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- PDB-7cql: Apo GmaS without ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cql
タイトルApo GmaS without ligand
要素Type III glutamate--ammonia ligase
キーワードLIGASE / GMA synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nitrogen fixation / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamine synthetase, type III / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. / Glutamine synthetase, N-terminal domain superfamily / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, N-terminal domain / Glutamine synthetase, catalytic domain ...Glutamine synthetase, type III / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase, glycine-rich site / Glutamine synthetase putative ATP-binding region signature. / Glutamine synthetase (GS) beta-grasp domain profile. / Glutamine synthetase, N-terminal domain superfamily / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, N-terminal domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase (GS) catalytic domain profile. / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III glutamate--ammonia ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.801 Å
データ登録者Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of gamma-glutamylmethylamide synthetase provide insight into bacterial metabolism of oceanic monomethylamine.
著者: Wang, N. / Chen, X.L. / Gao, C. / Peng, M. / Wang, P. / Zhang, N. / Li, F. / Yang, G.P. / Shen, Q.T. / Li, S. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III glutamate--ammonia ligase
B: Type III glutamate--ammonia ligase
C: Type III glutamate--ammonia ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5923
ポリマ－146,5923
非ポリマー00
水00
1
A: Type III glutamate--ammonia ligase
B: Type III glutamate--ammonia ligase
C: Type III glutamate--ammonia ligase

A: Type III glutamate--ammonia ligase
B: Type III glutamate--ammonia ligase
C: Type III glutamate--ammonia ligase

A: Type III glutamate--ammonia ligase
B: Type III glutamate--ammonia ligase
C: Type III glutamate--ammonia ligase

A: Type III glutamate--ammonia ligase
B: Type III glutamate--ammonia ligase
C: Type III glutamate--ammonia ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)586,37012
ポリマ－586,37012
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area54330 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area171580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.909, 179.024, 192.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Type III glutamate--ammonia ligase


分子量: 48864.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア)
遺伝子: glnT, DLJ49_05815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369R1N0, glutamine synthetase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES (pH 6.5), 1 M lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 48331 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 7.891 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 545098
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.910.70.3147820.9850.0990.3252.61499.1
2.9-3.0212.40.27648280.9830.0810.2893.48799.7
3.02-3.1512.40.23648280.9880.0710.2474.77199.6
3.15-3.32120.20748410.9890.0630.2176.09799.3
3.32-3.5311.40.18648110.9890.0580.1968.11699.3
3.531-3.810.90.16348480.9910.0510.1719.67799.1
3.802-4.188.90.13346970.9910.0470.14111.1296.1
4.182-4.799.80.12347280.9910.0410.1313.55996.3
4.792-6.0312.10.11649040.9930.0350.12112.55499.2
6.034-5012.10.07350640.9980.0220.0778.71998.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LNI

4lni


解像度: 2.801→40.573 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 2484 5.2 %
Rwork0.2003 45277 -
obs0.203 47761 96.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.074 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 131.24 Å2 / Biso mean: 57.13 Å2 / Biso min: 30.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.7721 Å20 Å2-0 Å2
2--5.926 Å20 Å2
3----28.6982 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.801→40.573 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9663 0 0 0 9663
残基数----1263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099903
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21613458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6163546
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8013-2.85520.40341090.2868203279
2.8552-2.91340.33431220.2843245895
2.9134-2.97680.32761150.2643251897
2.9768-3.0460.34511590.2548249698
3.046-3.12210.33441340.2556253598
3.1221-3.20650.33571460.2645253498
3.2065-3.30080.30611610.2434248698
3.3008-3.40730.29161560.2449254098
3.4073-3.5290.28371460.2119251999
3.529-3.67020.28041320.2072256798
3.6702-3.83720.21881360.1887253698
3.8372-4.03930.22981240.1771251296
4.0393-4.29210.24461240.1627244393
4.2921-4.62310.17651470.143254197
4.6231-5.08750.18051430.1506257098
5.0875-5.82180.26791510.2035260799
5.8218-7.32790.2661310.21522665100
7.3279-40.5730.19241480.1804271898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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