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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d0x | ||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR solution structures of the DNA minidumbbell formed by 5'-mCTTGXmCTTG-3' | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / minidumbbell / 5-methylcytosine / abasic site | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | 溶液NMR / restrained molecular dynamics | ![]() Wan, L. / Guo, P. / Lam, S.L. | ![]() ![]() タイトル: 5-Methylcytosine Substantially Enhances the Thermal Stability of DNA Minidumbbells. 著者: Wan, L. / Yi, J. / Lam, S.L. / Lee, H.K. / Guo, P. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 318.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 374.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7d0yC ![]() 7d0zC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2536.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM DNA (5'-D(*(MC1)P*TP*TP*GP*(DX)P*(DMC)P*TP*TP*G)-3'), 10 mM sodium phosphate, 0.02 mM DSS, 99.96% D2O Label: mCTTGX / 溶媒系: 99.96% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 25 mM / Label: 1 / pH: 7.0 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 273 K / Temperature err: 0.1 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |