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- PDB-7ct9: Crystal structure of SAH bound CmoB from Vibrio Vulnificus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ct9
タイトルCrystal structure of SAH bound CmoB from Vibrio Vulnificus
要素tRNA U34 carboxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / carboxymethyl transferase / tRNA modification / SAH / S-adenosyl homocysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA wobble uridine modification / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
tRNA U34 carboxymethyltransferase / tRNA (Mo5U34)-methyltransferase-like / Protein of unknown function (DUF1698) / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA U34 carboxymethyltransferase / tRNA U34 carboxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus MO6-24/O (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kim, J. / Jeong, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural snapshots of CmoB in various states during wobble uridine modification of tRNA.
著者: Jeong, S. / Kim, J.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA U34 carboxymethyltransferase
B: tRNA U34 carboxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9508
ポリマ－76,7882
非ポリマー1,1636
水6,954386
1
A: tRNA U34 carboxymethyltransferase
B: tRNA U34 carboxymethyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA U34 carboxymethyltransferase
B: tRNA U34 carboxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,90116
ポリマ－153,5754
非ポリマー2,32612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area49260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.535, 50.462, 104.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SAH / End label comp-ID: SAH / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 401 / Label seq-ID: 1

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - C
2BB - F

-
要素

#1: タンパク質 tRNA U34 carboxymethyltransferase


分子量: 38393.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus MO6-24/O (バクテリア)
株: MO6-24/O
遺伝子: cmoB, CRN46_03385, CRN52_23395, D8T49_20765, D8T54_03695, JS86_05215
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A087JHK9, UniProt: Q8DAP0*PLUS, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 36969 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 1.636 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 147619
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.90.82818180.7010.4780.9591.46399.9
2.34-2.383.90.62817970.730.3620.7271.54999.9
2.38-2.433.90.6118410.7760.3490.7051.49999.9
2.43-2.4840.57118460.8310.3250.6591.524100
2.48-2.5340.52418410.8460.2990.6061.59599.9
2.53-2.5940.44318450.8790.2530.5111.57299.9
2.59-2.6640.42418420.8850.2410.4891.59699.9
2.66-2.7340.34618210.9210.1980.41.6599.9
2.73-2.814.10.31318380.9390.1780.3611.588100
2.81-2.940.25818420.9510.1480.2991.59899.9
2.9-34.10.20418570.9740.1150.2351.64499.9
3-3.124.10.16818110.9740.0950.1941.68999.9
3.12-3.264.10.13918530.9850.0790.161.63899.9
3.26-3.444.10.10718460.9890.0610.1241.64999.9
3.44-3.654.10.08518780.9930.0480.0981.75199.8
3.65-3.9340.07118440.9940.0410.0821.96399.9
3.93-4.3340.05618540.9970.0320.0651.62399.7
4.33-4.9540.05318680.9960.0310.0611.75699.8
4.95-6.2440.05418900.9960.0310.0631.57799.9
6.24-503.70.04819370.9950.030.0571.77699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qnx

4qnx


解像度: 2.3→30.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.749 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 1784 5 %RANDOM
Rwork0.1718 ---
obs0.1746 34208 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.89 Å2 / Biso mean: 25.242 Å2 / Biso min: 10.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å2-0 Å2-2 Å2
2--1.09 Å2-0 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→30.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5291 0 76 386 5753
Biso mean--30.77 29 -
残基数----656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.6397537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3091.57311602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5785656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.66221.836305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30715894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5351539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021189
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11046 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 116 -
Rwork0.278 2506 -
all-2622 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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