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- PDB-7cyi: Crystal structure of Alcohol dehydrogenase 1 from Artemisia annua -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cyi
タイトルCrystal structure of Alcohol dehydrogenase 1 from Artemisia annua
要素Alcohol dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Sesquiterpene biosynthesis / dehydrogenase / zinc ion binding
機能・相同性
機能・相同性情報


S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Artemisia annua (クソニンジン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Feng, X. / Fan, S. / Lv, G. / Li, M. / Wu, G. / Jin, Y. / Yang, Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0901800 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)8161101360 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81872782 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Alcohol dehydrogenase 1 from Artemisia annua
著者: Yang, Z.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase 1
B: Alcohol dehydrogenase 1
C: Alcohol dehydrogenase 1
D: Alcohol dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,65512
ポリマ－166,1324
非ポリマー5238
水181
1
A: Alcohol dehydrogenase 1
D: Alcohol dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3286
ポリマ－83,0662
非ポリマー2624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area29380 Å2
手法PISA
2
B: Alcohol dehydrogenase 1
C: Alcohol dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3286
ポリマ－83,0662
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.533, 78.490, 102.441
Angle α, β, γ (deg.)71.880, 74.020, 59.970
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase 1 / Artemisinic aldehyde synthase


分子量: 41532.996 Da / 分子数: 4 / 変異: L19S, G20S, V78I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artemisia annua (クソニンジン) / 遺伝子: ADH1, CTI12_AA090660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2U1Q018, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG 8000, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 41150 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 53.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 138337
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-3.063.30.65941050.7690.4150.7820.87196.5
3.06-3.183.20.49241020.8080.3220.5910.88396.4
3.18-3.3230.34840490.8580.2370.4240.9795.7
3.32-3.53.40.2640860.9350.1610.3070.97996.8
3.5-3.723.50.18741240.9420.1160.2211.01296.9
3.72-43.40.14440950.9780.090.171.08396.8
4-4.413.40.10240770.9830.0640.1211.05295.7
4.41-5.043.10.07841270.9870.0520.0940.85397.8
5.04-6.353.70.07941870.9880.0480.0920.93798.8
6.35-503.50.06441980.9880.040.0760.93298.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LJH

6ljh


解像度: 2.95→38.96 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.36 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 1874 5.18 %
Rwork0.232 34319 -
obs0.2341 36193 87.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.51 Å2 / Biso mean: 46.0539 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→38.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11276 0 8 1 11285
Biso mean--44.11 30 -
残基数----1503
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.95-3.02980.3879990.343168656
3.0298-3.11890.33031070.3303211569
3.1189-3.21950.37381230.3189230376
3.2195-3.33450.35051430.3132255085
3.3345-3.46790.32061500.2796271390
3.4679-3.62570.30641450.2631273991
3.6257-3.81670.32211650.2566281193
3.8167-4.05560.28981490.2423279392
4.0556-4.36830.24421540.2157284894
4.3683-4.80720.2351600.1958289496
4.8072-5.50110.26061640.1986294198
5.5011-6.92450.23051550.2048296398
6.9245-38.960.21781600.1761296398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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