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- PDB-7d0s: Crystal structure of human HBO1-BRPF2 in complex with succinyl-co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d0s
タイトルCrystal structure of human HBO1-BRPF2 in complex with succinyl-coenzyme A
要素
  • BRD1 protein
  • Histone acetyltransferase KAT7
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / histone acetyltransferase (ヒストンアセチルトランスフェラーゼ) / complex / HBO1 / BRPF2 / succinyl-CoA (スクシニルCoA) / acylation (アシル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K4 acetyltransferase activity / response to hydroxyurea / response to actinomycin D / response to dithiothreitol / response to anisomycin / response to sorbitol / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity ...histone H3K4 acetyltransferase activity / response to hydroxyurea / response to actinomycin D / response to dithiothreitol / response to anisomycin / response to sorbitol / positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / DNA replication-dependent chromatin disassembly / histone H3K14 acetyltransferase activity / natural killer cell differentiation / histone H4 acetyltransferase activity / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H3 acetyltransferase activity / regulation of nucleotide-excision repair / stress-activated protein kinase signaling cascade / histone H3-K14 acetyltransferase complex / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of DNA replication / site of DNA damage / DNA replication origin binding / chromosome, centromeric region / histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase activity / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of DNA replication / regulation of cell growth / transcription coregulator activity / positive regulation of protein localization to nucleus / 染色体 / HATs acetylate histones / DNA複製 / regulation of cell cycle / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / BRPF2, ePHD domain ...Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Acyl-CoA N-acyltransferase / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINYL-COENZYME A / Histone acetyltransferase KAT7 / BRD1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, W. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800622 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: HBO1 is a versatile histone acyltransferase critical for promoter histone acylations.
著者: Xiao, Y. / Li, W. / Yang, H. / Pan, L. / Zhang, L. / Lu, L. / Chen, J. / Wei, W. / Ye, J. / Li, J. / Li, G. / Zhang, Y. / Tan, M. / Ding, J. / Wong, J.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase KAT7
B: BRD1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2294
ポリマ－38,2962
非ポリマー9332
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.098, 39.565, 88.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase KAT7 / Histone acetyltransferase binding to ORC1 / Lysine acetyltransferase 7 / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and ...Histone acetyltransferase binding to ORC1 / Lysine acetyltransferase 7 / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 2 / MYST-2


分子量: 32596.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT7, HBO1, HBOa, MYST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95251, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
#2: タンパク質・ペプチド BRD1 protein / BRPF2


分子量: 5699.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86X06
#3: 化合物 ChemComp-SCA / SUCCINYL-COENZYME A / スクシニルCoA / スクシニルCoA


分子量: 867.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O19P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 24% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50.01 Å / Num. obs: 16040 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1280

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GK9

5gk9


解像度: 2.3→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 22.321 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 772 4.8 %RANDOM
Rwork0.2133 ---
obs0.2155 15157 95.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.3 Å2 / Biso mean: 63.503 Å2 / Biso min: 27.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.35 Å2-0 Å2-0.75 Å2
2--5.73 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 56 11 2484
Biso mean--68.71 39.75 -
残基数----302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9963441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99235425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1245300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.10423.524105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.34815425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5281512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr19.65432535
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.21552475
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 49 -
Rwork0.333 910 -
all-959 -
obs--77.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48250.1095-0.14050.05470.00480.2822-0.0004-0.03990.01650.03160.0012-0.01520.0215-0.0075-0.00080.0554-0.00570.00130.0474-0.00710.0887199.6518-8.408492.6397
20.9609-1.45630.32043.3009-0.07430.2956-0.04070.0353-0.0778-0.09260.04930.0736-0.07850.1072-0.00860.0271-0.03050.01470.11750.02340.0955170.8356-9.274104.507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A336 - 609
2X-RAY DIFFRACTION2B38 - 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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