32 / alginate
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Persicobacter sp. CCB-QB2 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Teh, A.H. / Sim, P.F.
資金援助 マレーシア, 1件
組織認可番号国
Other government マレーシア
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for binding uronic acids by family 32 carbohydrate-binding modules.
著者: Teh, A.H. / Sim, P.F. / Hisano, T.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlyQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7055
ポリマ－16,0951
非ポリマー6104
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.608, 55.773, 58.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 AlyQ


分子量: 16095.180 Da / 分子数: 1 / 断片: CBM32 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Persicobacter sp. CCB-QB2 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEP6
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 352.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a1121A-1a_1-5][a11eEA-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-GulpA]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-AllpA]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 163分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M sodium HEPES, 2% PEG 400, 2.0M ammonium sulphate, 10mg/ml enzymatically degraded sodium alginate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→40.34 Å / Num. obs: 18779 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 6.73 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 5.97 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique obs: 1284 / Rrim(I) all: 0.223 / Χ2: 1.19 / % possible all: 63.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XNR

5xnr


解像度: 1.57→40.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.107 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1945 901 4.802 %
Rwork0.1682 17862 -
all0.169 --
obs-18763 91.433 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.486 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.421 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.106 Å20 Å2
3---0.315 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→40.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数969 0 39 160 1168
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.611 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 43 -
Rwork0.257 863 -
obs--60.4806 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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