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- PDB-7cyl: Crystal structure of Karyopherin-beta2 in complex with FUS PY-NLS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cyl
タイトルCrystal structure of Karyopherin-beta2 in complex with FUS PY-NLS(P525L)
要素
  • RNA-binding protein FUS
  • Transportin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN/RNA BINDING PROTEIN / Nuclear import / Karyopherin / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / nuclear localization sequence binding / membraneless organelle assembly / mRNA stabilization / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / intracellular membraneless organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA ...Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / nuclear localization sequence binding / membraneless organelle assembly / mRNA stabilization / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / intracellular membraneless organelle / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / postsynaptic cytosol / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / presynaptic cytosol / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / transcription coregulator activity / molecular condensate scaffold activity / protein homooligomerization / GABA-ergic synapse / small GTPase binding / protein import into nucleus / amyloid fibril formation / transcription coactivator activity / cilium / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / glutamatergic synapse / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAF15/EWS/TLS family / Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Zinc finger domain ...TAF15/EWS/TLS family / Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein FUS / Transportin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yoshizawa, T. / Chook, Y.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM069909 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Mechanism of karyopherin-beta 2 binding and nuclear import of ALS variants FUS(P525L) and FUS(R495X).
著者: Gonzalez, A. / Mannen, T. / Cagatay, T. / Fujiwara, A. / Matsumura, H. / Niesman, A.B. / Brautigam, C.A. / Chook, Y.M. / Yoshizawa, T.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transportin-1
B: RNA-binding protein FUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1142
ポリマ－104,1142
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area37670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.190, 158.366, 68.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Transportin-1 / Karyopherin beta-2 / Importin beta-2 / M9 region interaction protein / MIP


分子量: 98325.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNPO1, KPNB2, MIP1, TRN / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q92973
#2: タンパク質 RNA-binding protein FUS / 75 kDa DNA-pairing protein / Oncogene FUS / Oncogene TLS / POMp75 / Translocated in liposarcoma protein


分子量: 5788.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FUS, TLS / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P35637

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1 M Succinic acid (pH7.0), 1%(w/v) PEG MME2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.06 Å / Num. obs: 39428 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 75.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3860 / CC1/2: 0.815

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FDD

4fdd


解像度: 2.7→47.06 Å / SU ML: 0.311 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.0032
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 1972 5 %
Rwork0.1963 37455 -
obs0.198 39427 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6827 0 0 0 6827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01046972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45689462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09441078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00991221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.70462632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.32851370.30082613X-RAY DIFFRACTION98.74
2.77-2.840.32761380.28622632X-RAY DIFFRACTION99.93
2.84-2.930.2911400.25982648X-RAY DIFFRACTION99.86
2.93-3.020.3391370.25712612X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.130.27261410.24212673X-RAY DIFFRACTION99.86
3.13-3.250.26741400.23342640X-RAY DIFFRACTION99.68
3.25-3.40.26211390.22982645X-RAY DIFFRACTION99.93
3.4-3.580.2811400.22552668X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.80.24761410.20682670X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.10.23321410.18752682X-RAY DIFFRACTION99.93
4.1-4.510.22361410.16972676X-RAY DIFFRACTION99.93
4.51-5.160.19081420.17472710X-RAY DIFFRACTION99.96
5.16-6.50.24411450.21162744X-RAY DIFFRACTION99.97
6.5-47.060.16991500.15652842X-RAY DIFFRACTION98.55
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.534630176 Å / Origin y: 40.7075505528 Å / Origin z: 30.7826833689 Å
111213212223313233
T0.531012596858 Å20.0350728124082 Å2-0.00679642924534 Å2-0.488887516363 Å2-0.0536421787596 Å2--0.405193575401 Å2
L1.17460007189 °2-0.268717522089 °20.422280770994 °2-0.760109088605 °2-0.381124378559 °2--0.349416598187 °2
S0.182831697563 Å °-0.0654599696842 Å °-0.15175322095 Å °-0.0686380443344 Å °-0.104401070647 Å °0.11581761067 Å °0.0644805496489 Å °-0.0312707256654 Å °0.042556881633 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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