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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ctc | ||||||
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タイトル | FECH - inhibitor complex 1 | ||||||
要素 | Ferrochelatase, mitochondrial鉄付加酵素 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / heme synthesis enzyme porphyrin binding FECH inhibitor ocular neovascularization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / regulation of eIF2 alpha phosphorylation by heme / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / protoporphyrin ferrochelatase / response to insecticide / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process ...protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / regulation of eIF2 alpha phosphorylation by heme / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / protoporphyrin ferrochelatase / response to insecticide / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / ferrochelatase activity / heme A biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / response to methylmercury / response to arsenic-containing substance / ヘム / heme biosynthetic process / response to light stimulus / cholesterol metabolic process / cellular response to dexamethasone stimulus / 赤血球形成 / generation of precursor metabolites and energy / ferrous iron binding / response to lead ion / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / response to ethanol / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / heme binding / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, S.J. / Park, J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: FECH - inhibitor complex 1 著者: Lee, S.J. / Park, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ctc.cif.gz | 170.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ctc.ent.gz | 131.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ctc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ctc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7ctc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47881.062 Da / 分子数: 2 / 変異: R115L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FECH / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22830, protoporphyrin ferrochelatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M PCB buffer pH 5.6, 15% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 61965 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 5753 / CC1/2: 0.911 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3w1w 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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