PDB-7cpm: CRYSTAL STRUCTURE OF DODECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE FROM THERM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cpm

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF DODECAPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE FROM THERMOBIFIDA FUSCA

要素

Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

キーワード

TRANSFERASE / prenyltransferase

機能・相同性

trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific] / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / prenyltransferase activity / magnesium ion binding / Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

機能・相同性情報

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kurokawa, H. / Ambo, T. / Takahashi, S. / Koyama, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Thermobifida fusca cis-prenyltransferase reveals the dynamic nature of its RXG motif-mediated inter-subunit interactions critical for its catalytic activity.
著者: Kurokawa, H. / Ambo, T. / Takahashi, S. / Koyama, T.

履歴

登録	2020年8月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cpm.cif.gz	525.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cpm.ent.gz	440.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cpm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cpm_validation.pdf.gz	472.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cpm_full_validation.pdf.gz	483.8 KB	表示
XML形式データ	7cpm_validation.xml.gz	50.3 KB	表示
CIF形式データ	7cpm_validation.cif.gz	69.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/7cpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/7cpm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cpnC 1f75S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hp5-2 2p7v-2 5itv-1 2hp5-1 1k54-1 5xr3-1 1k55-1 5oqh-2 4yin-d 5hfo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

B: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

C: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

D: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

E: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

F: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

196 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

B: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

D: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

F: Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.862, 137.590, 168.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific) / Cis-prenyltransferase / Dodecaprenyl diphosphate synthase 分子量: 32645.795 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 株: YX / 遺伝子: Tfu_0853 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q47RM6, trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific]
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase ((2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific) / Cis-prenyltransferase / Dodecaprenyl diphosphate synthase

分子量: 32645.795 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)
株: YX / 遺伝子: Tfu_0853 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q47RM6, trans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2Z,6E)-farnesyl diphosphate specific]

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citric acid sodium citrate, 5% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.409 Å / Num. obs: 52305 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 46.201
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 5.124 / Num. unique obs: 5149 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F75

1f75

解像度: 2.6→49.409 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.236 / WR_factor R_work: 0.19 / Average fsc free: 0.9125 / Average fsc work: 0.9294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.173 / ESU R Free: 0.302 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	2479	4.809 %
R_work	0.189	49069	-
all	0.191	-	-
obs	-	51548	99.833 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.085 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.996 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.748 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.752 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11544	0	0	191	11735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	11871
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	10786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.369	1.649	16163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.315	1.574	24743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.902	5	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.606	19.317	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.467	15	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.774	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	13617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	9388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	5638
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.471	6.601	5842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.468	6.601	5841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.879	9.899	7292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.88	9.899	7293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.602	7.088	6029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.602	7.088	6030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.527	10.429	8871
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.525	10.429	8871
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.267	75.741	12983
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.27	75.732	12963

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.667	0.329	175	0.262	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.74	0.283	171	0.246	3490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.819	0.293	172	0.22	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.819-2.906	0.287	188	0.21	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.906-3.001	0.269	147	0.208	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.001-3.106	0.271	144	0.2	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
3.106-3.222	0.27	147	0.206	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.222-3.353	0.243	144	0.198	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.502	0.273	156	0.195	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.502-3.672	0.279	153	0.209	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.672-3.869	0.221	118	0.189	2533	X-RAY DIFFRACTION	99.9623
3.869-4.102	0.194	119	0.17	2403	X-RAY DIFFRACTION	99.9604
4.102-4.384	0.182	108	0.165	2266	X-RAY DIFFRACTION	99.9579
4.384-4.732	0.221	100	0.156	2130	X-RAY DIFFRACTION	99.9552
4.732-5.179	0.199	111	0.164	1945	X-RAY DIFFRACTION	100
5.179-5.782	0.276	97	0.189	1789	X-RAY DIFFRACTION	100
5.782-6.661	0.239	81	0.214	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
6.661-8.121	0.218	59	0.187	1385	X-RAY DIFFRACTION	99.8617
8.121-11.333	0.141	61	0.14	1052	X-RAY DIFFRACTION	98.0617
11.333-49.409	0.242	28	0.244	637	X-RAY DIFFRACTION	93.5302

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関連情報:EMDBヘッダ

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