PDB-7cww: Crystal structure of TsrL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cww

タイトル

Crystal structure of TsrL

要素

TsrE

キーワード

ANTIBIOTIC / cyclase

機能・相同性

Thiopeptide-type bacteriocin biosynthesis domain / Lantibiotic biosynthesis dehydratase C-term / Chem-33O / TsrE

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces laurentii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Li, Y. / Pan, L.F.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of TsrL
著者: Li, Y. / Pan, L.F.

履歴

登録	2020年8月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cww.cif.gz	190.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cww.ent.gz	124.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cww_validation.pdf.gz	643.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cww_full_validation.pdf.gz	647.8 KB	表示
XML形式データ	7cww_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	7cww_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/7cww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/7cww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w98S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c7j-1 1xh2-d 6vn5-2 6vn2-1 3lx6-1 6xqk-d 1xcx-d 3vh4-d 2eua-2 6cjo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TsrE

ヘテロ分子

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.895, 78.118, 78.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	TsrE / TsrL 分子量: 42083.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces laurentii (バクテリア) 遺伝子: tsrL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0JRZ1
#2: 化合物	ChemComp-33O / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-dodecaoxaoctatriacontane-1,38-diol / Tridecaethyleneglycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-ドデカオキサオクタトリアコンタン-1,38-ジオ-ル分子量: 590.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₅₄O₁₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.09 M NPS, 50% (v/v) precipitant Mix 1, 0.1 M buffer system 3 at pH 8.5 from the Morpheus screen kit of Molecular Dimension company

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 32054 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.72 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 2→2.06 Å / Num. unique obs: 32045 / CC_1/2: 0.858

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W98

5w98

解像度: 2→44.73 Å / SU ML: 0.1702 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.7746
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	1681	5.25 %
R_work	0.1701	30365	-
obs	0.1721	32046	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2837	0	40	170	3047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	2956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8028	4005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0445	427
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	28.7647	439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.06	0.2513	173	0.2097	2429	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.06-2.13	0.2373	139	0.1942	2477	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.13-2.2	0.2321	131	0.1842	2460	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.2-2.29	0.2036	134	0.1757	2514	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.39	0.2286	100	0.1658	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.52	0.1897	112	0.166	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.68	0.2089	183	0.1663	2460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.88	0.2193	153	0.1689	2510	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.89-3.18	0.2187	121	0.1852	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.18-3.63	0.1964	127	0.1746	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.58	0.2181	122	0.1483	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.49
4.58-44.73	0.1917	186	0.1719	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0359049036	-0.841026305933	-0.141882902486	1.63155713883	0.135703437801	2.10400920574	0.0881372218007	0.202752266371	-0.0963696137647	-0.0326520556758	-0.127608207936	0.0196995135612	0.158806922988	0.099237755155	0.0359413640344	0.242033111772	0.0273647832619	-0.024187346896	0.26432272885	-0.00560959123637	0.27418379369	-4.33420821461	-15.4238374684	-2.89681150727
2	0.902440085031	-0.592470528488	0.329454181211	1.20615096663	-0.6608940965	1.30287155594	-0.0460087361198	0.0150461974503	0.0736161776149	0.0119572121772	0.0199278838457	-0.119393753325	-0.0633884333974	-0.0141354457567	0.0271063948115	0.202484664268	-0.00880924793474	0.00117276052282	0.222113576559	-0.0145912750162	0.213136475612	-16.2517314708	-2.28534663747	-11.4103204859
3	1.32902079121	-0.249981570182	-0.28269194631	1.48873785671	0.283297447951	0.852222283225	0.0383115372743	-0.248523933784	0.422413519468	0.346782766666	0.22023983037	0.0757410616068	-0.397202969009	-0.444624748944	-0.186749163959	0.514853180197	0.0480844687443	0.102820326221	0.568764348245	0.0128035900508	0.462705810132	-37.5130318899	2.09712158788	-3.88537347984
4	0.817668802495	-0.510142920117	-0.109311406794	1.56646069045	-0.70500170672	1.02022658877	-0.106559433659	-0.131157477417	0.0292516149954	0.0884886444498	0.174556915675	0.144757137278	-0.183941540204	-0.276979754005	-0.0389658515794	0.250426396103	0.0305278125571	-0.00691497983685	0.293540943385	-0.00318132671816	0.242131062181	-25.6866322049	2.90713082664	-12.7360908609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 245 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 246 through 307 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 308 through 364 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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