PDB-7cqx: GmaS/ADP complex-Conformation 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cqx

タイトル

GmaS/ADP complex-Conformation 2

要素

Type III glutamate--ammonia ligase

キーワード

LIGASE / GMA synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine synthetase / polyamine catabolic process / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nitrogen fixation / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of gamma-glutamylmethylamide synthetase provide insight into bacterial metabolism of oceanic monomethylamine.
著者: Wang, N. / Chen, X.L. / Gao, C. / Peng, M. / Wang, P. / Zhang, N. / Li, F. / Yang, G.P. / Shen, Q.T. / Li, S. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cqx.cif.gz	272.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cqx.ent.gz	215.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cqx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cqx_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cqx_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7cqx_validation.xml.gz	54.1 KB	表示
CIF形式データ	7cqx_validation.cif.gz	79.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cqlSC 7cqnC 7cqqC 7cquC 7cqwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cql-1 4lnn-d 4lno-1 4lnf-d 4lnk-1 7cqn-1 7cqw-1 7cqq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

148 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The negative staining electron micrograph clearly showed that GmaS consists of two hexameric rings, with each ring containing six monomers
591 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.446, 177.555, 190.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Type III glutamate--ammonia ligase 分子量: 48864.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア) 遺伝子: glnT, DLJ49_05815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369R1N0, glutamine synthetase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES (pH 6.5), 1 M lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 85255 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.136 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.142 / Χ²: 1.699 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 1141608

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
2.3-2.38	12.6	0.503	8432	0.949	0.146	0.524	0.796
2.38-2.48	13.8	0.433	8435	0.967	0.121	0.45	0.817
2.48-2.59	13.9	0.362	8446	0.974	0.101	0.376	0.831
2.59-2.73	13.5	0.298	8467	0.98	0.084	0.31	0.87
2.73-2.9	12.8	0.232	8506	0.983	0.067	0.241	0.932
2.9-3.12	13.7	0.17	8442	0.991	0.047	0.176	1.016
3.12-3.44	13.8	0.124	8523	0.995	0.035	0.129	1.209
3.44-3.93	13	0.094	8553	0.993	0.027	0.098	1.942
3.93-4.95	13.9	0.076	8590	0.993	0.021	0.078	2.543
4.95-50	12.8	0.088	8861	0.975	0.026	0.092	6.01

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CQL

7cql

解像度: 2.301→48.737 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2113	3994	4.8 %
R_work	0.1763	79215	-
obs	0.178	83209	97.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.88 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.72 Å² / B_iso mean: 27.14 Å² / B_iso min: 7.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.8952 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.3815 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.5137 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.301→48.737 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9663	0	81	837	10581
B_iso mean	-	-	36.97	31.1	-
残基数	-	-	-	-	1263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9996
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	13603
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1787
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.085	3646

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.301-2.328	0.232	107	0.1857	2605	92
2.328-2.3564	0.2547	142	0.1941	2580	94
2.3564-2.3862	0.2426	133	0.1906	2593	94
2.3862-2.4176	0.2311	137	0.1862	2635	95
2.4176-2.4508	0.2167	131	0.1835	2648	95
2.4508-2.4858	0.2061	143	0.1866	2658	95
2.4858-2.5229	0.2761	119	0.1985	2639	96
2.5229-2.5623	0.2579	136	0.1996	2653	96
2.5623-2.6043	0.2547	128	0.1888	2686	97
2.6043-2.6492	0.2401	122	0.1974	2739	97
2.6492-2.6974	0.1932	118	0.1868	2692	97
2.6974-2.7493	0.248	139	0.1887	2709	97
2.7493-2.8054	0.2515	121	0.193	2742	98
2.8054-2.8664	0.2418	160	0.1984	2692	98
2.8664-2.933	0.2283	140	0.1893	2749	99
2.933-3.0064	0.2288	155	0.1835	2755	99
3.0064-3.0876	0.1932	139	0.1747	2760	99
3.0876-3.1785	0.2208	161	0.1776	2725	99
3.1785-3.2811	0.2356	130	0.1825	2772	99
3.2811-3.3983	0.2141	148	0.1787	2784	99
3.3983-3.5343	0.2049	148	0.168	2769	99
3.5343-3.6951	0.1882	155	0.1609	2786	100
3.6951-3.8899	0.1641	145	0.1534	2809	100
3.8899-4.1334	0.1863	147	0.1454	2776	100
4.1334-4.4524	0.1632	158	0.1452	2813	100
4.4524-4.9001	0.1622	111	0.1407	2863	100
4.9001-5.6082	0.2011	149	0.1639	2826	100
5.6082-7.0624	0.2275	133	0.2187	2894	100
7.0624-48.737	0.2485	139	0.2091	2863	96

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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