PDB-7cxe: The ligand-free structure of human PPARgamma LBD R280C mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cxe

タイトル

The ligand-free structure of human PPARgamma LBD R280C mutant

要素

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

キーワード

TRANSCRIPTION / Nuclear receptor / ligand binding domain / mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cell maturation / epithelial cell differentiation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / fatty acid metabolic process / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / placenta development / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / cellular response to insulin stimulus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jang, D.M. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ligand-free structure of human PPARgamma LBD
著者: Jang, D.M. / Han, B.W.

履歴

登録	2020年9月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cxe.cif.gz	117.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cxe.ent.gz	88 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cxe_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cxe_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	7cxe_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	7cxe_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/7cxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/7cxe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cxfC 7cxgC 7cxhC 7cxiC 7cxjC 7cxkC 7cxlC 6l8bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vjh-1 2zk6-2 3ads-2 3adt-2 3vso-2 5tto-1 2zk0-2 6e5a-1 6l89-1 5u5l-1 4e4q-2 4jl4-2 3vsp-2 5y2t-1 7lot-1 6jey-1 3adx-2 2zk5-2 5y2o-1 2g0g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.936, 61.281, 119.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.424, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3 分子量: 32226.299 Da / 分子数: 2 / 変異: R308C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 21448 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.43
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 1063 / CC_1/2: 0.88 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6L8B

6l8b

解像度: 2.5→27.873 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / WR_factor R_free: 0.265 / WR_factor R_work: 0.215 / SU B: 10.107 / SU ML: 0.218 / Average fsc free: 0.8881 / Average fsc work: 0.9096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.812 / ESU R Free: 0.334 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2645	983	4.953 %
R_work	0.2156	18862	-
all	0.218	-	-
obs	-	19845	85.458 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.117 Å²	0 Å²	-0.141 Å²
2-	-	0.641 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.421 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.873 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4136	0	0	50	4186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	4205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.216	1.634	5662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.096	1.576	9546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.672	5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.133	24.394	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.791	15	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.043	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	891
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3495
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1702
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.198	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.286	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.812	4.289	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.812	4.288	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.14	6.414	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.139	6.416	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.735	4.573	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.734	4.574	2143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.059	6.728	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.059	6.73	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.871	50.272	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.873	50.282	4626

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.348	57	0.291	1005	X-RAY DIFFRACTION	62.1416
2.565-2.635	0.402	50	0.266	1108	X-RAY DIFFRACTION	70.1393
2.635-2.711	0.329	64	0.268	1127	X-RAY DIFFRACTION	74.3446
2.711-2.794	0.325	65	0.264	1204	X-RAY DIFFRACTION	79.8615
2.794-2.886	0.309	68	0.273	1218	X-RAY DIFFRACTION	86.5993
2.886-2.986	0.415	66	0.279	1247	X-RAY DIFFRACTION	88.0617
2.986-3.099	0.335	72	0.251	1174	X-RAY DIFFRACTION	87.9943
3.099-3.225	0.285	58	0.249	1165	X-RAY DIFFRACTION	88.7518
3.225-3.368	0.295	43	0.239	1107	X-RAY DIFFRACTION	88.5296
3.368-3.531	0.275	58	0.227	1058	X-RAY DIFFRACTION	88.5714
3.531-3.721	0.267	48	0.238	958	X-RAY DIFFRACTION	83.4855
3.721-3.945	0.207	51	0.189	902	X-RAY DIFFRACTION	84.5608
3.945-4.216	0.212	56	0.177	933	X-RAY DIFFRACTION	93.7441
4.216-4.551	0.244	50	0.177	923	X-RAY DIFFRACTION	97.495
4.551-4.981	0.16	36	0.185	885	X-RAY DIFFRACTION	98.9259
4.981-5.562	0.314	42	0.202	807	X-RAY DIFFRACTION	99.8824
5.562-6.41	0.276	37	0.218	693	X-RAY DIFFRACTION	99.8632
6.41-7.818	0.159	30	0.169	602	X-RAY DIFFRACTION	99.842
7.818-10.924	0.16	18	0.124	481	X-RAY DIFFRACTION	99.8
10.924-27.873	0.243	14	0.22	264	X-RAY DIFFRACTION	91.4474

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関連情報:EMDBヘッダ

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