[日本語] English
万見
- PDB-7cuy: Crystal structure of Primo-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cuy
タイトルCrystal structure of Primo-1
要素Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase 1
キーワードHYDROLASE / LMW-PTP / LMWPTP / Primo-1
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight, mammalian / : / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.081 Å
データ登録者Lee, H.S. / Kim, S.J. / Ku, B.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science, ICT and Future Planning (MSIP)2019M3E5D6063955 韓国
引用ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2020
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Two Drosophila Low Molecular Weight-Protein Tyrosine Phosphatases DARP and Primo-1.
著者: Lee, H.S. / Mo, Y. / Shin, H.C. / Kim, S.J. / Ku, B.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase 1
B: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7844
ポリマ－37,3072
非ポリマー4772
水2,216123
1
A: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8922
ポリマ－18,6541
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8922
ポリマ－18,6541
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.921, 59.902, 60.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase 1 / Low molecular weight cytosolic acid phosphatase 1 / PTPase 1


分子量: 18653.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: primo-1, CG31311 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P82890, protein-tyrosine-phosphatase, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.47), 1.2 M sodium citrate tribasic, 9% (w/v) D-sorbitol

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.081→50 Å / Num. obs: 18049 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.983 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.081→2.14 Å / Num. unique obs: 839 / CC1/2: 0.832 / Rsym value: 0.252

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5got

5got


解像度: 2.081→29.81 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 1793 9.94 %
Rwork0.1795 16247 -
obs0.1855 18040 96.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.67 Å2 / Biso mean: 29.6046 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.081→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 0 30 123 2549
Biso mean--30.66 32.9 -
残基数----307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9543307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0241515
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0813-2.13750.28771140.2319102080
2.1375-2.20040.30071340.2372122796
2.2004-2.27140.32591410.2175122795
2.2714-2.35250.27091310.2037122695
2.3525-2.44670.26761400.1994124696
2.4467-2.5580.29191400.2071124797
2.558-2.69280.27191390.2021127197
2.6928-2.86130.26181480.1871126999
2.8613-3.08210.25871370.1902128999
3.0821-3.39180.22461410.1752128399
3.3918-3.88170.21011420.1509130499
3.8817-4.88710.19141380.137129299
4.8871-29.810.20511480.1768134699

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る