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- PDB-7csl: Crystal structure of the archaeal EF1A-EF1B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7csl
タイトルCrystal structure of the archaeal EF1A-EF1B complex
要素
  • Elongation factor 1-alpha
  • Elongation factor 1-beta
キーワードTRANSLATION / translation elongation / Guanine exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EF1B, beta chain, archaeal / Translation elongation factor EF1B, beta/delta subunit, guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor eEF-1beta-like superfamily / EF-1 guanine nucleotide exchange domain / EF-1 guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site ...Translation elongation factor EF1B, beta chain, archaeal / Translation elongation factor EF1B, beta/delta subunit, guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor eEF-1beta-like superfamily / EF-1 guanine nucleotide exchange domain / EF-1 guanine nucleotide exchange domain / Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor 1-alpha / Elongation factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT-3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Suzuki, T. / Ito, K. / Miyoshi, T. / Murakami, R. / Uchiumi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03155 日本
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the Switching Off of the Interaction between the Archaeal Ribosomal Stalk and aEF1A by Nucleotide Exchange Factor aEF1B.
著者: Suzuki, T. / Ito, K. / Miyoshi, T. / Murakami, R. / Uchiumi, T.
履歴
登録2020年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 1-alpha
B: Elongation factor 1-alpha
C: Elongation factor 1-beta
D: Elongation factor 1-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5804
ポリマ－117,5804
非ポリマー00
水4,522251
1
A: Elongation factor 1-alpha
C: Elongation factor 1-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7902
ポリマ－58,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
2
B: Elongation factor 1-alpha
D: Elongation factor 1-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7902
ポリマ－58,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.149, 70.194, 77.822
Angle α, β, γ (deg.)112.900, 91.770, 89.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor 1-alpha / EF-1-alpha / Elongation factor Tu / EF-Tu


分子量: 48426.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT-3 (古細菌)
株: OT-3 / 遺伝子: tuf, PH1484, PHCC033 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59153
#2: タンパク質 Elongation factor 1-beta / EF-1-beta / aEF-1beta


分子量: 10363.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT-3 (古細菌)
株: OT-3 / 遺伝子: ef1b, PH0026.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58748
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.0, 10% w/v PEG6000, 5% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.891
11h,-k,-l20.109
反射解像度: 2→44.41 Å / Num. obs: 70518 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 10918

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WY9, 2YY3

3wy9

2yy3


解像度: 2→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.055 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2752 3475 5 %RANDOM
Rwork0.2247 ---
obs0.2273 66026 95.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.63 Å2 / Biso mean: 49.397 Å2 / Biso min: 27.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å2-0.16 Å2-0.63 Å2
2---2.78 Å20.55 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7992 0 0 251 8243
Biso mean---49.87 -
残基数----1018
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.97211046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.007318780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.25251012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49424.709344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.771151484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0971542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021682
LS精密化 シェル解像度: 2→2.048 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 230 -
Rwork0.296 4384 -
obs--85.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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