PDB-7cov: Potato D-enzyme, native (substrate free)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cov

タイトル

Potato D-enzyme, native (substrate free)

要素

4-alpha-glucanotransferase, chloroplastic/amyloplastic

キーワード

TRANSFERASE / D-enzyme / disproportionating enzyme / potato / cycloamylose / Solanum tuberosum / PLANT PROTEIN

機能・相同性

Glycoside hydrolase, family 77 / 4-alpha-glucanotransferase / amyloplast / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / chloroplast / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / 4-alpha-glucanotransferase, chloroplastic/amyloplastic

機能・相同性情報

生物種

Solanum tuberosum (ジャガイモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Unno, H. / Imamura, K.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis and reaction mechanism of the disproportionating enzyme (D-enzyme) from potato.
著者: Imamura, K. / Matsuura, T. / Nakagawa, A. / Kitamura, S. / Kusunoki, M. / Takaha, T. / Unno, H.

履歴

登録	2020年8月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2025年3月12日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details Item: _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cov.cif.gz	138.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cov.ent.gz	102.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cov.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cov_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cov_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	7cov_validation.xml.gz	32.3 KB	表示
CIF形式データ	7cov_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/7cov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/7cov	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lx1C 6lx2C 1x1n C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1x1n-2 5cq1-d 5csu-d 5cps-d 6lx1-1 6aav-d 5tvg-4 6lx2-1 3wxg-d 1h80-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-alpha-glucanotransferase, chloroplastic/amyloplastic

ヘテロ分子

65.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-alpha-glucanotransferase, chloroplastic/amyloplastic

ヘテロ分子

A: 4-alpha-glucanotransferase, chloroplastic/amyloplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.869, 120.535, 174.381
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	4-alpha-glucanotransferase, chloroplastic/amyloplastic / Amylomaltase / Disproportionating enzyme / D-enzyme 分子量: 65021.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: DPEP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06801, 4-alpha-glucanotransferase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 12% PEG 8000, 100 mM HEPES (pH 7.6), 100 mM CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月26日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35.36 Å / Num. obs: 49562 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 44.2
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / Num. unique obs: 7039 / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.092

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→35.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1878	2503	5.052 %
R_work	0.1505	47044	-
all	0.152	-	-
obs	-	49547	98.955 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.523 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4183	0	49	605	4837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4387
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	4023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.803	1.636	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.474	1.578	9357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.544	5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.442	22.449	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.773	15	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.139	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4870
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.034	2.507	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3	2.507	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.365	3.745	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.366	3.746	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.76	2.905	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.759	2.907	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.758	4.183	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.757	4.185	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.412	31.538	5465
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.243	30.788	5280

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.21	177	0.17	3341	X-RAY DIFFRACTION	95.9629
2.052-2.108	0.187	166	0.148	3354	X-RAY DIFFRACTION	99.0155
2.108-2.169	0.179	198	0.149	3233	X-RAY DIFFRACTION	99.0188
2.169-2.236	0.173	128	0.142	3220	X-RAY DIFFRACTION	98.9654
2.236-2.309	0.186	165	0.144	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.2647
2.309-2.39	0.183	144	0.143	2991	X-RAY DIFFRACTION	99.1775
2.39-2.48	0.188	139	0.14	2907	X-RAY DIFFRACTION	99.4775
2.48-2.582	0.212	175	0.141	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.3923
2.582-2.696	0.184	149	0.142	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.4683
2.696-2.828	0.188	177	0.148	2517	X-RAY DIFFRACTION	99.5933
2.828-2.981	0.189	121	0.144	2463	X-RAY DIFFRACTION	99.6914
2.981-3.161	0.207	99	0.151	2359	X-RAY DIFFRACTION	99.716
3.161-3.379	0.189	131	0.155	2138	X-RAY DIFFRACTION	99.6487
3.379-3.649	0.211	102	0.167	2069	X-RAY DIFFRACTION	99.6329
3.649-3.997	0.165	72	0.148	1902	X-RAY DIFFRACTION	99.697
3.997-4.468	0.158	91	0.139	1711	X-RAY DIFFRACTION	99.2291
4.468-5.156	0.148	105	0.124	1480	X-RAY DIFFRACTION	99.0625
5.156-6.31	0.274	76	0.181	1305	X-RAY DIFFRACTION	99.7112
6.31-8.9	0.167	55	0.178	1015	X-RAY DIFFRACTION	98.4361
8.9-35.36	0.196	33	0.198	538	X-RAY DIFFRACTION	88.5271

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)