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- PDB-7cpv: Cryo-EM structure of 80S ribosome from mouse testis -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7cpv
タイトルCryo-EM structure of 80S ribosome from mouse testis
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • (Mus musculus ...) x 4
  • Met-tRNA
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ribosomal protein L39-like
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME / RPL39L / testis ribosome / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFR1-mediated ceramide production / 5.8S rRNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Protein hydroxylation / positive regulation of amide metabolic process / translation at postsynapse / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / ER Quality Control Compartment (ERQC) ...TNFR1-mediated ceramide production / 5.8S rRNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Protein hydroxylation / positive regulation of amide metabolic process / translation at postsynapse / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Regulation of PTEN localization / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Fanconi Anemia Pathway / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of FLT3 / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Downregulation of ERBB4 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Stabilization of p53 / Formation of a pool of free 40S subunits / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Pexophagy / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Translesion synthesis by REV1 / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Translesion synthesis by POLK / Regulation of NF-kappa B signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Regulation of TP53 Activity through Methylation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / NRIF signals cell death from the nucleus / Translesion synthesis by POLI / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Regulation of BACH1 activity / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / p75NTR recruits signalling complexes / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Interferon alpha/beta signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Negative regulation of MAPK pathway / Spry regulation of FGF signaling / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Regulation of TP53 Degradation / Translesion Synthesis by POLH / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Negative regulation of MET activity / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Termination of translesion DNA synthesis / Protein methylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Josephin domain DUBs / Dual Incision in GG-NER / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Downregulation of ERBB2 signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Dual incision in TC-NER / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Oncogene Induced Senescence / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Formation of Incision Complex in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / TCF dependent signaling in response to WNT / Metalloprotease DUBs / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / EGFR downregulation / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Regulation of TNFR1 signaling / Regulation of necroptotic cell death / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e ...40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal L40e family / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
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類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Huo, Y.G. / He, X. / Jiang, T. / Qin, Y. / Guo, X.J. / Sha, J.H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31890784 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81701511 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31830043 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: A male germ-cell-specific ribosome controls male fertility.
著者: Huiling Li / Yangao Huo / Xi He / Liping Yao / Hao Zhang / Yiqiang Cui / Huijuan Xiao / Wenxiu Xie / Dejiu Zhang / Yue Wang / Shu Zhang / Haixia Tu / Yiwei Cheng / Yueshuai Guo / Xintao Cao / ...著者: Huiling Li / Yangao Huo / Xi He / Liping Yao / Hao Zhang / Yiqiang Cui / Huijuan Xiao / Wenxiu Xie / Dejiu Zhang / Yue Wang / Shu Zhang / Haixia Tu / Yiwei Cheng / Yueshuai Guo / Xintao Cao / Yunfei Zhu / Tao Jiang / Xuejiang Guo / Yan Qin / Jiahao Sha /
要旨: Ribosomes are highly sophisticated translation machines that have been demonstrated to be heterogeneous in the regulation of protein synthesis. Male germ cell development involves complex ...Ribosomes are highly sophisticated translation machines that have been demonstrated to be heterogeneous in the regulation of protein synthesis. Male germ cell development involves complex translational regulation during sperm formation. However, it remains unclear whether translation during sperm formation is performed by a specific ribosome. Here we report a ribosome with a specialized nascent polypeptide exit tunnel, Ribosome, that is assembled with the male germ-cell-specific protein RPL39L, the paralogue of core ribosome (Ribosome) protein RPL39. Deletion of Ribosome in mice causes defective sperm formation, resulting in substantially reduced fertility. Our comparison of single-particle cryo-electron microscopy structures of ribosomes from mouse kidneys and testes indicates that Ribosome features a ribosomal polypeptide exit tunnel of distinct size and charge states compared with Ribosome. Ribosome predominantly cotranslationally regulates the folding of a subset of male germ-cell-specific proteins that are essential for the formation of sperm. Moreover, we found that specialized functions of Ribosome were not replaceable by Ribosome. Taken together, identification of this sperm-specific ribosome should greatly expand our understanding of ribosome function and tissue-specific regulation of protein expression pattern in mammals.
履歴
登録2020年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30433
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
LA: 60S ribosomal protein L8
LB: 60S ribosomal protein L3
LC: 60S ribosomal protein L4
LD: 60S ribosomal protein L5
LE: 60S ribosomal protein L6
LF: 60S ribosomal protein L7
LG: 60S ribosomal protein L7a
LH: 60S ribosomal protein L9
LI: 60S ribosomal protein L10-like
LJ: 60S ribosomal protein L11
LL: 60S ribosomal protein L13
LM: 60S ribosomal protein L14
LN: 60S ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L13a
LP: 60S ribosomal protein L17
LQ: 60S ribosomal protein L18
LR: 60S ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L18a
LT: 60S ribosomal protein L21
LU: 60S ribosomal protein L22
LV: 60S ribosomal protein L23
LW: 60S ribosomal protein L24
LX: 60S ribosomal protein L23a
LY: 60S ribosomal protein L26
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: 60S ribosomal protein L27a
Lb: 60S ribosomal protein L29
Lc: 60S ribosomal protein L30
Ld: 60S ribosomal protein L31
Le: 60S ribosomal protein L32
Lf: 60S ribosomal protein L35a
Lg: 60S ribosomal protein L34
Lh: 60S ribosomal protein L35
Li: 60S ribosomal protein L36
Lj: 60S ribosomal protein L37
Lk: 60S ribosomal protein L38
Ll: Ribosomal protein L39-like
Lm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Ln: 60S ribosomal protein L41
Lo: 60S ribosomal protein L36a
Lp: 60S ribosomal protein L37a
Lr: 60S ribosomal protein L28
L5: Mus musculus 28S ribosomal RNA
L7: Mus musculus 5S ribosomal RNA
L8: Mus musculus 5.8S ribosomal RNA
S2: Mus musculus 18S ribosomal RNA
SA: 40S ribosomal protein SA
SB: 40S ribosomal protein S3a
SD: 40S ribosomal protein S3
SE: 40S ribosomal protein S4, X isoform
SF: 40S ribosomal protein S5
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: 40S ribosomal protein S8
SK: 40S ribosomal protein S10
SL: 40S ribosomal protein S11
SP: 40S ribosomal protein S15
SQ: 40S ribosomal protein S16
SR: 40S ribosomal protein S17
SS: 40S ribosomal protein S18
ST: 40S ribosomal protein S19
SU: 40S ribosomal protein S20
SV: 40S ribosomal protein S21
SX: 40S ribosomal protein S23
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sc: 40S ribosomal protein S28
Sd: 40S ribosomal protein S29
Sg: Receptor of activated protein C kinase 1
SC: 40S ribosomal protein S2
SG: 40S ribosomal protein S6
SJ: 40S ribosomal protein S9
SN: 40S ribosomal protein S13
SO: 40S ribosomal protein S14
SW: 40S ribosomal protein S15a
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: 40S ribosomal protein S25
Sb: 40S ribosomal protein S27
Se: 40S ribosomal protein S30
S6: Met-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,679,385332
ポリマ－3,672,92378
非ポリマー6,461254
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 LALBLCLDLELFLGLHLILJLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLdLe...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62918
#2: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / J1 protein


分子量: 46212.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P27659
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 47259.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D8E6
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34464.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47962
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / TAX-responsive enhancer element-binding protein 107 / TAXREB107


分子量: 33593.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47911
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 31492.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14148
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Surfeit locus protein 3


分子量: 30042.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P12970
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21917.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P51410
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like


分子量: 24612.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P86048
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CXW4
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / A52


分子量: 24364.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47963
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23620.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR57
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CZM2
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / Transplantation antigen P198 / Tum-P198 antigen


分子量: 23519.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P19253
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWZ7
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21698.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P35980
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L19 isoform 1


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P84099
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20778.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62717
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18624.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQM8
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / 60S ribosomal protein L22 isoform a / Heparin-binding protein HBp15


分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P67984
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62830
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BP67
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62751
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Silica-induced gene 20 protein / SIG-20


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P61255
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P61358
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / L29


分子量: 16648.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14115
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 17635.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47915
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62889
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62900
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62911
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O55142
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13325.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1R9
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14595.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWV7
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWZ4
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D823
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8224.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9JJI8
#39: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62947
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L36a-like / 60S ribosomal protein L44


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P83882
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P61514
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15770.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P41105

-
タンパク質 , 3種, 3分子 LlLmSg

#37: タンパク質 Ribosomal protein L39-like


分子量: 6355.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQD0
#38: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62984
#67: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / 12-3 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Receptor for activated C kinase / ...12-3 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / p205


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P68040

-
Mus musculus ... , 4種, 4分子 L5L7L8S2

#43: RNA鎖 Mus musculus 28S ribosomal RNA


分子量: 1530907.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#44: RNA鎖 Mus musculus 5S ribosomal RNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 396138
#45: RNA鎖 Mus musculus 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50795.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1059793825
#46: RNA鎖 Mus musculus 18S ribosomal RNA


分子量: 603101.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 SASBSDSESFSHSISKSLSPSQSRSSSTSUSVSXSaScSdSCSGSJSNSOSWSYSZSbSe

#47: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37 kDa oncofetal antigen / 37/67 kDa laminin receptor / ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37 kDa oncofetal antigen / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / OFA/iLRP


分子量: 32867.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14206
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Protein TU-11


分子量: 29942.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P97351
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 26715.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P62908, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62702
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q91V55
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62082
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62242
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 18951.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63325
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62281
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62843
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14131
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63276
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62270
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16117.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CZX8
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P60867
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9154.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CQR2
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62267
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62855
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62858
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62274
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3


分子量: 31283.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P25444
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62754
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWN5
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62301
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62264
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62245
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62849
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62852
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWU9
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14441.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q642K5

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 S6

#78: RNA鎖 Met-tRNA


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 269分子

#79: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#80: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#81: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mus musculus 80S ribosome from testis / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#78 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2100 mMNaCl1
32 mMMgCl1
42 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100403 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 18.37 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0097221332
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8584325506
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051340583
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005920632
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.50478493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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