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- PDB-7csy: Pseudomonas aeruginosa antitoxin HigA with higBA promoter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7csy
タイトルPseudomonas aeruginosa antitoxin HigA with higBA promoter
要素
  • DNA (28-MER)
  • DNA (29-MER)
  • HTH cro/C1-type domain-containing protein
キーワードANTITOXIN/DNA / dimer / ANTITOXIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxin-antitoxin system, antidote protein, HigA / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / HTH cro/C1-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Song, Y.J. / Luo, G.H. / Bao, R.
引用ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2021
タイトル: Pseudomonas aeruginosa antitoxin HigA functions as a diverse regulatory factor by recognizing specific pseudopalindromic DNA motifs.
著者: Song, Y. / Luo, G. / Zhu, Y. / Li, T. / Li, C. / He, L. / Zhao, N. / Zhao, C. / Yang, J. / Huang, Q. / Mu, X. / Tang, X. / Kang, M. / Wu, S. / He, Y. / Bao, R.
履歴
登録2020年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH cro/C1-type domain-containing protein
B: HTH cro/C1-type domain-containing protein
C: HTH cro/C1-type domain-containing protein
D: HTH cro/C1-type domain-containing protein
E: DNA (28-MER)
F: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8577
ポリマ－62,5346
非ポリマー3221
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13010 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.255, 100.433, 68.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.214, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
HTH cro/C1-type domain-containing protein


分子量: 11259.780 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA4674 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HVC1
#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8667.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8827.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.36 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M HEPES pH7.5, 0.1M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→29.66 Å / Num. obs: 71719 / % possible obs: 98.78 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 43.15 Å2 / CC1/2: 0.596 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 2.29→2.368 Å / Num. unique obs: 3415 / CC1/2: 0.401

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F8H

6f8h


解像度: 2.29→29.66 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 29.7627 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 3870 5.4 %
Rwork0.2092 67849 -
obs0.2113 71719 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 1167 20 57 4216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00864360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05456145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.04112424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.310.39421070.36081871X-RAY DIFFRACTION75.5
2.31-2.340.33981340.34452428X-RAY DIFFRACTION96.39
2.34-2.370.36481380.3062401X-RAY DIFFRACTION97.13
2.37-2.410.33111410.30462393X-RAY DIFFRACTION96.9
2.41-2.440.34771370.31182399X-RAY DIFFRACTION95.99
2.44-2.480.40251410.31552409X-RAY DIFFRACTION97.44
2.48-2.520.33831360.30232380X-RAY DIFFRACTION96.81
2.52-2.560.34971400.28142435X-RAY DIFFRACTION98.13
2.56-2.60.31861410.27162466X-RAY DIFFRACTION97.68
2.6-2.650.30991400.26712456X-RAY DIFFRACTION97.63
2.65-2.70.28571400.2592444X-RAY DIFFRACTION97.92
2.7-2.750.35931360.26832376X-RAY DIFFRACTION97.9
2.75-2.810.35711370.26212427X-RAY DIFFRACTION98.24
2.81-2.880.30471370.25542513X-RAY DIFFRACTION98.26
2.88-2.950.30931400.25522424X-RAY DIFFRACTION99
2.95-3.030.30711380.26052448X-RAY DIFFRACTION98.89
3.03-3.120.35751400.26352483X-RAY DIFFRACTION98.35
3.12-3.220.25051350.23092423X-RAY DIFFRACTION98.12
3.22-3.340.26441390.20242465X-RAY DIFFRACTION99.24
3.34-3.470.20231400.19222456X-RAY DIFFRACTION98.41
3.47-3.630.23171430.2052463X-RAY DIFFRACTION99.05
3.63-3.820.24341440.19792452X-RAY DIFFRACTION99.58
3.82-4.060.20451410.17612490X-RAY DIFFRACTION99.62
4.06-4.370.19071410.16082480X-RAY DIFFRACTION99.47
4.37-4.810.17961400.15862465X-RAY DIFFRACTION99.73
4.81-5.50.20541430.17172473X-RAY DIFFRACTION99.66
5.5-6.910.22751430.17422490X-RAY DIFFRACTION99.62
6.91-29.660.1651380.15192439X-RAY DIFFRACTION98.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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