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Yorodumi- PDB-7cvq: crystal structure of Arabidopsis CO CCT domain in complex with NF... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7cvq | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | crystal structure of Arabidopsis CO CCT domain in complex with NF-YB2/YC3 and FT CORE1 DNA | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / CONSTANS / transcription factor / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationfar-red light signaling pathway / positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / regulation of flower development / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / flower development / response to far red light / response to water deprivation ...far-red light signaling pathway / positive regulation of photomorphogenesis / long-day photoperiodism, flowering / CCAAT-binding factor complex / regulation of flower development / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / flower development / response to far red light / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.3 Å | ||||||
Authors | Lv, X. / Du, J. | ||||||
Citation | Journal: Plant Cell / Year: 2021Title: Structural insights into the multivalent binding of the Arabidopsis FLOWERING LOCUS T promoter by the CO-NF-Y master transcription factor complex. Authors: Lv, X. / Zeng, X. / Hu, H. / Chen, L. / Zhang, F. / Liu, R. / Liu, Y. / Zhou, X. / Wang, C. / Wu, Z. / Kim, C. / He, Y. / Du, J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7cvq.cif.gz | 581.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7cvq.ent.gz | 477.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7cvq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7cvq_validation.pdf.gz | 542.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7cvq_full_validation.pdf.gz | 585.7 KB | Display | |
| Data in XML | 7cvq_validation.xml.gz | 39.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 7cvq_validation.cif.gz | 54 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/7cvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/7cvq | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7cvoSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 20021.914 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: NFYC3, At1g54830, F14C21.41, T22H22.22, CO, At5g15840, F14F8_220 Plasmid: pET-Sumo / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 11175.779 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: DNA chain | Mass: 7762.034 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #4: DNA chain | Mass: 7592.922 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.83 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 / Details: 0.1 M CHES, pH 9.5 and 40% PEG 400 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9792 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2019 |
| Radiation | Monochromator: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.3→40 Å / Num. obs: 28108 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 95.43 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 7.7 |
| Reflection shell | Resolution: 3.3→3.42 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.811 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2727 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / Rsym value: 0.811 / % possible all: 97.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7CVO Resolution: 3.3→35.181 Å / SU ML: 0.5 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 31.25 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 272.9 Å2 / Biso mean: 127.4662 Å2 / Biso min: 36.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.3→35.181 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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