PDB-7d0y: NMR solution structures of the DNA minidumbbell formed by two CmC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7d0y

タイトル

NMR solution structures of the DNA minidumbbell formed by two CmCTG repeats at pH 5

要素

DNA (5'-D(*(DCZ)P*(5CM)P*TP*GP*CP*(5CM)P*TP*G)-3')

キーワード

DNA / minidumbbell / methylation / CCTG / 5-methylcytosine / pH 5

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / restrained molecular dynamics

データ登録者

Wan, L. / Guo, P. / Lam, S.L.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: 5-Methylcytosine Substantially Enhances the Thermal Stability of DNA Minidumbbells.
著者: Wan, L. / Yi, J. / Lam, S.L. / Lee, H.K. / Guo, P.

履歴

登録	2020年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7d0y.cif.gz	98.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7d0y.ent.gz	66.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7d0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/7d0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/7d0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7d0xC 7d0zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ak0-d 1k64-d 2md6-d 2mxh-d 5gwl-d 4d5m-2 6vhj-d 179d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36379NMR solution structures of the DNA minidumbbell formed by two CmCTG repeats at pH 5

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*(DCZ)P*(5CM)P*TP*GP*CP*(5CM)P*TP*G)-3')

ヘテロ分子

2.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 500	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	DNA (5'-D((DCZ)P(5CM)PTPGPCP(5CM)PTPG)-3') 分子量: 2326.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
構成要素の詳細	DCZ (A 1), 5CM (A 2) have extra atom H3 as N3-site protonated.
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	5	1	isotropic	2	2D 1H-1H COSY
1	6	1	isotropic	2	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 0.2 mM NA DNA, 0.02 mM NA DSS, 10 mM NA NaCl, 99.96% D2O
Label: CmCTG2, pH 5, D2O / 溶媒系: 99.96% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.2 mM	DNA	NA	1
0.02 mM	DSS	NA	1
10 mM	NaCl	NA	1

試料状態

イオン強度: 10 mM / Label: pH 5 / pH: 5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 273 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	chemical shift assignment
Amber	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	structure calculation

精密化

手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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