PDB-7d29: CBM32 of AlyQ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d29

タイトル

CBM32 of AlyQ

要素

AlyQ

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / CBM32 / alginate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Persicobacter sp. CCB-QB2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Teh, A.H. / Sim, P.F.

資金援助

マレーシア, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for binding uronic acids by family 32 carbohydrate-binding modules.
著者: Teh, A.H. / Sim, P.F. / Hisano, T.

履歴

登録	2020年9月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d29.cif.gz	44.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d29.ent.gz	27.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d29.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7d29_validation.pdf.gz	417.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7d29_full_validation.pdf.gz	418 KB	表示
XML形式データ	7d29_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	7d29_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/7d29	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d2aC 5xnrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3aya-1 4tns-2 7cdb-2 4jac-1 6y4e-d 1e30-1 2bq4-1 3elx-d 3k2p-1 2asf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (3) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: AlyQ

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.447, 55.670, 58.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AlyQ 分子量: 16095.180 Da / 分子数: 1 / 断片: CBM32 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Persicobacter sp. CCB-QB2 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6UEP6
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M sodium HEPES, 20% PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→29.56 Å / Num. obs: 14744 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.15 % / R_merge(I) obs: 0.022 / R_rim(I) all: 0.027 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 33.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.84 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 13.2 / Num. unique obs: 969 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.97 / % possible all: 61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XNR

5xnr

解像度: 1.7→22.252 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.455 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	682	4.626 %
R_work	0.1546	14062	-
all	0.156	-	-
obs	-	14744	91.097 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.048 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.128 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.252 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1003	0	1	142	1146

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	34	-
R_work	0.194	642	-
obs	-	-	56.9503 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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