PDB-7cqn: GmaS in complex with AMPPCP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cqn

タイトル

GmaS in complex with AMPPCP

要素

Type III glutamate--ammonia ligase

キーワード

LIGASE / GMA synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nitrogen fixation / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.962 Å

データ登録者

Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of gamma-glutamylmethylamide synthetase provide insight into bacterial metabolism of oceanic monomethylamine.
著者: Wang, N. / Chen, X.L. / Gao, C. / Peng, M. / Wang, P. / Zhang, N. / Li, F. / Yang, G.P. / Shen, Q.T. / Li, S. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cqn.cif.gz	301.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cqn.ent.gz	238.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cqn_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cqn_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7cqn_validation.xml.gz	65.1 KB	表示
CIF形式データ	7cqn_validation.cif.gz	97.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cqlSC 7cqqC 7cquC 7cqwC 7cqxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cqw-1 7cqq-1 4lnn-d 4lnk-1 7cql-1 4lnf-d 7cqx-1 4lno-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (9) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

148 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The negative staining electron micrograph clearly showed that GmaS consists of two hexameric rings, with each ring containing six monomers.
592 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.917, 176.701, 191.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-783- HOH
2	1	A-842- HOH

#1: タンパク質	Type III glutamate--ammonia ligase 分子量: 48864.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア) 遺伝子: glnT, DLJ49_05815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369R1N0, glutamine synthetase
#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.2 M ammonium acetate and 25% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 131664 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 1.328 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 600254

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.96-1.99	2.9	0.405	5864	0.845	0.257	0.483	0.473	87.7
1.99-2.03	3.2	0.308	6255	0.894	0.189	0.364	0.473	94.4
2.03-2.07	3.3	0.39	6351	0.157	0.239	0.461	0.897	95.8
2.07-2.11	3.5	0.269	6444	0.785	0.158	0.314	0.568	96.4
2.11-2.16	3.5	0.216	6470	0.95	0.127	0.253	0.501	97.6
2.16-2.21	3.7	0.228	6506	0.96	0.131	0.265	0.557	97.5
2.21-2.26	3.7	0.319	6540	0.819	0.178	0.368	2.97	98.2
2.26-2.32	3.8	0.269	6539	0.957	0.154	0.312	0.833	98.1
2.32-2.39	4.2	0.139	6605	0.982	0.074	0.158	0.546	99.3
2.39-2.47	4.5	0.127	6632	0.986	0.066	0.144	0.567	99.6
2.47-2.56	4.6	0.136	6658	0.987	0.07	0.154	0.66	99.7
2.56-2.66	4.6	0.102	6677	0.99	0.053	0.116	0.671	99.6
2.66-2.78	4.5	0.1	6670	0.404	0.053	0.113	0.747	99.4
2.78-2.93	4.9	0.08	6647	0.994	0.039	0.089	0.749	99.6
2.93-3.11	5.5	0.068	6703	0.996	0.032	0.075	0.812	99.9
3.11-3.35	5.8	0.059	6745	0.997	0.027	0.065	0.948	100
3.35-3.69	5.7	0.067	6737	0.996	0.031	0.074	1.476	100
3.69-4.22	6.5	0.05	6761	0.998	0.021	0.055	1.281	100
4.22-5.32	6.2	0.037	6825	0.999	0.016	0.041	1.197	100
5.32-50	6.1	0.039	7035	0.995	0.017	0.043	6.074	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CQL

7cql

解像度: 1.962→37.493 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	6215	5.03 %
R_work	0.1673	117429	-
obs	0.1689	123644	92.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.312 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.28 Å² / B_iso mean: 18.93 Å² / B_iso min: 3.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.1176 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.7566 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.361 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.962→37.493 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9831	0	186	1618	11635
B_iso mean	-	-	17.93	29.17	-
残基数	-	-	-	-	1287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	14063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.527	3831

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.962-1.9842	0.2305	176	0.2069	2839	68
1.9842-2.0075	0.2191	168	0.1883	3472	82
2.0075-2.032	0.2379	165	0.1825	3648	86
2.032-2.0577	0.2369	211	0.1779	3666	87
2.0577-2.0848	0.2156	227	0.1788	3711	88
2.0848-2.1133	0.2109	222	0.1754	3704	89
2.1133-2.1435	0.223	192	0.1727	3792	90
2.1435-2.1755	0.2047	189	0.1708	3862	91
2.1755-2.2095	0.2222	179	0.2006	3399	81
2.2095-2.2457	0.3536	153	0.2844	3140	74
2.2457-2.2844	0.3767	222	0.3297	3469	83
2.2844-2.326	0.232	177	0.1937	3469	82
2.326-2.3707	0.2331	193	0.1606	4013	95
2.3707-2.4191	0.1956	197	0.1677	4030	96
2.4191-2.4717	0.2292	248	0.1672	4014	96
2.4717-2.5292	0.2076	218	0.1625	4120	97
2.5292-2.5924	0.206	209	0.1605	4085	97
2.5924-2.6625	0.2046	218	0.1608	4134	97
2.6625-2.7408	0.1907	213	0.167	4104	97
2.7408-2.8292	0.2047	200	0.1667	4152	98
2.8292-2.9303	0.2019	220	0.1583	4169	98
2.9303-3.0476	0.19	212	0.1576	4201	99
3.0476-3.1862	0.1835	223	0.1494	4230	99
3.1862-3.3541	0.1632	202	0.1513	4253	99
3.3541-3.5641	0.1839	258	0.1529	4185	99
3.5641-3.839	0.1643	218	0.1559	4225	98
3.839-4.2249	0.1563	233	0.1312	4239	99
4.2249-4.8352	0.1262	210	0.1235	4323	100
4.8352-6.0876	0.1874	243	0.152	4321	100
6.0876-37.493	0.1752	219	0.1721	4460	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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