PDB-7cqu: GmaS/ADP/MetSox-P complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cqu

タイトル

GmaS/ADP/MetSox-P complex

要素

Type III glutamate--ammonia ligase

キーワード

LIGASE / GMA synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

polyamine catabolic process / glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nitrogen fixation / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of gamma-glutamylmethylamide synthetase provide insight into bacterial metabolism of oceanic monomethylamine.
著者: Wang, N. / Chen, X.L. / Gao, C. / Peng, M. / Wang, P. / Zhang, N. / Li, F. / Yang, G.P. / Shen, Q.T. / Li, S. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cqu.cif.gz	292 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cqu.ent.gz	228.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cqlSC 7cqnC 7cqqC 7cqwC 7cqxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lni-d 7cqq-1 7cqw-1 7cqn-1 4lnf-d 7cqx-1 4lno-1 5dm3-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

149 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The negative staining electron micrograph clearly showed that GmaS consists of two hexameric rings, with each ring containing six monomers
595 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.598, 174.727, 190.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-931- HOH

#1: タンパク質	Type III glutamate--ammonia ligase 分子量: 48864.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア) 遺伝子: glnT, DLJ49_05815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369R1N0, glutamine synthetase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-P3S / L-METHIONINE-S-SULFOXIMINE PHOSPHATE 分子量: 260.205 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃N₂O₆PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.86 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bicine (pH 8.5), 10% (v/v) 2-propanol, 30% (v/v) polyethylene glycol 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 114519 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 20.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 4.035 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.18	3	0.46	11040	0.811	0.286	0.546	2.069	94.5
2.18-2.26	3.1	0.382	11074	0.842	0.238	0.454	2.799	95.5
2.26-2.37	3	0.321	11096	0.873	0.206	0.383	3.318	95.1
2.37-2.49	3.5	0.292	11248	0.894	0.172	0.341	4.192	96.8
2.49-2.65	3.6	0.258	11359	0.911	0.148	0.3	5.13	97.1
2.65-2.85	3.5	0.183	11418	0.908	0.108	0.214	4.275	97.6
2.85-3.14	4	0.112	11588	0.983	0.063	0.13	2.923	98.9
3.14-3.59	4.5	0.086	11735	0.992	0.045	0.097	3.663	99.7
3.59-4.52	5.3	0.061	11828	0.996	0.029	0.068	4.181	100
4.52-50	6	0.043	12133	0.996	0.019	0.048	5.541	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CQL

7cql

解像度: 2.06→36.896 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	5240	5.01 %
R_work	0.163	99290	-
obs	0.165	104530	87.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.597 Å² / k_sol: 0.356 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.18 Å² / B_iso mean: 24.33 Å² / B_iso min: 9.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.9763 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.1898 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.7865 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.06→36.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9831	0	135	1310	11276
B_iso mean	-	-	18.83	31.43	-
残基数	-	-	-	-	1287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10216
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.125	13927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1507
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.297	3741

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0603-2.0837	0.2146	70	0.224	1151	31
2.0837-2.1082	0.2705	162	0.2117	2890	78
2.1082-2.1339	0.2732	141	0.2057	2964	79
2.1339-2.1609	0.2533	155	0.1971	3042	80
2.1609-2.1893	0.2268	172	0.1949	3038	81
2.1893-2.2193	0.2672	146	0.1956	3006	80
2.2193-2.251	0.254	163	0.1933	3057	81
2.251-2.2846	0.2348	177	0.1925	3034	81
2.2846-2.3203	0.2304	173	0.1917	3106	83
2.3203-2.3584	0.2382	167	0.1837	3150	84
2.3584-2.399	0.2342	149	0.194	3191	84
2.399-2.4426	0.2494	158	0.1826	3248	86
2.4426-2.4896	0.2217	166	0.1896	3218	85
2.4896-2.5404	0.2394	171	0.1804	3245	87
2.5404-2.5956	0.2321	190	0.1715	3304	88
2.5956-2.656	0.2385	160	0.1707	3383	89
2.656-2.7224	0.2138	189	0.1794	3351	89
2.7224-2.796	0.1915	184	0.1837	3377	90
2.796-2.8782	0.2295	192	0.1688	3439	91
2.8782-2.9711	0.2272	198	0.1774	3531	94
2.9711-3.0772	0.2022	170	0.1693	3603	94
3.0772-3.2004	0.2089	178	0.1755	3631	96
3.2004-3.3459	0.2057	202	0.1761	3664	97
3.3459-3.5222	0.2154	170	0.1666	3719	97
3.5222-3.7427	0.2084	195	0.1514	3766	98
3.7427-4.0313	0.1751	189	0.131	3760	98
4.0313-4.4364	0.1361	196	0.1142	3810	99
4.4364-5.077	0.1389	223	0.1131	3811	99
5.077-6.391	0.1757	197	0.1489	3873	100
6.391-36.896	0.172	237	0.1604	3928	98

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