PDB-7cym: Crystal structure of LI-Cadherin EC1-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cym

タイトル

Crystal structure of LI-Cadherin EC1-4

要素

Cadherin-17

キーワード

CELL ADHESION / LI-cadherin / dimerization / MD simulations / SAXS / cell-adhesion / analytical ultracentrifugation / protein chemistry

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptide transmembrane transport / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / marginal zone B cell differentiation / germinal center B cell differentiation / oligopeptide transport / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / catenin complex / Adherens junctions interactions ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Caaveiro, J.M.M. / Yui, A. / Tsumoto, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mechanism of dimerization and structural features of human LI-cadherin.
著者: Yui, A. / Caaveiro, J.M.M. / Kuroda, D. / Nakakido, M. / Nagatoishi, S. / Goda, S. / Maruno, T. / Uchiyama, S. / Tsumoto, K.

履歴

登録	2020年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cym.cif.gz	358.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cym.ent.gz	294.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cym_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cym_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	7cym_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	7cym_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ev1C 4zmyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mzg-1 6mzg-2 6bbn-d 4rr2-d 7740 4281 11666 6bm8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (8) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cadherin-17

B: Cadherin-17

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.360, 70.840, 134.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	4 - 419
2	0	1	0	B	4 - 419

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cadherin-17 / LI-cadherin EC1-4 分子量: 49874.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH17 / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12864

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 45分子

#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.51 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM sodium sulfate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→59.2 Å / Num. obs: 41272 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 1.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.858 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5955 / CC_1/2: 0.907 / R_pim(I) all: 0.371 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOSFLM	7.2.2	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZMY

4zmy

解像度: 2.7→55.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 35.033 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.468 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2744	2040	4.9 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.2247	39218	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.91 Å² / B_iso mean: 75.276 Å² / B_iso min: 44.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0 Å²	-1.18 Å²
2-	-	3.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→55.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6657	0	182	33	6872
B_iso mean	-	-	103.17	62.19	-
残基数	-	-	-	-	835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.014	7003
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	6202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.835	1.703	9552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	1.661	14656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.728	5	835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.242	24.588	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.317	15	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.471	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1182

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12410 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	139	-
R_work	0.363	2854	-
all	-	2993	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1263	0.0197	1.3313	0.4159	-0.0219	1.6978	-0.197	-0.1843	0.0992	0.1497	0.0534	0.1172	-0.3922	-0.2335	0.1436	0.3791	0.0537	-0.0747	0.5266	-0.0367	0.0807	-22.163	3.762	16.897
2	0.519	-0.1343	0.9455	0.061	-0.2405	1.9348	0.0713	-0.0152	-0.0916	0.0732	0.0394	-0.0137	0.0598	-0.0328	-0.1107	0.3951	0.0079	-0.1745	0.4669	-0.0267	0.0891	0.913	-23.996	30.454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 442
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 502
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 4
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1 - 2
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	26 - 443
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	501
7	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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