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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cqq | ||||||
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Title | GmaS in complex with AMPPNP and MetSox | ||||||
![]() | Type III glutamate--ammonia ligase | ||||||
![]() | LIGASE / GMA synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() glutamine synthetase / polyamine catabolic process / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nitrogen fixation / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, C.Y. / Zhang, Y.Z. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of gamma-glutamylmethylamide synthetase provide insight into bacterial metabolism of oceanic monomethylamine. Authors: Wang, N. / Chen, X.L. / Gao, C. / Peng, M. / Wang, P. / Zhang, N. / Li, F. / Yang, G.P. / Shen, Q.T. / Li, S. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 219.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 56.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 80.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7cqlSC ![]() 7cqnC ![]() 7cquC ![]() 7cqwC ![]() 7cqxC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 48864.160 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M bicine (pH 8.5), 10% (v/v) 2-propanol, 30% (v/v) polyethylene glycol 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.295→50 Å / Num. obs: 85608 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 31.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.697 / Net I/σ(I): 5.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7CQL Resolution: 2.295→31.826 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 19.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.562 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.59 Å2 / Biso mean: 37.17 Å2 / Biso min: 19.62 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.295→31.826 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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