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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d1e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Bacteroides thetaiotaomicron glutaminyl cyclase bound to N-acetylhistamine | ||||||
![]() | Leucine aminopeptidase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glutaminyl cyclase / METAL BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / aminopeptidase activity / N-[2-(1H-IMIDAZOL-4-YL)ETHYL]ACETAMIDE / Leucine aminopeptidase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, K.-F. / Huang, J.-S. / Wu, M.-L. / Hsieh, W.-L. / Wang, A.H.-J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Unique Carboxylic-Acid Hydrogen-Bond Network (CAHBN) Confers Glutaminyl Cyclase Activity on M28 Family Enzymes. 著者: Huang, K.F. / Huang, J.S. / Wu, M.L. / Hsieh, W.L. / Hsu, K.C. / Hsu, H.L. / Ko, T.P. / Wang, A.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 441.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7d17C ![]() 7d18C ![]() 7d1bC ![]() 7d1dC ![]() 7d1hC ![]() 7d1nC ![]() 7d1pC ![]() 7d1yC ![]() 7d21C ![]() 7d23C ![]() 7d2bC ![]() 7d2dC ![]() 7d2iC ![]() 7d2jC ![]() 4fuuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34496.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BN644_01601 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-AHN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5 and 25% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→45 Å / Num. obs: 23903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2377 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4FUU 解像度: 1.85→44.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.656 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.47 Å2 / Biso mean: 23.483 Å2 / Biso min: 11.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→44.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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