PDB-7cxg: The ligand-free structure of human PPARgamma LBD Q286E mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cxg

タイトル

The ligand-free structure of human PPARgamma LBD Q286E mutant

要素

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

キーワード

TRANSCRIPTION / Nuclear receptor / ligand binding domain / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding ...prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cell fate commitment / positive regulation of DNA binding / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cell maturation / negative regulation of signaling receptor activity / epithelial cell differentiation / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid metabolic process / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / peptide binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / placenta development / regulation of circadian rhythm / lipid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of blood pressure / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Jang, D.M. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ligand-free structure of human PPARgamma LBD
著者: Jang, D.M. / Han, B.W.

履歴

登録	2020年9月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cxg.cif.gz	127.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cxg.ent.gz	94.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cxg_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cxg_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7cxg_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	7cxg_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/7cxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/7cxg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cxeC 7cxfC 7cxhC 7cxiC 7cxjC 7cxkC 7cxlC 6l8bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r6s-2 6ip4-d 3o80-d 2zk4-2 3vso-d 3ztv-d 3ia6-d 6vzm-d 3wmh-d 3adw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.986, 59.886, 117.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.399, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3 分子量: 32281.334 Da / 分子数: 2 / 変異: Q314E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 51089 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 22.49
反射シェル	解像度: 1.88→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 2502 / CC_1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6L8B

6l8b

解像度: 1.88→49.818 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.229 / WR_factor R_work: 0.186 / SU B: 3.146 / SU ML: 0.094 / Average fsc free: 0.9196 / Average fsc work: 0.9329 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2308	2592	5.183 %
R_work	0.1866	47413	-
all	0.189	-	-
obs	-	50005	98.234 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.027 Å²	0 Å²	0.064 Å²
2-	-	-0.075 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.064 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→49.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4257	0	18	296	4571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	1.635	5849
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	1.576	9854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.371	5	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.644	24.135	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.068	15	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.617	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	961
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.253	2.121	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.25	2.12	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.063	3.165	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.063	3.166	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.681	2.409	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.68	2.41	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.784	3.495	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.783	3.496	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.009	25.648	4989
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.009	25.655	4990

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.929	0.28	164	0.253	2896	X-RAY DIFFRACTION	82.1036
1.929-1.982	0.264	191	0.236	3270	X-RAY DIFFRACTION	95.3706
1.982-2.039	0.261	200	0.214	3337	X-RAY DIFFRACTION	99.3539
2.039-2.102	0.256	173	0.203	3284	X-RAY DIFFRACTION	99.9133
2.102-2.17	0.211	181	0.189	3116	X-RAY DIFFRACTION	99.8788
2.17-2.246	0.227	175	0.187	3037	X-RAY DIFFRACTION	99.6278
2.246-2.331	0.228	157	0.179	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.331-2.426	0.222	153	0.175	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.426-2.534	0.247	136	0.183	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.657	0.236	129	0.189	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.657-2.8	0.217	143	0.185	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.969	0.237	132	0.182	2352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.174	0.227	106	0.185	2247	X-RAY DIFFRACTION	99.8727
3.174-3.427	0.226	110	0.181	2069	X-RAY DIFFRACTION	99.7254
3.427-3.752	0.248	93	0.165	1915	X-RAY DIFFRACTION	99.9502
3.752-4.192	0.201	96	0.157	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
4.192-4.835	0.213	95	0.158	1516	X-RAY DIFFRACTION	99.938
4.835-5.908	0.239	75	0.202	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.9273
5.908-8.297	0.222	45	0.21	1045	X-RAY DIFFRACTION	100
8.297-49.818	0.224	38	0.213	594	X-RAY DIFFRACTION	99.2151

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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