PDB-7czj: The Crystal Structure of Family 20 CBM of Maltotetraose-forming A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7czj

タイトル

The Crystal Structure of Family 20 CBM of Maltotetraose-forming Amylase from Pseudomonas Saccharophila STB07

要素

Glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Family 20 CBM / maltotetraose-forming amylase / RECOMBINATION

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase / glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase activity / starch catabolic process / starch binding / alpha-amylase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pelomonas saccharophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.495 Å

データ登録者

Li, Z.F. / Ban, X.F. / Zhang, Z.Q. / Li, C.M.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Family 20 CBM of Maltotetraose-forming Amylase from Pseudomonas Saccharophila STB07
著者: Zhang, Z.Q. / Ban, X.F. / Li, C.M. / Gu, Z.B. / Hong, Y. / Cheng, L. / Li, Z.F.

履歴

登録	2020年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7czj.cif.gz	84 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7czj.ent.gz	63 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7czj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/7czj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/7czj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z0bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7czj-2 1g6e-d 3hi9-1 6x1p-d 1gh5-d 1vck-d 3d2q-3 6gc5-3 4jv9-d 2xfd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (9) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase

B: Glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase

ヘテロ分子

20.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.413, 79.883, 92.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase / G4-amylase / Exo-maltotetraohydrolase / Maltotetraose-forming amylase / Maltotetraose-forming exo-amylase 分子量: 10286.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pelomonas saccharophila (バクテリア) 株: STB07 / 遺伝子: mta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P22963, glucan 1,4-alpha-maltotetraohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.16 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate. 1.0 M lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4953→19.7425 Å / Num. obs: 48893 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.36 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.495→2 Å / Num. unique obs: 48893 / CC_1/2: 0.073

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14-3260	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2Z0B

2z0b

解像度: 1.495→19.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.591 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.567 / Matrix type: sparse / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.165

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	2373	4.853 %
R_work	0.1854	46520	-
obs	0.1866	48893	99.116 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.446 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.316 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.495→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1444	0	10	285	1739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.746	1.638	2408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.137	1.563	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.529	5	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.383	23.256	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.958	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.753	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.328	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.236	0.2	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	809
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.259	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.495	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.499	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.522	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.061	1.499	882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.062	1.5	881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.594	2.245	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.593	2.245	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.807	1.536	890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.807	1.535	891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.201	2.298	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.2	2.297	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.688	16.953	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.688	16.951	1923

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.495-1.534	0.577	163	0.2015	3064	X-RAY DIFFRACTION	90.443
1.534-1.576	0.587	163	0.548	3346	X-RAY DIFFRACTION	99.943
1.576-1.622	0.569	192	0.47	3227	X-RAY DIFFRACTION	99.971
1.622-1.672	0.585	160	0.475	3144	X-RAY DIFFRACTION	99.909
1.672-1.726	0.594	168	0.552	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.906
1.726-1.787	0.568	144	0.1723	2975	X-RAY DIFFRACTION	99.872
1.787-1.854	0.573	143	0.566	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.735
1.854-1.93	0.56	135	0.1791	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.016	0.539	140	0.517	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.964
2.016-2.114	0.558	133	0.498	2526	X-RAY DIFFRACTION	99.775
2.114-2.228	0.553	119	0.535	2432	X-RAY DIFFRACTION	99.843
2.228-2.363	0.511	108	0.1769	2307	X-RAY DIFFRACTION	99.959
2.363-2.526	0.539	107	0.1803	2171	X-RAY DIFFRACTION	99.825
2.526-2.728	0.552	99	0.1986	2015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.988	0.548	96	0.541	1866	X-RAY DIFFRACTION	99.847
2.988-3.339	0.574	82	0.549	1701	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.339-3.854	0.567	73	0.529	1509	X-RAY DIFFRACTION	99.622
3.854-4.715	0.53	60	0.1723	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
4.715-6.648	0.646	56	0.556	1026	X-RAY DIFFRACTION	99.632
6.648-19.744	0.549	32	0.2015	585	X-RAY DIFFRACTION	95.216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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