[日本語] English
万見
- PDB-7cvo: crystal structure of Arabidopsis CO CCT domain in complex with NF... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cvo
タイトルcrystal structure of Arabidopsis CO CCT domain in complex with NF-YB3/YC4 and FT CORE2 DNA
要素
  • Chimera of Nuclear transcription factor Y subunit C-4 and Zinc finger protein CONSTANS
  • FT CORE2 DNA forward strand
  • FT CORE2 DNA reverse strand
  • Nuclear transcription factor Y subunit B-3
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / CONSTANS / transcription factor / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / far-red light signaling pathway / regulation of long-day photoperiodism, flowering / positive regulation of photomorphogenesis / CCAAT-binding factor complex / regulation of flower development / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / flower development / response to far red light ...: / far-red light signaling pathway / regulation of long-day photoperiodism, flowering / positive regulation of photomorphogenesis / CCAAT-binding factor complex / regulation of flower development / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / flower development / response to far red light / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / positive regulation of protein metabolic process / regulation of gene expression / response to heat / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCT domain / Zinc finger protein CONSTANS-like / CCT motif / CCT domain profile. / : / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain ...CCT domain / Zinc finger protein CONSTANS-like / CCT motif / CCT domain profile. / : / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear transcription factor Y subunit B-3 / Zinc finger protein CONSTANS / Nuclear transcription factor Y subunit C-4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lv, X. / Du, J.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the multivalent binding of the Arabidopsis FLOWERING LOCUS T promoter by the CO-NF-Y master transcription factor complex.
著者: Lv, X. / Zeng, X. / Hu, H. / Chen, L. / Zhang, F. / Liu, R. / Liu, Y. / Zhou, X. / Wang, C. / Wu, Z. / Kim, C. / He, Y. / Du, J.
履歴
登録2020年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chimera of Nuclear transcription factor Y subunit C-4 and Zinc finger protein CONSTANS
B: Nuclear transcription factor Y subunit B-3
D: FT CORE2 DNA forward strand
E: FT CORE2 DNA reverse strand
F: Chimera of Nuclear transcription factor Y subunit C-4 and Zinc finger protein CONSTANS
G: Nuclear transcription factor Y subunit B-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6696
ポリマ－76,6696
非ポリマー00
水88349
1
A: Chimera of Nuclear transcription factor Y subunit C-4 and Zinc finger protein CONSTANS
B: Nuclear transcription factor Y subunit B-3
D: FT CORE2 DNA forward strand
E: FT CORE2 DNA reverse strand

F: Chimera of Nuclear transcription factor Y subunit C-4 and Zinc finger protein CONSTANS
G: Nuclear transcription factor Y subunit B-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6696
ポリマ－76,6696
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area17500 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area26820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.744, 139.944, 65.569
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Chimera of Nuclear transcription factor Y subunit C-4 and Zinc finger protein CONSTANS / AtNF-YC-4


分子量: 18933.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NFYC4, At5g63470, MLE2.10, CO, At5g15840, F14F8_220
プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9FMV5, UniProt: Q39057
#2: タンパク質 Nuclear transcription factor Y subunit B-3 / AtNF-YB-3 / Transcriptional activator HAP3C


分子量: 11724.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NFYB3, HAP3C, At4g14540, dl3310w, FCAALL.252 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O23310
#3: DNA鎖 FT CORE2 DNA forward strand


分子量: 7752.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#4: DNA鎖 FT CORE2 DNA reverse strand


分子量: 7600.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M KI and 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 28875 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Num. unique obs: 2851 / CC1/2: 0.83 / CC star: 0.952 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AWL

4awl


解像度: 2.6→48.016 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 1456 5.08 %
Rwork0.1962 27202 -
obs0.1974 28658 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.31 Å2 / Biso mean: 58.1874 Å2 / Biso min: 21.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→48.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 1019 0 49 4376
Biso mean---54.52 -
残基数----454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4786260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075707
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4261817
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.69290.26091300.25222721100
2.6929-2.80070.25741380.24652729100
2.8007-2.92820.30691540.24742708100
2.9282-3.08260.32351570.25142732100
3.0826-3.27560.2361500.23282727100
3.2756-3.52850.2431350.21462720100
3.5285-3.88340.23531530.1916267098
3.8834-4.4450.19381320.1668273699
4.445-5.59890.1781380.16942738100
5.5989-480.18381690.1717272199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0342-0.13070.1720.643-0.82951.16780.44830.2429-0.0174-0.0311-0.3167-0.96421.13231.82840.3371.21210.1261-0.03751.26550.00741.0352.511-26.889-21.681
27.6426-1.32690.33157.1718-0.90386.5308-0.02340.25760.017-0.01740.2064-0.4637-0.53170.036-0.13060.3312-0.01230.07080.5197-0.0520.412113.411-31.806-12.528
32.16031.59791.26961.648-0.38763.06160.0379-0.30320.08540.854-0.0214-0.06160.18890.2402-0.08860.8419-0.060.03480.6194-0.07120.69933.749-17.46715.79
42.37610.86190.35395.5698-0.3672.46880.04440.03210.04840.1402-0.0065-0.1405-0.03930.1114-0.05970.36740.02130.0380.3234-0.0010.25230.525-33.315-3.958
57.2218-1.7251.07947.3610.37832.9935-0.4898-0.16010.73160.0101-0.14380.7835-0.8874-0.54070.40880.5420.067-0.14170.4767-0.04420.5927-12.234-25.431-8.387
63.05713.1055-3.15186.5146-0.42255.59170.1897-0.89990.00570.8172-0.15310.48460.684-0.03970.06290.6156-0.04340.01640.45780.0230.2931-0.714-29.1944.778
72.02211.09170.05086.07991.72872.7983-0.04710.038-0.0732-0.01540.0411-0.007-0.08180.10480.04740.2813-0.0043-0.02250.33790.02390.2625-2.307-34.808-5.245
84.3421.5379-3.10717.85-2.31337.4847-0.36160.0399-0.6766-0.40970.1076-0.24441.18440.04120.27090.30610.0080.02060.2592-0.02680.3437-0.071-53.162-8.764
95.80551.47940.39723.6712-0.67257.57080.20640.6657-0.3755-0.4843-0.3527-0.71270.5660.84430.00740.51740.0740.00850.5075-0.05040.54798.09-42.28-11.01
101.06021.4436-0.15164.9137-0.81510.75250.2885-0.2130.02010.2595-0.46340.00580.05370.06470.15360.60180.00630.04360.4699-0.01890.4519-1.613-20.43510.287
110.71941.1573-0.21824.5566-0.71591.37510.2402-0.1613-0.02470.5425-0.39630.0709-0.09870.17080.13090.538-0.01540.00240.4918-0.06760.5176-3.86-24.210.75
129.17620.63781.21426.16440.36340.414-0.28750.0482-0.93710.12160.30930.16580.3829-0.51840.07840.4320.0524-0.05520.6792-0.01390.618939.782-40.192-13.091
135.1214-2.5587-2.16647.2581.88066.63080.73091.02060.1173-0.2014-0.6951-0.489-0.0436-0.6755-0.17940.4564-0.001-0.02190.49270.08060.352321.687-27.172-28.671
145.8294-0.38960.39582.611-1.85126.5203-0.13670.5145-0.508-0.1558-0.1102-0.79730.24580.52830.31230.3191-0.01660.01290.5102-0.07950.440332.244-38.755-22.716
153.95130.56590.30442.3704-0.57034.8559-0.24270.2636-1.02250.0826-0.4199-0.14331.19140.52020.53840.61480.07770.1040.51460.01940.737429.126-50.719-16.862
166.85610.5561-0.01635.8697-1.08696.9641-0.32530.2843-0.8708-0.02940.20210.29971.5209-0.3460.18820.5997-0.06890.20240.50480.00360.728815.646-46.524-18.378
171.9735-1.1092.21336.0465-0.33987.39170.27771.4262-0.3561-1.48-0.5021-0.11730.2972-0.62480.26750.67710.05450.09710.7037-0.14520.516827.374-43.242-31.782
183.69392.29350.57874.8493-0.68083.193-0.09340.2142-0.5112-0.39430.0824-0.55890.29320.0463-0.04540.3054-0.00420.04220.471-0.00410.359825.105-37.018-21.6
194.1944-1.16271.27472.64514.06859.0230.1954-0.57391.66630.99590.28060.6048-1.498-0.3636-0.26150.89810.02650.07250.62020.06220.791123.193-14.043-19.724
205.788-1.21321.71642.1736-2.34928.111-0.50530.32931.14270.8570.4012-0.5598-0.97440.4061-0.28170.499-0.0197-0.04790.4565-0.04550.555930.607-22.674-16.455
219.48513.0615-2.74615.8591-0.97624.95420.0752-0.53860.59370.2492-0.4279-0.0757-0.46250.54160.36960.3385-0.0122-0.0460.6514-0.03610.423234.76-30.534-15.88
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 298:302 )A298 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 303:319 )A303 - 319
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 320:347 )A320 - 347
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 23:94 )B23 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 95:110 )B95 - 110
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 77:90 )A77 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 91:126 )A91 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 127:143 )A127 - 143
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 144:156 )A144 - 156
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND RESID 1:25 )D1 - 25
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN E AND RESID 1:25 )E1 - 25
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN F AND RESID 300:319 )F300 - 319
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN G AND RESID 23:46 )G23 - 46
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN G AND RESID 47:74 )G47 - 74
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN G AND RESID 75:94 )G75 - 94
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN G AND RESID 95:110 )G95 - 110
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN F AND RESID 78:90 )F78 - 90
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN F AND RESID 91:126 )F91 - 126
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN F AND RESID 127:133 )F127 - 133
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN F AND RESID 134:143 )F134 - 143
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN F AND RESID 144:155 )F144 - 155

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る