PDB-7cqw: GmaS/ADP complex-Conformation 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cqw

タイトル

GmaS/ADP complex-Conformation 1

要素

Type III glutamate--ammonia ligase

キーワード

LIGASE / GMA synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine synthetase / polyamine catabolic process / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nitrogen fixation / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.297 Å

データ登録者

Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of gamma-glutamylmethylamide synthetase provide insight into bacterial metabolism of oceanic monomethylamine.
著者: Wang, N. / Chen, X.L. / Gao, C. / Peng, M. / Wang, P. / Zhang, N. / Li, F. / Yang, G.P. / Shen, Q.T. / Li, S. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cqw.cif.gz	275 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cqw.ent.gz	217.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cqw_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cqw_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7cqw_validation.xml.gz	54.1 KB	表示
CIF形式データ	7cqw_validation.cif.gz	78.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cqlSC 7cqnC 7cqqC 7cquC 7cqxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cqq-1 7cqn-1 4lnf-d 4lnk-1 7cql-1 4lno-1 7cqu-1 7cqx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

148 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The negative staining electron micrograph clearly showed that GmaS consists of two hexameric rings, with each ring containing six monomers
591 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.663, 176.002, 190.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Type III glutamate--ammonia ligase 分子量: 48864.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア) 遺伝子: glnT, DLJ49_05815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369R1N0, glutamine synthetase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.1 M ammonium tartrate dibasic (pH 7.0)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.297→50 Å / Num. obs: 84917 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.131 / Χ²: 2.994 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	10.5	0.438	4240	0.925	0.143	0.461	0.951	100
2.34-2.38	11.3	0.411	4218	0.946	0.128	0.431	0.95	99.9
2.38-2.43	12.3	0.376	4205	0.947	0.113	0.393	1.031	99.8
2.43-2.48	12.3	0.351	4231	0.956	0.105	0.367	1.068	99.9
2.48-2.53	12.2	0.46	4255	0.963	0.135	0.48	1.324	99.9
2.53-2.59	12.2	0.295	4185	0.964	0.089	0.308	1.349	99.8
2.59-2.66	11.5	0.267	4235	0.956	0.083	0.28	1.474	99.6
2.66-2.73	11.5	0.247	4252	0.972	0.077	0.259	1.666	99.8
2.73-2.81	12.5	0.225	4199	0.973	0.068	0.236	1.715	99.8
2.81-2.9	12.2	0.202	4226	0.969	0.063	0.212	2.072	99.8
2.9-3	11.8	0.192	4240	0.973	0.06	0.202	2.365	99.7
3-3.12	11.1	0.162	4225	0.978	0.053	0.171	3.028	99.5
3.12-3.26	11.7	0.148	4213	0.979	0.048	0.156	3.426	99.2
3.26-3.44	11.2	0.138	4195	0.979	0.046	0.145	4.137	98.8
3.44-3.65	10.8	0.125	4256	0.982	0.042	0.132	4.902	99.1
3.65-3.93	10.7	0.113	4258	0.98	0.039	0.12	5.021	99.3
3.93-4.33	10.5	0.095	4201	0.979	0.034	0.102	6.357	98.3
4.33-4.95	10.1	0.084	4254	0.985	0.03	0.09	7.152	98.6
4.95-6.24	12.1	0.074	4329	0.989	0.023	0.078	5.071	99.4
6.24-50	12	0.059	4500	0.995	0.018	0.062	5.98	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CQL

7cql

解像度: 2.297→47.636 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	4179	4.98 %
R_work	0.1723	79749	-
obs	0.1744	83928	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 22.961 Å² / k_sol: 0.325 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.77 Å² / B_iso mean: 35.74 Å² / B_iso min: 14.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.9953 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.2677 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.2629 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.297→47.636 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9839	0	81	752	10672
B_iso mean	-	-	38.84	38.61	-
残基数	-	-	-	-	1288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.113	13909
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.428	3706

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.297-2.323	0.2775	114	0.2186	2087	77
2.323-2.3503	0.3187	135	0.2135	2572	96
2.3503-2.379	0.2418	125	0.2094	2621	97
2.379-2.4091	0.2662	134	0.1995	2618	97
2.4091-2.4408	0.2627	147	0.1927	2638	97
2.4408-2.4742	0.2763	136	0.2071	2604	98
2.4742-2.5096	0.2718	141	0.2038	2616	98
2.5096-2.547	0.2509	134	0.2019	2647	98
2.547-2.5868	0.3032	145	0.1967	2642	98
2.5868-2.6292	0.2725	125	0.1931	2660	98
2.6292-2.6746	0.2348	143	0.1913	2658	98
2.6746-2.7232	0.2459	142	0.1924	2662	99
2.7232-2.7756	0.283	121	0.2057	2662	99
2.7756-2.8322	0.2851	152	0.1983	2679	99
2.8322-2.8938	0.2627	143	0.2026	2668	99
2.8938-2.9611	0.2213	129	0.1859	2695	99
2.9611-3.0351	0.2153	134	0.1822	2699	99
3.0351-3.1172	0.2268	129	0.1741	2674	99
3.1172-3.2089	0.2345	158	0.1873	2704	99
3.2089-3.3124	0.2541	129	0.1912	2690	99
3.3124-3.4308	0.2388	142	0.1859	2653	98
3.4308-3.5681	0.21	136	0.179	2709	99
3.5681-3.7305	0.241	143	0.174	2705	99
3.7305-3.927	0.1949	149	0.1542	2714	99
3.927-4.1729	0.1775	149	0.1483	2674	98
4.1729-4.4949	0.1621	147	0.1312	2663	98
4.4949-4.9468	0.1493	132	0.1245	2731	99
4.9468-5.6617	0.1718	150	0.1404	2753	99
5.6617-7.1293	0.1886	164	0.1731	2770	100
7.1293-47.636	0.1915	151	0.1695	2881	99

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